指控。文中過分誇大基督教義的神聖，激化了矛盾。這時，湯若望中風病倒，由南懷仁代其履行公務。楊光先代表著反西方傳教士的一批人，包括儒士、回教徒等人，他們積極支援楊光先，使這一案件越來越複雜。
康熙三年秋到次年春天。朝廷公開審理此案，楊光先指控湯若望等人犯有三條大罪：陰謀叛逆、宣揚邪教和傳佈錯誤的天算學。長期審判的結果是，湯若望和欽天監七位官員被判處死刑，各地傳教土集中到北京接受審訊。拆毀全國教堂。但在審判的最後關頭，北京發生強烈地震，順治帝的母親孝莊太后直接干預此案，湯若望和僕人才被釋放。五名中國官員仍被處死，不久湯若望病故，葬於利瑪竇墓旁。集中到北京的二十五名傳教士被驅逐出境。
楊光先就任欽天監監正。走馬上任後，他遇到曆法推算的技術問題，楊光先恢復大統歷和回回曆，結果當然錯誤百出。康熙年事稍長，不滿於鰲拜的專權，從欽天監人手追查。康熙八年春，康熙仿效乃父順治命湯若望的助手南懷仁和楊光先實地測試，以辨優劣。經過幾次考查，楊光先敗下陣來，被革職，病死在回安徽老家的途中。
康熙皇帝恢復了湯若望的尊號，肯定了他的貢獻。南懷仁接任欽天監監正，經過這一重大麴折，中國天文學重新獲得了發展的機遇，以後歷任欽天監主要官員均為西方傳教士。傳教士在天文學上取得勝利，傳教的阻力卻越來越大，清政府對傳教活動的控制康熙中後期以後越來越緊，最終進入全面禁教階段。
湯若望和順治帝感情如此的親厚，為什麼最後會落得如此下場？一朝天子一朝臣？
康熙能夠登上大統，正是因為這位西洋老人的一句話，才促使順治立康熙為繼承者。
有關誰繼承皇位的決定，內臣奉孝莊太后意思詢問湯公，皇二子福全和皇三子玄燁哪一個繼位較合適。湯若望對皇三子比較中意，因為他得過天花。這位玄燁，就是後來的清聖祖康熙。
從這個角度來說，湯若望對康熙是有恩的，但是究竟是什麼原因，促使康熙對湯若望下達凌遲的命令呢？如果不是孝莊太后敦促，康熙八年，湯若望的冤案還不能平反。
其實湯若望的失寵，以及最後的凌遲處死，和楊光先沒有太大的關係，這件事只是一個由頭，或者明面上的解釋。真正的原因卻和風水有關係。
清朝的皇帝十分注重陵寢風水的選擇。他們認為，一處好的陵寢風水，能給國家帶來好運，能使子孫繁衍興旺。所以，沒有好的風水，他們寧可不建陵寢。道光皇帝這樣說過：“總以地臻全美為要，不以宮殿壯麗以侈觀瞻。”講的其實就是這個道理。
順治皇帝是清朝入關以後的第一位帝王，他的陵寢究竟要選在哪裡呢？小福臨在思索這個問題。他親政以後，開始大量閱讀各種資料，其中包括風水書籍。
順治帝很聰明，他每天都要看十多本書，而且，有過目不忘的本領。但是，由於過度勞累，竟然把他給累吐血了。
順治帝在學到了大量的書本知識以後，他想要親身實踐一下，順便檢驗一下自己的所學。於是，他要為自己選擇萬年吉地。
順治八年十二月，剛剛14歲的少年天子福臨，奉孝莊文皇太后，率領皇后、妃嬪、諸王大臣、風水師，一行浩浩蕩蕩向遵化出發。
走了4天，他們來到了遵z化的豐臺嶺。他為什麼到這裡來選擇風水呢？原來，他在宮裡得到了一個訊息，離紫禁城近300裡的遵z化豐臺嶺地方是一處好風水。典籍查繼佐《罪惟錄》中記錄了豐臺嶺的風水。
崇禎十三年，由於天壽山沒有好的風水了，崇禎皇帝便派出了劉孔昭和張真人來遵z化選擇風水，選好之後，劉孔昭說雖然風水很好，但是，沒有好的開工時間。經過掐算，開工吉時是甲申年，也就是崇禎十七年，而這一年，正是明朝滅亡的年份。
所以，14歲的順治帝是有備而來。他登上豐臺嶺的山巔，舉目遠望，但見南面平川似毯，盡收眼底；向北看，重巒疊嶂，萬綠無際，真是一處天造地設的好風水。順治帝回憶著自己平日所看的風水書籍，把那些龍沙穴水等風水要素一一對號入座，居然是大吃一驚：這真是一處十全十美的風水寶地！正是“龍沙穴水無美不收，形勢理氣諸吉鹹備。”於是，順治帝虔誠地擼下戴在大手指上的玉扳指，向南面丟擲去，說：“扳指落下的地方就是將來的穴位。”
王公大臣立即找到了順治帝拋下的扳指，並馬上把一個金簪子插進玉扳指。金簪、扳指被一起插進泥土之中，然後，把它們用蓆棚