起來，反過來兩人又施出神威，颳風下雨，把狂風暴雨向黃帝陣中打去。應龍只會噴水。不會收水，結果，黃帝大敗而歸。
久，黃帝重整軍隊。重振軍威，再次與蚩尤對陣。黃帝一馬當先，領兵衝入蚩尤陣中。蚩尤這次施展法術。噴煙吐霧，把黃帝和他的軍隊團團罩住。黃帝的軍隊辨不清方向，看不清敵人，被圍困在煙霧中，殺不出重圍。就在這危急關頭，黃帝靈機一動，猛然抬頭看到了天上的北斗星，斗柄轉動而鬥頭始終不動，他便根據這個原理髮明瞭指南車，認定了一個方向，黃帝這才帶領軍隊衝出了重圍。
這樣，黃帝和蚩尤一來二去打了七十一仗，結果是黃帝勝少敗多，黃帝心中非常焦慮不安。這一天，黃帝苦苦思索打敗蚩尤的方法，不知不覺昏然睡去，夢見九天玄女交給他一部兵書，說：“帶回去把兵符熟記在心，戰必克敵！”，說罷，飄然而去。黃帝醒後，發現手中果真有一本《陽符經》。開啟一看，只見上面畫著幾個象形文字“天一在前，太乙在後。”黃帝頓然悟解，於是按照玄女兵法設九陣，置八門，陣內佈置三奇六儀，制陰陽二遁，演習變化，成為一千八百陣，名叫“天一遁甲”陣。黃帝演練熟悉，重新率兵與蚩尤決戰。
為了振奮軍威，黃帝決定用軍鼓來鼓舞士氣。他打聽到東海中有一座流波山，山上住著一頭慢獸，叫“夔”，它吼叫的聲音就像打雷一樣。黃帝派人把夔捉來，把它的皮剝下來做鼓面，聲音震天響。黃帝又派人將雷澤中的雷獸捉來，從它身上抽出一根最大的骨頭當鼓槌。傳說這夔牛鼓一敲，能震響五百里，連敲幾下，能連震三千八百里。黃帝又用牛皮做了八十面鼓，使得軍威大振。
為了徹底打敗蚩尤，黃帝特意召來女兒女魃助戰。女魃是個旱神，專會收雲息雨。平時住在遙遠的崑崙山上。
黃帝布好陣容，再次跟蚩尤決戰。兩軍對陣，黃帝下令擂起戰鼓，那八十面牛皮鼓和夔牛皮鼓一響，聲音震天動地。黃帝的兵聽到鼓聲勇氣倍增；蚩尤的兵聽見鼓聲喪魂失魄。蚩尤看見自己要敗，便和他的八十一個兄弟施起神威，兇悍勇猛地殺上前來。兩軍殺在一起，直殺得山搖地動，日抖星墜，難解難分。
黃帝見蚩尤確實不好對付，就令應龍噴水。應龍張開巨口，江河般的水流從上至下噴射而出，蚩尤沒有防備，被衝了個人仰馬翻。他也急令風伯雨師掀起狂風暴雨向黃帝陣中打去，只見地面上洪水暴漲，波浪滔天，情況很緊急。這時，女魃上陣了，她施起神施，剎那間從她身上放射出滾滾的熱浪，她走到哪裡，哪裡就風停雨消，烈日當頭。風伯和雨師無計可施，慌忙敗走了。黃帝率軍追上前去，大殺一陣，蚩尤大敗而逃。
蚩尤的頭跟銅鑄的一樣硬，以鐵石為飯，還能在空中飛行，在懸崖峭壁上如走平地，黃帝怎麼也捉不住他。追到冀州中部時，黃帝靈感突現，命人把夔牛皮鼓使勁連擂九下，這一下，蚩尤頓時魂喪魄散，不能行走，被黃帝捉住了。黃帝命人給蚩尤戴上枷栲，把他殺了。害怕他死後還作怪，便把他的身和首埋在了兩個地方。蚩尤死之後，他身上的枷栲才被取下來拋擲在荒山上，變成了一片楓樹林，那每一片楓葉，都是蚩尤枷栲上的斑斑血跡。
蚩尤雖然戰死，但是他的勇武卻被世人所欽佩，蚩尤雖然在儒家典籍中形象負面，但民間一直有崇拜蚩尤的傳統，。如南朝任昉的《述異志》記載冀…州有樂名《蚩尤戲》，民人頭戴牛角而相抵；在太/原的村落中人們祭蚩尤神。秦始皇親祭蚩尤，為八神之一的戰神，後世帝王、武將出徵之前常祭拜蚩尤以求庇佑。
傳說蚩尤戰敗，身首異處，其墓即“蚩尤冢”也有多處，亦有民祭祀。根據蚩尤為黃帝六相，首管天時，故成為某種星相名稱，稱為“蚩尤旗”。根據《呂氏春秋》《史記》《隋書》等文獻的描述，蚩尤旗應指某種彗星，是戰伐的徵兆。
對於漢族一般自認炎黃子孫，苗族則持續以蚩尤為祖。苗族川黔滇方言區，流傳有“格蚩爺老”的傳說。“格蚩爺老”又譯“格蚩尤老”“格蚩”，意為爺爺、老人，“爺老”是英雄之意，是否就是蚩尤，尚有爭論。黔東南、融…水等地苗族，每六年或十三年舉行一次大型祭祖儀式“吃鼓藏”時，也要首先祭始祖“姜尤”。黔南還有苗族史詩《榜蚩尤》在民間傳唱，歌唱“第一位祖先”香尤公的故事。
雲/南馬關、武/定苗族有“跳月”或“踩花山”的風俗，傳說此風俗與蚩尤關係密切。當時蚩尤率領苗民抵抗黃帝東進，失敗之後退入深山。為召集四方苗人，蚩尤在山上樹起樹杆，繫上腰帶，令男女年圍