毛文龍設計幾年的，藉助王恭廠爆炸改變天下政治格局的大爆炸，如期降臨了。
據歷史記載，天啟六年5月初六上午9時左右，京城天色皎潔，忽有聲如天牛嘶吼，從城東北方漸至城西南角，同時有一特大火球在空中滾動。巨響聲中，天空絲狀、潮狀的無色亂雲橫飛，有大而黑的蘑菇、靈芝狀雲像柱子那樣直豎於城西南角。剎那間天昏地暗，塵土、火光飛集，天崩地陷，萬室平沉。
東自阜成門，北到刑部街，長1500—2000米，寬6500米範圍內木材、石塊、人體、禽屍像雨點那樣從天空中降下。數萬間屋、2萬多人都被炸成粉狀，瓦礫騰空而下，衣物遠飛至昌平，死者皆裸體。正在紫禁城內施工的匠師們，從高大腳手架上被震了下來，2000人跌成“肉袋”。為皇帝出宮準備的儀仗隊中的大象，因受驚從象房中奔逃而出，滿街亂竄，踐踏百姓，死者無數。
御史何遷樞、潘雲翼在乾清宮被震死，住在城西南的何家、潘家全被埋在土中。由於皇宮處在爆炸區邊緣，使明熹宗朱由校倖免於難。
據《天變邸抄》記載，大爆炸猛發之時，天啟帝正在乾清宮用早膳，突然大殿震動，皇帝扔下飯碗，起身直奔交泰殿。速度之快，驚慌的內侍們一時未來得及跟上，只有一個貼身侍衛扶著他。但行到建極殿時，行至建極殿旁，有木檻、鴛瓦自空中墜下，天啟帝的貼身侍衛腦頂被砸裂，一命嗚呼。天啟帝喘息未定一人跑入交泰殿，躲到大殿的一張桌子下。同時，乾清宮大殿嚴重損壞，一派狼藉，御座御案都翻倒在地。侍奉皇帝進早膳的太監皆殉難，無人存活。不滿三週歲的皇太子在宮中被砸死。
但這次，歷史還是有了許多變化，就比如死亡人數就多了一萬兩千人。
在毛文龍的授意下，經過鄭宏達多年帶領江南富商捐獻，也是在毛文龍的建議下，遷到王恭廠的首善書院不斷擴建，其規模已經成為京城除了皇宮之外最大的建築群。而免費食宿，更是讓天下東林士子精英趨之若鶩。上一次閹黨和東林鬥，殺了東林六君子，魏則西採納了毛文龍的建議，將東林七十三賢士軟禁在首善書院，結果更壯大了首善書院的名聲，讓它的名聲更加如日中天，各地東林精英以進入書院為榮。
而這次毛文龍的事件，讓許多東林骨幹以及官員，進京加入聲討毛文龍的隊伍，平時全部住在這首善書院裡。一時間，首善書院匯聚了天下東林精英，人數達到了一萬兩千人。
正在他們痛批毛文龍和閹黨的時候，大爆炸發生了，於是，離王恭廠炸藥廠最近的首善書院成了第一受害者。一聲巨響，原本輝煌的首善書院，轉眼成為了一片白地。一萬兩千東林精英以及各地趕回來批鬥毛文龍的東林官員，轉眼間灰飛煙滅。不難理解葉向高考察首善書院的時候哀鳴：“大明三百年養士成果毀於一旦，天下士子精英盡毀，沒百年不能再現輝煌啦。”
後來毛文龍走在這片應該是大明最璀璨的文化聖地上，腳下的瓦礫裡似乎還有冤魂在衝著他吶喊，向他索要性命。帶著一臉假仁假義的悲慼，毛文龍只能歉意的在心中喃喃解釋：“不是我不想改變你們的命運，第一，天災是我所無能為力的，我也才搞明白，後世推測的所有王恭廠爆炸案，其實是天災加上人禍造成的，是小流星隕石，恰巧撞在了王恭廠大明火藥庫附近，本來不大的撞擊卻引爆了火藥。這不是我能改變的，我雖然是穿越者，但不是萬物的宇宙的掌控者。
至於出現了這麼大的損傷，怪的誰呢？在葉向高的眼裡，你們是精英，我也承認你們是這大明三百年的精英。
但大明養士三百年，卻將養出來你們這邦目空一切的混蛋，被嬌慣的過份了。
一個精英嬌養到了已經變成了熊孩子的程度，只有破壞沒有建樹，不但對歷史起不到推進作用，反倒是成為了歷史的禍害。
真正的精英是在民間歸隱的，是真正潛心修養的，你們的魁首也就是高攀龍，他的主張是和你們不一樣的，是你們已經走向了邪路，這怪的誰呢？”
同為東林魁首，真正的開派大儒，一代宗師高攀龍，他的初衷不是這樣的，當他將那副名滿天下的對聯高高的掛在了東林書院上的時候，他的初心已經名錶天下，高攀龍秉承的在於提倡“治國平天下”的“有用之學”，反對王學（王守仁學派）末流的“空虛玄妙”之學。他認為“無用便是落空學問”，“立本正要致用”，把“治國平天下”看做是格物致知和個人道德修養的必然結果。“修身、齊家、治國、平天下”是他畢生追無論在朝在野，高攀龍時刻關注