大臣二人。雍正九年，設阿爾泰營置，轄唐努烏梁海五旗三佐領，兼轄土謝圖汗部汗阿林盟一部二十旗，賽音諾顏部齊齊爾裡克盟一部二十四旗，並所附額魯特旗烏梁海十二佐領，車臣汗部喀魯倫巴爾和屯盟一部二十四旗，扎薩克圖汗部畢都裡淖爾盟一部十九旗，並所附輝特一旗，烏梁海五佐領。內參贊一人，以蒙古王、公、臺吉兼任。科布多參贊大臣，辦事大臣，各一人。乾隆二十六年置，轄札哈沁、明阿特、額魯特各一旗，阿爾泰烏梁海七旗又二旗，兼轄布林幹河新土爾扈特青色啟勒盟一部二旗，哈弼察克新和碩特部一旗、杜爾伯特烏蘭固木賽音濟雅哈圖盟左翼十一旗，右翼三旗，及所附輝特二旗。同治七年，增置布倫托海辦事大臣、幫辦大臣各一人，八年省，仍隸科布多。庫倫辦事大臣，幫辦大臣，各一人。雍正九年設互市處，駐司員經理。後改置辦事大臣，監督恰克圖俄羅斯通商事宜。乾隆四十九年增一人。尋定為額缺。內一人以蒙古王、公、臺吉兼任。所屬有印房章京，理刑司員，管理商民事務司員，筆帖式等官。分駐恰克圖辦事司員一人。塔爾巴哈臺副都統，乾隆二十九年置參贊大臣一人。光緒十四年省，移伊犁副都統來駐。領隊大臣，乾隆四十一年置，轄額魯特。所屬有印房章京，管理糧饟司員，筆帖式等官。西寧辦事大臣，乾隆元年置，轄青海三十六旗會盟。所屬有司員，筆帖式。各一人。西藏辦事大臣一人。雍正五年置。光緒三十四年增一人。宣統二年省一人。兼轄達木蒙古八旗。所屬有辦事司員，筆帖式。左、右參贊各一人。初置幫辦大臣，宣統二年改置。左參贊駐前藏，右參贊監督三埠通商事宜。所屬有繙譯、書記等官。川滇邊務大臣一人。光緒三十二年置，專司移殖。所屬有書記等官。總管十有六人，塔爾巴哈臺屬一人，科布多屬十人，唐努烏梁海五人，並歸定邊左副將軍兼轄。副總管一人，塔爾巴哈臺屬。參領三人。科布多屬。佐領、驍騎校各三十有三人。塔爾巴哈臺屬各三人，科布多屬各十七人，唐努烏梁海、蒙古達木俱各八人。守卡倫侍衛，自京調遣，三歲一更。邊鎮無額兵者，旗營、綠營官兵番戍，兼治屯焉。
烏魯木齊都統，副都統，各一人。初設安西提標綠旗五營。乾隆三十六年改滿兵駐防，置參贊大臣二人。三十八年復置領隊大臣二人，四十八年改置。協領六人。佐領、防禦、驍騎校各二十有四人。吐魯番領隊大臣一人。乾隆二十四年，建城闢展，置辦事大臣一人，以廣安城為回城。四十二年改置。協領二人。佐領、防禦、驍騎校各四人。所轄：回子四牛錄、佐領、驍騎校各四人。巴里坤、古城領隊大臣各一人。乾隆三十七年置參贊大臣、領隊大臣各一人。後俱改領隊大臣，徙一人駐古城。協領各二人。佐領、防禦、驍騎校各八人。庫爾喀喇烏蘇領隊大臣一人。初置侍衛，隸烏魯木齊。乾隆三十七年改置。所屬有管理糧饟官。又臺站、屯政文武各員，由陝甘、伊犁、烏魯木齊調充。哈密辦事大臣，幫辦大臣，各一人。乾隆二十九年置。所屬有印房章京，筆帖式。同治初，遭回亂，各地相繼淪陷，唯巴爾庫勒旗營僅留孑遺。光緒八年，議改新疆行省，烏魯木齊暨吐魯番各官並奏裁之。十年，省庫爾喀喇烏蘇各官，改直隸�、州。明年，復省巴爾庫勒領隊大臣各官，遷旗營入古城，改置城守尉。
喀什噶爾參贊大臣，綜理八城事務。幫辦大臣，各一人。協理喀什噶爾、英吉沙爾事務。俱乾隆二十四年置……三十年徙參贊大臣駐烏什，改置辦事大臣，其幫辦大臣如故。五十三年復舊制。所屬有印房、回務處、經牧處、糧飠襄局各司員，及筆帖式。英吉沙爾領隊大臣一人。兼管卡倫。乾隆二十四年置總兵，三十一年改置。所屬有筆帖式。葉爾羌辦事大臣，幫辦兼理糧饟事，各一人。乾隆二十四年置。二十六年置領隊大臣二人，後省。所屬有印房章京，回務章京，筆帖式。和闐辦事大臣兼領隊事一人。乾隆三十年置副都統一人。四十二年改置。所屬有章京，筆帖式。阿克蘇辦事大臣一人。乾隆二十四年置。三十二年並隸烏什。四十四年復移烏什領隊大臣駐。嘉慶二年，分為專城改置。所屬有章京，筆帖式。烏什辦事大臣一人。初置副都統。乾隆二十四年改置，三十年省，移喀什噶爾參贊、幫辦各大臣來駐，並置領隊大臣一人。四十四年移領隊大臣駐阿克蘇。五十二年，參贊、幫辦各大臣還駐喀什噶爾，復舊制。所屬有印房章京，管理糧饟官，筆帖式。庫車辦事大臣一人。乾隆二十四年置。所屬有印房章京，糧饟章京，筆帖式。喀喇沙爾辦事大臣一人。乾隆二十四年置。所屬有印房章京，糧饟章京，回務章京，筆帖式。高宗底定回疆，分建八城，