南部。在大員（今臺南市）修築熱蘭遮城、普羅民遮城兩城，駐防近兩千人，但大陸移民卻多達數萬。此外本業的貿易商業上，在日本鎖國後，只許中國人和荷蘭人前往貿易，鄭芝龍藉由對日本的貿易，因而更富。
大明的爵位制度取消了子爵和男爵。就只有公侯伯三種爵位，崇禎皇帝朱由檢是打算取消爵位制度的，但是在現今的形勢下。似乎沒有辦法，反而是在想通了這點之後，他第一次有了一份慷慨大氣的胸懷，在第二日。所有鄭芝龍的屬下。包括鄭芝龍本人，在宣佈要將家產都捐給朝廷之後。
崇禎皇帝朱由檢封了鄭芝龍一個侯爵，封了所有原來的鄭家軍二十多名高層將領以伯爵，並將鄭芝龍升任兵部侍郎職銜，和中央軍校海軍分校的校長，放在京師，專門負責海軍軍校的事務。同時，將這二十多個伯爵也全部帶回京師。一舉抽離了鄭家在原來的鄭家軍當中的影響力，鄭芝龍的艦隊。徹底的被中央水師收編。從此大明再無鄭家軍這麼一股勢力，這也是崇禎皇帝朱由檢挖掉的第一股大明地方軍閥。
經此一役，崇禎皇帝朱由檢和大明水師的聲勢大振，普特曼斯只好放棄與劉香勾結，改與大明朝廷修好，轉而表達今後想在臺灣、而不是強勢前往福建尋求對華貿易的意願，由大明朝廷派船到臺灣進行貿易。
在一位住在熱蘭遮城的同安商人林亨萬居間協調下，崇禎皇帝朱由檢同意和荷蘭人進行貿易往來。但是必須退出臺灣，退出所有的大明國土，並建議荷蘭人在占城國和暹羅同大明合作，只有這樣，大明才允許東印度公司的存在，否則就將同荷蘭全面開戰。
普特曼斯是很清楚崇禎皇帝朱由檢眼下的處境的，但是瘋子一般的皇帝，同時皇帝在信中所表現出的大國威嚴，讓他不得不接受了皇帝的建議，並提出給兩年的緩衝期，崇禎皇帝朱由檢同意。
外交併不是一味的打殺，崇禎皇帝朱由檢暫時還沒有辦法將重心放在對世界海權的爭奪上面去。
於是福建商船開始駛抵臺灣。
東印度公司向荷蘭本土提出增兵亞洲說：如果公司想存在下去，必須把大明水師這一根刺從公司腳下拔除。
九死一生的劉香不滿荷蘭人又與鄭芝龍修好，在返回揚州，返回京畿地區的途中，利用月亮被遮住，以部眾六百多人襲擊大員（今臺南安平）的荷蘭人城堡熱蘭遮城，並且已經用雲梯爬上了城牆。被荷蘭哨兵發覺，經開槍和炮轟後，劉香率部眾逃散而去。數天後，這支海盜從高雄離開臺灣，
崇禎皇帝朱由檢帶著中央水師戰艦群抵達南京的時候，接到了鄒維璉的電文，稱與劉香殘部在金門外洋遭遇，李旦之子李國助倒戈投降明軍。徹底擊潰劉香海上武裝集團，劉香引火自盡；劉香死後，臺灣海峽恢復安寧，原來害怕海賊伏擊的中國商船開始源源駛向臺灣。
崇禎皇帝朱由檢剪除大明海域群雄，並把海上力量納入地方官府體制，取得制海權，合法掌控東西洋貿易制度的運作。
日本襖地鎖國，退出東亞海洋競爭；荷蘭殖民者也不得與大明朝廷達成海上航行與貿易協議，規定荷蘭的對日本貿易，需經大明的皇家商船將中國特產運至臺灣，轉手之後，方由荷蘭方面運往日本出售。崇禎皇帝朱由檢所統治的大明朝廷遂成為東方海洋世界的唯一強權。
崇禎皇帝朱由檢回電鄒維璉，讓其利用泉州安平鎮的航海和經商基地，打破官方的海禁，繁榮海市，武裝船隊旗幟鮮明，戈甲堅利，航行於中國沿海、臺灣、澳門和日本、菲律賓等東南亞各地之間，充分利用自己的權勢和財力，擴大海上貿易，幾乎壟斷了整個亞洲與海外諸國的貿易。
崇禎皇帝朱由檢以強大的海上武裝力量和雄厚的資本在國際市場上同荷蘭、日本、南洋各國商貿公司競爭逐角，是官商結合、開啟了福建，浙江，廣東沿海的中國資本主義萌芽。
此時的大明朝廷從事海外貿易，主要是同日本通商。當年，駛往長崎的大明朝廷商船多達數十艘。兩艘皇家商船滿載黃白生絲及紗綾、綢緞等貨物，運往日本。民間商船也運載大量生絲、各類紡織品、黑白砂糖及麝香、土茯等藥物，運往日本，頗受歡迎。
大明海關進一步繁榮，南北海路再無掣肘。大明朝廷與葡萄牙人、西班牙人建立貿易關係。運往日本的絲織物，有一部分是從占城國購進的，日本的貨物也由他運到呂宋，轉售西班牙。
崇禎皇帝朱由檢極力發展海上貿易，經常滿載絲綢、瓷器、鐵器等貨物，駛往柬埔寨、暹羅、占城、交趾、三佛齊、菲律賓、咬留巴（今雅