的上，離京朝見的時候，太后密旨讓李鴻章準備籌辦南洋水師事宜，李鴻章應諾。
同治八年三月，直隸總督官文入京任武英殿大學士，兼任滿工部尚書，工部漢尚書太后原本屬意胡林翼，胡林翼堅辭不就，恭親王也一力反對，所以暫時空缺，之後，由左都御史譚亭襄接任，同樣也加了大學士的銜；左都御史由右都御史董元醇繼任。
四月，安徽巡撫江忠源調入京中擔任兵部尚書。
五月，命文華殿大學士胡林翼入直軍機，“參贊政務”。張之洞出任漢陽知府，籌辦漢陽鐵廠。
九月，曾國荃署理四川總督，李鴻章之兄李翰章出任貴州巡撫。劉坤一任兩廣總督。金州將軍金寶覲見，太后嘉許，升任甘肅巡撫，參贊西北軍務。
太后恭親王多用漢人，且泰半湘人，八旗上下怨言頗多，太后聽聞笑道：“這還不簡單？”命軍機處下旨，於河南山東兩省新設“中原總督”，由御前大臣，統領侍衛大臣、滿洲鑲黃旗都統左丹梅出任，又增設理教院，統領天下宗教，管僧尼道會等人。增設教育部，統管教育、學校、學生之事；恰逢京師講武堂建成，又命旗人少年，“不進科舉，或是不入講武堂者，不得授六品以上之官位。”官文隨即也入直軍機，只是官文頗為驕傲，素來是目下無人，和恭親王也不算和睦，入了軍機也是添亂居多。如此以來，新設立了從一品大員一位，正二品大員兩位，從三品以下無數，安置了不少人。同治八年之後，吏改官制度推廣至兩江、浙閩、兩廣、天津七省。
西疆之事，白蓮教等教入新疆傳教，改變新疆伊斯蘭教一家獨大的局面，諸教爭鳴，再加上科舉教育取人之功，將諸部和朝廷的聯絡加緊了，阿古柏聲勢日益頹廢，終於同治八年十月，攻破喀什，宣告阿古柏之亂平定，阿古柏隻身逃往布魯特部，被浩罕國主擒住，親自獻到喀什的左宗棠大營，左宗棠大聲呵斥浩罕國主，命其押送阿古柏入京朝見，並上書朝廷，要求與俄羅斯議定西北邊境，吏部趁機在新疆設立布政使司二，府十二，縣九十六，不以收稅為責，、只以教化之功為主。兵部設提督二、總兵四、將軍九。只是英俄兩國不甘失敗，又在暗地裡策劃什麼。
外蒙古設庫倫、烏里雅蘇臺、烏梁海三宣慰使以及屬官，由中央派遣流官，並設定司法官，多用滿蒙漢八旗之官，不干涉蒙古諸部內政，藉著平定阿古柏之威，諸部不敢妄為，理藩院制定《內外藩條例》，就內藩、外藩的權利義務進行了規定，內藩限制約束甚多，不如不得自建一國，只可稱汗，不得稱國主等，可優惠條款也多，官道、交易等都是諸部需要的，於是，新疆青海蒙古諸部漸次安定，自此西北無礙，左宗棠得此邊防軍功，堪比平定洪楊之亂，禮部商定，封一等公，封號“肅勇”，遞等襲爵三代，這爵位已經在曾國藩之上了，堪稱漢人大臣第一。只是新疆雖平，可到底還是不甚大治，仍命其擔任新疆總督一職在，只命十二鎮大軍凱歌還朝。
西苑紫光閣。
如今已經是十一月的時候，初冬下了一場小雪，空氣之中乾燥又多了不少寒冷，西苑本來就多梅花，早梅幾株已經隱隱浮動暗香，一大早，御膳房和尚膳監還有鴻臚寺的人就都忙乎開了，宮人侍衛蘇拉都一應忙乎開，鴻臚寺的一個四品官員事無鉅細親自在紫光閣裡頭看了又看，把幾個寶座看了又看，又會同御膳房總管太監，盯著餐具的擺放，又拿了片子出來仔細看看，對著總管太監說道：“今個賜宴，浩罕國主也在，這倒是不能馬虎，失了天朝的氣派威嚴，為的是浩罕國主信奉回教，一應豬肉的菜都不能上了。”
總管太監稱是，隨即說道：“已經吩咐御膳房了，今日用的都是新鍋子，但是聽說他們是不喝酒的，這賜宴，若是沒酒，怕是？”
“不上豬肉菜已經是仁至義盡了，”那個官員不在乎的擺擺手，“已經是很是照顧他，他若是不喝酒，不喝就是，放著就行。今個可是皇上親自來的，軍機大臣都要到，理藩院、理教院尚書也要來，差不多是半個朝會了，咱們自己有功之臣要多多照應好就是，這浩罕國主，嘿嘿，指不定還會怎麼樣呢。”
“難不成要廢浩罕嗎？”那個太監奇道。
“那倒不會，親自獻了阿古柏進京，多少不能動手，這禮數在著呢，只是免不了要敲打一番了。”說到這裡，鴻臚寺卿惠徵到了，幾個管事太監和內務府官員上前迎接，惠徵雖然官位不顯，但是母后皇太后的父親，當今聖上的外祖父，乃是正牌子的國丈，他素來性子也溫和，所以眾人都願意尊敬他，惠徵到了閣內，看了看佈置，又問了幾下