“那麼他們隊伍就應該是智強力弱的隊伍了，看來又沒我什麼事了。”不知道是不是受到西門吹雪的感染，宋天現在也變成了一個戰鬥狂，除了刀，什麼都沒興趣。
“太好了，我們的計劃，是不是要開始了！救世主，救世主，哇哈哈哈哈！”
御手洗興奮地在那裡大喊大叫，其他人都一臉無奈地看著他，如果不是隻有他最合適，這個計劃的重點絕對不會放在這個白痴身上！
第二章 初次交鋒
對於錫安的人類來說，這幾個月是血色的。先是在虛擬世界中出現了一群怪異的人，說是怪異是因為他們完全脫離了虛擬世界對保衛者的束縛，可以使用出超過限制的能力。這些人把所有的駭客都殺光了，唯一剩下的救世主尼奧，雖然在虛擬世界中同樣擁有超脫限制的力量，在不斷的戰鬥中變強，到最後能夠以一人敵十，把那群怪異的人壓了下去，但無奈的是，對方明顯志不在此，在虛擬世界中拖住尼奧的同時，發動機械大軍攻擊錫安。
在這個時空，錫安本來因為要作為東海隊的可利用勢力，變得比原劇情中要強大，但始終架不住無窮無盡的機械大軍。到最後，尼奧被逼回到現實世界中參戰，但這個尼奧的實力明顯和龍崎在《終結者》中遇到的尼奧要差得遠，就算被南炎洲隊的人狠狠地虐待了一段時間，也不過是剛踏入4階而已，終於，南炎洲隊利用機械大軍耗盡了尼奧的精神力，一舉把他殺了，人類最後的城市，錫安，宣告失守。
能逃出錫安的人連百分之一也沒有，加上流浪在外沒有趕得回來的人，全世界的人類只剩下區區數萬人了，可以說，清醒的人類現在是真正頻臨滅絕了。他們已經絕望，毫無目的地躲避著機械大軍，然後在黑暗的廢墟中，等待死亡。
不過神似乎並沒有拋棄他們，在這數天裡，有一群更神秘的人不斷地集合著散落在世界各地的人類，他們擁有更先進的科技，他們擁有更強大的力量，人們曾經親眼看到他們用一些不可思議的力量把不可一世的機械大軍殲滅。最重要的是，領導著這群人的人，是新的Theone，叫做御手洗！
現在一個荒廢了地下工業中心中，有一大群的機械人在那裡忙忙碌碌地建設著，那一塊塊合金板，一件件防禦武器被不斷地裝在各個地方，看樣子是要把這裡建設成一個地下堡壘。而在工地上，還有為數不多的人類在那裡指揮著機械人工作。
突然，一陣破風聲傳來，所有人都停下了手頭上的工作，但機械人似乎一點也不在乎，該幹什麼幹什麼。很快，一群機械章魚從不遠處飛來，他們在整個地下堡壘裡飛來飛去，似乎在尋找著什麼。它們找得很仔細，而且看它們那對紅色的眼睛，就知道它們並不只靠視像來觀察的。
近在咫尺的機械章魚把那些人嚇得冷汗淋漓，生怕有什麼動靜把他們給吸引過來。但奇怪的是，儘管整個地下堡壘都有機械人在工作著，噪音從來就沒有小過，而人類也沒有躲開，但偏偏這些機械章魚卻好像這裡什麼也沒有一樣，在檢查了一番後，就離去了。
看著這群恐怖的機械章魚離去，所有人都鬆了一口氣。同樣的情況已經出現過不少次了，每次那些機械章魚都是進來檢查一番就走，絲毫沒有理會他們，雖然Theone告訴過他們，那些機械章魚是沒法發覺他們的，但畢竟對於這些從錫安逃出來的人類來說，機械章魚對於他們的影響還是一時半會不能糾正過來。
現在大部分的人類都跟著東海2隊他們在戰艦內隱藏著，雖然說那個地下堡壘有楊逆的鍊金術魔法陣在，不怕機械章魚的探測，但很難擔保南炎洲隊是否有人能夠探測這裡的生命反應，如果僅僅是十來個人的話，他們最多就當是一些逃難的人而已，但如果有幾萬人在那裡，那就很有問題了。
現在這些人都在等，等這個高科技的地下堡壘建好，還有等另外一隊人的情況，只要時機成熟了，他們就會回到新建好的錫安，為了人類的未來，傳承而再次與機械軍團抗爭。
而另一邊，楊逆和龍崎則來到了一個曾經龍崎來過的地方，至於這個曾經，在這個世界的時間來看，要追溯到幾百年前了。這個地方就是美國，真理實驗室，地下秘密祭壇。
還是這個神殿祭壇，還是白茫茫的一片，只是曾經的那本書已經不在了，它現在安放在楊逆的大腦中。還是那張桌子，那椅子，那杯茶，那個老人。
“沒想到，你們這麼快就來看我了。”
老頭子用手指了指桌子上的兩杯茶，示意他們過來坐下。而楊逆並沒有立刻就坐下，他向