在母體構建出的夢境裡，一部分覺醒的人類組成了反抗軍，試圖解救人類，獲得自由，而尼奧就是他們苦苦尋找的救世主，那個獨一無二的“the one”。
——這是尼奧所得到的解釋。
“為什麼是我？”尼奧問，“你憑什麼這麼確定我就是這場機器與人類的戰爭中，屬於人類的救世主？”
慣例的發問，克萊爾想，這種塑造人物的手法太常規了，有點不符合D&M的風格吧？
但這點念頭很快就從她的腦子裡煙消雲散，她重新沉浸在電影裡。
這段劇情引出了“先知”，一個說話雲裡霧裡的人物，不過她應該不怎麼重要，“先知”不過是一種強行解釋電影邏輯的設定罷了。
既然電影的背景是人類和機器的戰爭，母體當然也派出了打擊反抗軍的軍隊，它們被稱為“特工”，每一個特工在母體所構造的虛擬世界裡都能上天入地，無視大多數物理規則，到處追殺反抗軍。
為了能夠擊敗特工，尼奧進行了特訓，在一系列觀賞效果極佳的訓練場面過去後，尼奧仍舊打不過特工，尤其是特工首領，史密斯。
劇情的轉機來自女主角崔妮蒂的吻和表白，在一段優美的感情戲後，尼奧忽然開了掛。
母體中的世界在他眼中變成了資料流，他就像一個程式的管理員一樣洞悉這個程式的所有資料，且能依此提前預知特工們的下一步行動，並在這種情況下不費吹灰之力地殺死了史密斯特工。
非常漂亮的故事，非常驚人的構思。
可“愛拯救一切”的邏輯讓一切變得平庸——不是說這個故事本身平庸，而是“愛”在這裡表現得太模式化了，太標準了，以至於顯得十分虛假。
好在打鬥十分精彩，而且故事顯然還有很長一段後續，克萊爾稍微降低了一點期待值，繼續看了下去。
接下來的劇情開始向現實世界傾斜，在尼奧殺死了史密斯後，反抗軍在現實中的根據地，錫安，受到了母體所派來的軍隊的打擊。
為了贏得戰爭，尼奧在先知的指引下，決心去尋找母體的主機。
他在主機室裡見到了“程式架構師”。
尼奧問他：“我為什麼來到這裡？”
“你的生命是母體程式設計過程中一個內在不平衡等式的餘數之和。你是一個變異的總數。我用盡了一切辦法也不能消除餘數，以達到數學上所特有的精準與和諧。”程式架構師回答。
大廳中響起一陣騷動，這段對話實在是太艱澀和難以理解了，就連克萊爾都只能半懂不懂地理解到一點點。
母體是一個程式，這個程式是為了讓人類安穩地生活在其中而誕生的，它並沒有邏輯上的完全自洽——程式架構師能做到這一點，可人類卻無法接受一個邏輯自洽的世界，人類這種生物只能在混亂的世界裡才能生存。
所以程式架構師只好設計一個帶有漏洞的“母體”給人類。
而尼奧，就是這個程式中的漏洞的總和。
他被先知指引著來到程式架構師面前，而被毀滅以重塑母體世界，就是他誕生的理由。
從這裡開始，電影的走向變得難以理解起來。
程式架構師給了尼奧兩個選擇，融入母體以拯救人類，或是放棄融入，放棄這麼久以來的堅持和努力，去拯救崔妮蒂。
尼奧選擇了後者。
其實這一部分的感情戲依然顯得非常生硬，簡直是“為了愛而愛”。
這一段劇情給克萊爾一種錯覺，好像它根本不是為了展現人性的、打動人心的愛，不是為了令觀眾感動和理解存在的。
它只是簡單地、直截了當地告訴觀眾：
我不關心邏輯。這行為無關邏輯，只是人類。
該死的是，經過了這樣漫長的故事後，在整體氛圍極其冰冷的過程裡，克萊爾竟覺得被這樣簡單粗暴的感情戲說服了。
儘管理智上不喜歡，不接受，覺得荒誕……
但是的。
這很人類。
因為尼奧選擇了崔妮蒂而沒有選擇融入母體，接下來人類必須面對機器人大軍，緊接而來的又是大段大段的打鬥劇情，史密斯特工復活，同尼奧進行最終決戰……
這部分無腦打鬥非常有效地舒緩了觀眾們的情緒，但克萊爾總是忍不住去回想程式架構師。
還有先知。
她隱約覺得這部電影講述的東西遠比她能夠理解的要大，可她理解不了這故事到底是在講述什麼。