萬曆火線提拔了熊廷弼經略遼東，在熊廷弼的治理下遼東邊軍迅速恢復了元氣。熊經略著重於培養軍隊的野戰能力，他主持遼東軍務期間，頂住了軍方和朝中的壓力把各營拆散，並奏請皇帝從全國各地抽調邊軍來遼東作種子部隊。
經過一年多以後，努爾哈赤對遼東的襲擾已經基本被制止，明軍還在部分地段展開了反擊。比如當時的定遼右衛的守將毛文龍就收復了邊牆內數座堡壘，並受到熊廷弼的通令嘉獎和保舉。毛文龍正是這段時間逐漸在遼東人中間樹立了很高的聲望，後來組建了東江軍。
熊廷弼還厲行經濟封鎖政策，軟硬兼施地迫使蒙古各部落中止和後金政權的貿易。泰昌元年六月，努爾哈赤出動全軍進攻瀋陽，其先鋒三日內被熊廷弼在野戰中連續擊敗兩次（這是薩爾滸戰役後，明軍對後金中央精銳第一次和第二次的野戰勝利），就又灰溜溜地退回赫圖阿拉去了。蒙古人原本是牆頭草，看到明軍已經呈現出轉守為攻的態勢後，也紛紛斷絕了和努爾哈赤的關係。
但對戰爭所有的希望都隨著萬曆的死亡而化作了泡影。萬曆皇帝生前把所有對熊廷弼的彈劾奏摺都留中不發，萬曆臨死前病重得爬不下床的時候還天天看熊廷弼的奏章，對他的要求也都立刻發放內幣予以滿足，以免貽誤時機。
早在萬曆死前，朝臣們的普遍看法就是熊大臭嘴也沒有什麼了不起的。他們透過一番仔細觀察，自以為是地下了個結論，認為熊廷弼也就是找皇上要要錢，閒時練練兵、修修城堡，還有就是沒事兒就去和蒙古人搞點外交，這都沒啥稀奇的嘛。既然不需要親冒矢石，那朝中的大部分文臣就認為他們也可以幹得比熊廷弼更好，至少也不會比他差。
萬曆死後，得勢的東林黨在遼東野戰勝利的形勢下被衝昏頭腦，他們給熊廷弼硬扣了一個“邪黨”成員的帽子，把他扒拉下去了，然後……然後遼東的大好局面就沒有了，熊廷弼整訓的邊軍也都沒有了。
聽到黃石的一句問話後，熊廷弼回想起萬曆皇帝對自己的信任和提拔，以及當時的功敗垂成，一時間竟然是百感交集，再也說不出一句話了。他眯細了眼睛默默思考，喉結上下翻滾著發出咕嚕聲，似乎是把憤怒的咆哮聲強行憋在了胸中。
“若，若是顯皇帝還在，還在的話……”熊廷弼再張口的時候，他的呼吸聲如同破舊風箱吹出的冷風，嘶啞得令人不忍卒聞。熊廷弼的話語也變得結結巴巴起來：“若是顯皇帝再，再重用我三年，不，不，不用那麼久，再給我兩年時間，建虜就算不被剿滅也餓死在山中了，何至於有今日之患？何至於還要歲耗國家數百萬兩軍餉啊？”
熊廷弼說到後面又變得慷慨激昂，意氣風發起來：“後生，當知老夫落到今日境地，並非無能，實乃朝中有奸佞陷害……”
其實黃石深知熊廷弼並不是一個完全優秀的統帥，因為熊廷弼的個人的缺陷也實在是太明顯了。他似乎根本不懂官場險惡，不懂得怎麼和同僚相處。所以一旦失去了萬曆這個靠山，在互相傾軋的朝廷上熊廷弼立刻就被群起而攻之。
當熊廷弼和王化貞分別任職遼東經略、遼東巡撫的時候，王化貞上奏朝廷，計劃編組廣寧軍十三萬兵，歲餉三百萬，以確保河西之地。熊廷弼就公然反對說：若是靠王化貞掌軍，必須從全國抽調精銳，歲餉千萬，組建四十萬廣寧軍方能平安無事。
後來王化貞根據努爾哈赤只有兩萬披甲地實力，提出以六萬戰兵、計三倍的兵力優勢攻入河東，還氣吞山海地提出“必一舉蕩平建虜”的口號。熊廷弼看完王化貞的軍事計劃後，也不提一個字意見，直接上書天啟說：王化貞和他的六萬戰兵“必一舉被建虜蕩平！”
皇帝委任東林的張鶴鳴等人全權負責處理奢安之亂和建州之亂，熊廷弼就又陰陽怪氣地說張鶴鳴等人全是草包，他們的本事也就是逛逛窯子、拽拽酸詩，還預言遼東、雲南的官軍都必然大敗。
如此等等，熊廷弼最後把自己弄到遍地都是敵人的處境。而且這熊大臭嘴還每料必中，所有被他諷刺的人都確實像他所預言地那樣落馬。事後熊廷弼還總是得意洋洋地痛打落水狗，反覆強調自己的先見之明，結果就是所有和熊廷弼共事的人都恨他入骨。
就黃石的私下意見來說，熊廷弼觀察力敏銳、反應迅速、戰略眼光突出、充滿自信並有決斷力，是一個很優秀的參謀長……估計比現任地長生島參謀長金求德要優秀。但這個人黃石以為並不是很適合做統帥。在明末的名臣中，黃石最佩服的是孫承宗的胸懷氣度、熊廷弼的戰略戰術、盧象升的勇武膽略。但就他個人而