“轟隆隆……”
電閃雷鳴之中，墨菲斯的車輛來到雨幕之中，尼奧已經被林希等人抬到車上。
崔妮迪拿出一個機器按在尼奧的肚子上，只聽“砰”的一聲，機械蟲子連同血水被這個機器吸到一個小瓶子當中，扭動了幾下變成一根閃著紅光的鐵棍，被崔妮迪隨手丟在地上。
和原劇情不同的是，尼奧看都懶得看這隻蟲子，機器拿開後，他只是蜷縮在車子的角落裡一動不動。
崔妮迪與墨菲斯對視了一眼，不多一會兒，車子來到墨菲斯的酒吧樓下。
尼奧被眾人抬到椅子上放下，林希等人抱著手站在屋外不住眺望。
只見墨菲斯的椅子轉了過來，嘿嘿笑著伸出雙手，一隻手心裡各有一顆晶瑩剔透的藥丸，正是紅藥丸和藍藥丸。
尼奧忽然說道：“這就是你想要的嗎？非要讓我選擇紅藥丸？告訴你，我非要吃藍藥丸不可！”
墨菲斯說道：“你看，你是否選擇紅藥丸，海倫都已經死去，而且可以告訴你一點，她不一定就是矩陣虛擬出來的人物，她有可能跟我們一樣也曾經是機器人的生物電池。”
“什麼？”尼奧聞言雙目當中頓時出現了光亮，身子也坐直起來。
墨菲斯臉上始終保持著自信的笑容，他淡笑道：“不過你也先別急著激動，即便她跟我們一樣是活人，但因為系統讓她覺得自己得了絕症死去，那麼現實中的她也會因此而死掉，所以海倫已經死了，永遠都回不來了。”
尼奧聞言頓時再次生無可戀的躺在椅子上。
墨菲斯繼續說道：“你如果繼續留在矩陣當中，說不定機器人會虛擬一個跟海倫一模一樣的人出來。”
聽聞此言，尼奧再次坐直了雙目放光看向墨菲斯。
“不過，”墨菲斯說道：“你跟這個虛擬出來的海倫在一起難道會幸福嗎？真正的海倫已經死了，請接受這個事實！”
尼奧聞言再次一翻白眼倒在椅子上。
窗外的林希等人：“……”
墨菲斯說道：“不過你也別太絕望，因為你是救世主，說不定機器人會為了你製造一個真正的海倫出來，它們已經掌握了這種科技，要想克隆出一個一模一樣的活人簡直輕輕鬆鬆。”
縮在椅子上的尼奧一擺手，說道：“讓我猜猜看，這樣做也是有代價的對吧？”
“對的，”墨菲斯笑了起來：“機器人的任務是滅絕我們，它們已經滅絕人類好幾次了，滅完了又用基因庫把我們製造出來，如此迴圈往復，人類永遠都只能當它們的電池，你難道希望這樣嗎？”
尼奧抹著汗說道：“我問你代價是什麼？”
墨菲斯湊近他說道：“代價就是……你的一切！”
窗外的林希說道：“原臺詞貌似是所有一切吧？”
同樣身穿拉風風衣的一名船員說道：“沒有，只要尼奧成為救世主，我們就不用付出所有一切。”
坦克說道：“沙子人這傢伙說的是遊戲電影裡面的臺詞，額，不過也對，只要尼奧成為救世主，我們就都安全啦！”
只聽尼奧問道：“我的一切？太棒了，這樣對於我來說就可以結束了對吧？”
墨菲斯努了努嘴說道：“暫時是這樣的，聽說只要又有危機出現，機器人們又會把你製造出來。”
尼奧皺眉道：“你怎麼什麼都知道？是誰告訴你的？難道是你自己編的？”
墨菲斯面露些許狂熱的笑了起來：“先知告訴我們的……我們整艘船的人都相信她，你，也就快見到她了。”
尼奧服下了紅藥丸。
整艘飛船很快忙碌起來，駕駛員將飛船悄悄開到機器人的下水道當中，尼奧已經被機器人發現並且開閘衝了下來，眾人開啟飛船底部的艙門，使用一開始抓不到林希的那種機器大爪子將尼奧抓了上來。
和林希不同，尼奧身上全是一個個觸目驚心的連線孔，這些連線孔大多用來輸送營養，而後腦勺上最大的那個連線孔則可以用來連線到矩陣，剛醒來的尼奧十分虛弱，彷彿一個醉眼惺忪的金牌殺手，眾人將他抬到一個房間當中，讓他好生休息。
墨菲斯笑得露出了白牙：“沙子人，你幹得非常好，現在我們按照先知的預言喚醒了尼奧，雖然過程有些坎坷，但我們人類這次有希望了。”
熟知駭客帝國前三部曲的林希知道，錫安人類其實是無法擊敗機器人大軍的，不過機器人的系統也生病了，只有尼奧才能治好，所以尼奧治療機器人系統的