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隨著清軍的入關，大肆的在宣府、薊州劫掠，遠在陝南的高迎祥等流賊，卻迎來了官軍的毀滅式打擊。
崇禎九年七月中旬，高迎祥等流賊見漢中有官軍重兵把守，無法透過棧道北上，於是決定從漢中東邊的石泉山北出子午谷，進入西安府。
率領官軍追剿的孫傳庭，對此早有預料，派駐重兵控扼西安西面的黑水峪出口。
七月十六日，高迎祥等流賊進入盩厔南的黑水峪，隨後與控扼出口的孫傳庭展開四天的激戰。
流賊初戰告捷，擊敗參將李遇春所部官軍。
尾隨追來的洪承疇見勢不妙，遂施展招降流賊的方法，分化流賊。
高迎祥手下的千公雞張二、一斗谷黃龍等人私下向官軍賀人龍接洽投降。
七月十八日。
雙方在馬召原再次展開激戰。
在激戰過程中，叛變的張二與黃龍等人利用雨後大霧，趁高迎祥下馬張弓射箭之時，偷偷的把高迎祥的坐騎和麾下部卒向南拉走。
等到高迎祥發現之後，已是來不及了。
於是，高迎祥只得脫下甲冑，躲進草叢，但卻不幸被官軍俘獲。
七月二十一日，洪承疇與孫傳庭向崇禎皇帝報捷。
崇禎皇帝大喜過望，急令二人將高迎祥押解至京師。
高迎祥的被俘，可以說是對流賊一個重大的打擊。
有一些流賊首領因此感到前途悲觀失望，便走向了乞降的道路。
如有流賊首領張妙手、蠍子塊拓養坤分別向孫傳庭乞求招安。
但是，仍有張獻忠等流賊，依舊在與官軍作著鬥爭。
七月二十六日，在高迎祥被俘後，張獻忠等流賊急忙向著河南逃竄，躲避洪承疇及孫傳庭的圍剿。