的缺點，那就是對他所信任的人，有著無比的依賴心理，不管是客氏還是魏忠賢，乃至毛文龍，而孫承宗更甚。
在前一個歷史上，天啟皇帝根本沒有實權，已經被東林架空，但依舊能堅持自己的意志。何況現在天啟已經掌握了一部分話語權，於是在天啟的堅持下，朝廷議論後，將閻鳴泰罷免，用張鳳翼接替。
但張鳳翼膽小，又主張退守山海關。孫承宗對此感到不高興，出關巡視寧遠，召集眾將開會，多數將領都想退守山海關，馬世龍建議守中後所，袁崇煥等主張守寧遠。孫承宗採用袁崇煥的主張，於是讓祖大壽修建防禦工事，令袁崇煥、滿桂駐守寧遠。
但這個膽小的張鳳翼就堅決反對，一味要求退守三海關。這樣一來，孫師傅認為，這個換了的張鳳翼又和自己不對付了，孫承宗擔心自己的權利受到限制，上書朱由校說督師和總督不能同時設立，請求將自己罷免。
這就是徹頭徹尾的叫天啟的板了，按照一個正常的上位者，絕對是不能容忍這樣的事情發生的。但天啟朱由校最終還是表現了對孫承宗這個老師的絕對信任，信任到了言聽計從的地步，立刻終止總督的推選，令遼東巡撫移駐寧遠。
張鳳翼覺得這是置自己於死地，與萬有孚等詆譭馬世龍。沒過多久，萬有孚被薊州巡撫嶽和聲彈劾，張鳳翼於是稱馬世龍和袁崇煥陷害自己，捏造謊話欺瞞朝廷，試圖阻撓出關的計劃。給事中解學龍也大力陳說馬世龍的罪過，孫承宗非常生氣，上書給朱由校說邊關的防守策略，說寧遠、覺華不能放棄，併為馬世龍辯解，又揭發萬有孚與張鳳翼等勾結的罪狀。結果天啟又毫不猶豫的罷免撤銷了兩個人。
事情其實到了這個時候，孫師傅是老而彌堅的過份了，天啟依舊堅信的也過份了。但天啟也從這幾次事情上感覺，孫師傅似乎對權力太過迷戀了，不能容人，所以，信任依舊，但抱怨也就出來了。