標改變了，從博取某個攝政王或輔政大臣的青睞變成了博取皇上的注意，尤其是襄親王宣佈等皇上大婚後就歸政後，就更加熱烈表現了。這麼說吧，連自攝政以來一直縮手縮腳的嶽樂也打起精神來，在皇上眼皮子底下行事可不會讓人說成奪權爭利，這時還不好好表現一番的都是傻瓜笨蛋。
正是有了康熙的在場，博果爾很輕鬆地取得了西洋傳教士案的勝利。
康熙三年正月，西洋傳教士湯若望南懷仁等人撰寫刊印了《天學傳概》一書，其中竟然宣稱中國人源自歐洲，而中國的六經四書也淪為天主教的微言法語。早就對西洋傳教士極其不滿，曾多次狀告的大臣楊光先如獲至寶，於七月二十六日，正式控告湯若望有三大罪狀：一是潛謀造反，二是邪說惑眾，三是曆法荒謬。他更荒謬地宣稱：“寧可使中夏無好曆法，不可使中夏有西洋人。”
博果爾對西洋傳教士在大清國土大肆宣傳他們的教義，發展近二十萬的教眾一事也大為不滿，對《天學傳概》一書中的種種謬論也覺得荒唐至極。但他畢竟不同於保守的四大輔臣，他看到了西洋傳教士們帶來的另一種東西：科學，他期盼著能從這些人的身上獲得更多的造船造槍造炮的知識，而這些都是對大清極其有利的。
博果爾再一次與鰲拜槓上了。鰲拜提議廢除新曆，逮捕湯若望等傳教士，博果爾反對這一對西洋傳教士趕盡殺絕的方案，並認為新曆已歷時二十餘年�