大臣掌主農工商政令，專司推演實業，以厚民生。副大臣貳之。農務掌農桑、屯墾，樹藝、畜牧並隸，通各省水利，匯核支銷。工務掌綜事訓工，制器尚象，並物佔各省礦產，設法利導。商務掌埠市治教，勵民同貨，修訂專利保險約章，稽頒保護訴訟禁令。庶務掌章奏文移，計會本部收支，籍紀員司遷補。藝師、藝士掌治專門職業。所轄：農事試驗場，工藝局，勸工陳列所，化分礦質所，度量權衡局，商標局，商律館，俱遴顓業者分治其事。
光緒二十四年，設礦務鐵路總局，尋復設農工商總局，令大臣綜之。尋省。二十九年，設商部，省鐵路礦務總局入之。置尚書，左、右侍郎，左、右丞，參議，各一人。司務所司務二。三十二年，更名農工商部，改平均司為農務，以戶部農桑等事隸之。通藝司為工務，以鐵道等事劃歸郵傳部。保惠司為商務。增置郎中各一人，員外郎、主事各二人。並司