趙松仍舊命令九州島現在的格局暫時不變，各個投靠大漢的藩主繼續在領地內維持之前的統治秩序，所以在這些領地內秩序還算是嚴整。
但是在那些親附幕府、舉兵抵抗的藩主的領地內，因為藩主和家臣們大多數在大漢的兵鋒之下要麼死傷，要麼就躲入山野當中惶惶不可終日，原有的統治秩序基本上突然就被摧毀了。
少量地方，因為有大漢軍隊的進駐，總算還維持著秩序，但是大漢軍隊畢竟有限，在大漢軍隊所未能觸及的地方，因為原有統治體系的突然崩潰，出現了難以制止的動亂。
其中鬧得最兇的就是九州西部和南部的那些藩國們，一來是因為大漢大軍是從西部登陸進軍、大量藩主和藩軍在戰爭當中被殺或者逃亡，社會秩序突然崩潰，給了他們暴亂的空間；二來是因為之前被幕府和各藩嚴厲鎮壓的天主教徒們，終於等到了鎮壓力量削弱的時機，然後趁勢而起，發動了暴亂。
這些暴亂，是從日野江藩等九州西部地區集中爆發的，因為無人制止很快就變成了熊熊烈火。
在戰國時代，各地豪強互相征伐戰亂不休，而這時代的西班牙人和葡萄牙人卻已經開始在全球進行海洋擴張，為各自的國家尋求商業的利益。很快，這些西洋人發現了日本，並且和許多大名建立了商業來往，將自己的軍火輸入到了日本。
正因為有了大量從西洋輸入的軍火，日本的軍事出現了突飛猛進的改變，而織田信長也藉著軍事變革的力量崛起，並且快速地統治了日本。
同時，隨著商人的湧入，大量西洋傳教士也來到了日本，並且開始向日本的各個階層進行傳教。因為這些西洋傳教士掌握著知識和技術，很快就得到了許多大名的尊重，並且快速地就成為了座上賓，一些大名甚至還因為他們的傳教而拋棄了原本的信仰，受洗禮成為了天主教徒。
而在與西洋人通商較多的九州，在那些下層平民當中，天主教傳播的速度也非常快。這是因為在紛擾的戰國時代，各個大名豪強要麼有擴張勢力的野心、要麼是為了固守自保，都拼命擴充軍隊，並且為了維持軍隊，各個藩主和他的家臣團們莫不以各種手段壓榨領內的農民，維持所需。
相較於當時已經變成了高階貴族和僧侶們統治工具的佛教，天主教人人平等的思想十分貼合於這些被殘暴壓榨的農民，讓他們在痛苦的現實當中找到了一些精神慰藉。在傳教士的引導下，他們很快就投入到了天主教的懷抱，九州出現了大量天主教民
而且，在殘暴的壓榨當中，廣大平民衣食無著，而且反抗情緒也日積月累，在這種情況下，天主教既能夠提供一種讓他們聯接起來的工具，也能夠給他們提供另一種身份認同，讓他們不覺得自己比領主的地位卑下。
在這樣的情況下，天主教民在日本列島四處發展，甚至蔓延到了上層，很快引發了日本最高統治者的警惕，決定限制天主教的傳播，同時壓服這些心懷不滿的平民百姓。
豐臣秀吉下達了禁教令，而繼承了豐臣秀吉事業的德川家康也幾次頒佈教令，宣佈要清洗天主教徒，在幕府的高壓下，大量天主教徒被迫改宗，少部分不願意改宗的平民就要被殺死。
同時，戰國時代的嚴厲壓迫和苛捐雜稅還是沒有因為和平年代的到來而停歇。雖然在幕府的命令下，各藩的軍事力量都被嚴重縮減了，但是無論是日野江藩還是福岡藩、抑或是九州其他地方的藩國，當年的稅收一無所減，有些領主甚至還刻意地給農民在苛捐雜稅之外再加了一些捐稅，理由是“芝麻和農民都是越榨越有油。”
首先爆發天主教民的正是島原藩，這裡來自於信仰和剝削的壓迫尤為嚴重。日野江藩之前的藩主是有馬直純，有馬直純從小在德川家康身邊長大，又娶了德川家康曾孫女為妻，所以深得幕府信任。
在父親死後，有馬直純繼承了其父去當島原領主。受寵若驚、感激涕零的有馬直純，雖然曾經受過洗禮也是個天主教徒，但為報答德川家康厚愛，他早已經毅然退教，而且發誓要秉承幕府將軍的聖意，將天主、基督在藩內斬草除根。有馬直純一來到藩內就大開殺戒，將不願棄教者活活燒死，並叫其他教徒現場觀看。
後來，有馬直純因為得到了幕府的歡心，被轉封到了日向國的延岡藩（也正是島津家向北進兵時第一個滅掉的藩，他也在島津家的兵鋒下被殺死），而他的部下的藩臣和武士，差不多全數都留在本藩，只有極少數人隨從前去。
而這時，到了日野江藩來上任的新領主是松倉重政，他之前是大和國五條藩的藩主，是因為在