（後來是第二特混艦隊）的目的，美軍採用了很多偽裝，以及欺騙手段。
其中，三艘艦隊航母左右兩舷上的舷號都是不一樣的，艦島上左右兩側的舷號也是不一樣的。結果，唐帝國潛艇拍下的照片上就出現了六艘航母的舷號，而實際上只有三艘航母！另外三艘小型航母被偽裝成了萬噸級補給船，因此唐帝國一直判斷美軍只有三艘小型航母去了西南太平洋，留在中太平洋的是六艘小型航母。其他方面的偽裝與欺騙也非常多，比如故意暴露艦隊的行蹤。
當時，率領艦隊南下的是米切爾少將，他是美國海軍新提拔起來的航母特混艦隊司令官。在出發時，尼米茲就向他重點交代了一點，那就是透過兩片唐帝國潛艇重點活動的區域，但是不要過於接近唐帝國巡邏機的搜尋範圍。尼米茲的目的就是要唐帝國的潛艇發現艦隊，而唐帝國的偵察機卻不能發現艦隊。這樣一來，虛虛實實，真真假假，就讓唐帝國的情報部門無法準確的判斷出艦隊的規模了。
尼米茲的這個目的是達到了的，至少這讓唐帝國的情報系統多次相信了美軍主力艦隊正在快速南下，而且其中有大量的主力艦。同時，在中太平洋這邊，尼米茲一直讓三艘小型航母在夏威夷群島海域活動，而斯普魯恩斯指揮的第51特混艦隊在跟隨米切爾的艦隊離開珍珠港之後，並沒有南下，而是向東航行，繞到了夏威夷群島的東北面海域，在唐帝國潛艇幾乎不會出現的海域巡邏待機。
在這套計劃中，不得不提到麥克阿瑟的作用。
美國總統在暗地裡向尼米茲許諾之後，又與麥克阿瑟取得了聯絡，明確了太平洋戰場上陸海兩軍的指揮許可權。麥克阿瑟是太平洋戰場陸軍總司令，可以統轄指揮所有的陸軍部隊（美軍大部分的岸基航空兵都屬於陸軍指揮，只有少部分屬於海軍陸戰隊指揮，美國海軍航空兵指揮的只有艦隊航空兵），而海軍（陸戰隊在平時不屬於海軍編制，而在戰時則由海軍指揮）的指揮權是在尼米茲手上。另外，總統還明確的告訴了麥克阿瑟，西南太平洋戰區的反擊將是很艱鉅的任務，如果能夠在此期間在中太平洋上取得一定的成果的話，那麼對西南太平洋戰區的反擊是有很大幫助的。
隨後，麥克阿瑟就與尼米茲取得了聯絡。雖然兩人有很大的矛盾，但是在這個關鍵時刻，兩名上將都很清楚一點，不管是中太平洋，還是西南太平洋，哪個方向的失敗都將最終導致整個太平洋戰爭的失敗，這次反擊是隻能勝，不能敗的，而獲勝的唯一辦法就是通力合作，而不是相互扯後腿。
明確了這一點之後，麥克阿瑟就保證將首先在西南太平洋上牽制住唐帝國的主力部隊，甚至可以提前發動登陸索羅門群島的反擊行動，讓唐軍無暇顧及中太平洋戰場。而尼米茲也保證，在完成了中途島的反擊之後，他將立即出兵攻佔威克島，先掃蕩馬紹爾群島，吉爾伯特群島，完成打通前往西南太平洋航線的任務，從側翼威脅到索羅門群島，將兩大戰區連線起來，然後再出兵馬里亞納群島。
兩名戰區司令官取得了一致意見之後，戰役部署這才開始，而此時正好是八月初。當時，麥克阿瑟手裡大概有三十個師的地面部隊可以使用，另外還有4000架左右的飛機（其中作戰飛機大概3000架）。尼米茲這邊的進攻兵力也不少，他已經在夏威夷群島上集中了十五個陸戰隊師（美軍陸戰師的規模比陸軍師大一些，比唐帝國陸戰師的規模也要大一些，一個師的兵力大概兩萬人左右），3500架飛機（其中作戰飛機2700架，包括了大概500架重型轟炸機），還有兩支龐大的登陸艦隊，五支運輸船隊。
八月上旬，尼米茲的所有準備工作都已經到位了。此時他已經向中途島增兵大概五萬人（已經被消耗了一大半），而他還可以在數日之內向中途島運送兩個陸戰師的地面兵力。進攻馬紹爾群島，威克島，以及吉爾伯特群島的陸戰隊也已經做好了出發的準備工作，大量的作戰物資都已經裝上了那些停泊在珍珠港裡的運輸船上。現在，唯一缺少的就是制海權，而這就要看斯普魯恩斯的行動了。
西南太平洋戰區，麥克阿瑟也讓十五個師的兵力做好了出發的準備工作，大批的飛機已經部署到了前線戰區附近，而在布里斯班港與維拉港，數十艘大型登陸艦，上百艘運輸船上都裝滿了部隊與作戰物資。麥克阿瑟所缺乏的也是制海權，而他必須得等待哈爾西的行動，等待艦隊的到達。
八月五日，尼米茲給斯普魯恩斯發去了一封電報，電報裡面只有一句話：10日決戰。這是一句暗號，意思就是，斯普魯恩斯指揮的第五艦隊應該在10