各個職位也不再缺乏人手，再讓趙文得掌全權，趙瑜怎能安心。
所以當兩人相爭的時候，趙瑜便看似公允的做出調解。陳正匯出掌長史府，統管政務，而趙文則出任參軍一職，署理軍務。從此軍政分立，政不幹軍，軍不幹政。長史府與政事堂相對，而參謀部名稱雖來自於後世，但職權卻遠高於總參，實質上就是東海地樞密院。按照趙瑜的說法，由於東海以軍事立國，參謀部的地位要在長史府之上，也就是說。儘管不能再兼管政事，但趙文依然是一人之下萬人之上的地位，雖說這種說辭有些可笑，但至少保全了趙文的自尊心，讓他不至於心生怨懟。
不過，陳正匯雖升任長史，但其權力也未增長多少。長史府下設戶、工、兵、刑等六曹，對應六部；臺灣島上分置三縣——桃園、新竹、苗栗——，連同衢山、湄嶼、琉球、昌化等外島政務也統歸長史府管轄。同時趙瑜還另設商貿司來管理東海商稅。在沒有徵收田賦和人頭稅的情況下。長史府下的商貿司其實便掌管著東海財政大權。
但依照趙瑜地命令。這些財稅收取後必須直接存入他名下地東海錢莊。需要取用時。再從錢莊支取。雖然這種做法不像大宋早期地三司使制那樣。直接剝奪政事堂宰相地財權。但長史府地一切收入支出。卻都將在東海錢莊地監督下進行。這麼做。雖無收權之名。卻有收權之實。財務活動