底配平，方利行駛。北則滕縣郗山口入湖要道，淺而且窄，微山湖之王家樓、滿家口、安家口，獨山湖之利建閘，南陽湖北之新店閘、華家淺、石佛閘，南旺閘分水龍王廟北之劉老口、袁口閘，處處淤淺，或數十丈至百餘丈，須一律挑深。此未渡黃以前，阻滯之宜預為籌辦者。至黃水穿運處，漸徙而南，自安山至八里廟五十五里運堤，盡被黃水沖壞，而十里鋪、姜家莊、道人橋均極淤淺，宜一面疏濬，一面於缺口排釘木椿，貫以巨索，俾船過有所依傍牽挽。此渡黃時運道艱滯，宜預為籌辦者。渡黃以後，自張秋至臨河二百餘裡，河身有高下，須開挖相等，於黃漲未落時，閉閘蓄水，以免消耗，或就平水南閘迤東築挑壩，引黃入運。此渡黃後運道易涸，宜預為籌辦者。東平運河之西有鹽河，為東省鹽船經行要道。若漕船由安山左近入鹽河，至八里廟仍歸運道，計程百餘裡，較之徑渡黃流，上有缺口大溜，下有亂石樹�舂者，難易懸殊。如行抵安山，遇黃流過猛，宜變通改道，須先勘明立標為志。此又渡黃改道，宜預為籌辦者。”下河、漕督及東撫商籌。
十一年，河督喬松年請在張秋立閘，借黃濟運。同知蔣作錦則議導衛濟運。上詢之直督李鴻章，鴻章言：“當年清口淤墊，即借黃濟運之病。今張秋河寬僅數丈，若引重濁之黃以閘壩節宣用之，水勢抬高，其淤倍速。至作錦導衛，原因張秋北無清水灌運，故為此議。以全淮之強，不能敵黃，尚致倒灌停淤，豈一清淺之衛，遂能御黃濟運耶？其意蓋襲取山東諸水濟運之法。不知泰山之陽，水皆西流，因勢利導，百八十泉之水，源旺派多，自足濟運。衛水微弱，北流最順，今必屈曲使之南行，一水兩分，勢多不便。若分沁入衛以助其源，沁水猛濁，一發難收，昔人已有明戒。近世治河兼言利運，遂致兩難，卒無長策。事窮則變，變則通。今沿海數千裡，洋舶駢集，為千古以來創局，正不妨借海道轉輸，由氵扈解津，較為便速。”疏入，詔江、安糧道漕米年約十萬石仍由河運，餘仍由海運。光緒三年，東撫李元華條上運河上中下三等辦法，並言量東省財力，擬用中等，將北運河一律疏通，復還舊址，並建築北閘。時值年荒，寓賑於工，省而又省，需費三十萬有奇。下所司議。
五年，有請復河運者。江督沈葆楨言：“以大勢言之，前人之於河運，皆萬不得已而後出此者也。漢、唐都長安，宋都汴梁，舍河運無他策。然屢經險阻，官民交困，卒以中道建倉，伺便轉餽，而後疏失差少。元則專行海運，故終元世無河患。有明而後，汲汲於河運。遂不得不致力於河防。運甫定章，河忽改道。河流不時遷徙，漕政與為轉移，我朝因之。前督臣創為海運之說，漕政於窮無復之之時，藉以維持不敝。議者謂運河貫通南北，漕艘藉資轉達，兼以保衛民田，意謂運道存則水利亦存，運道廢則水利亦廢。臣以為舍運道而言水利易，兼運道而籌水利難。民田於運道勢不兩立。兼旬不雨，民欲啟涵洞以溉田，官必閉涵洞以養船。迨運河水溢，官又開閘壩以保堤，堤下民田立成巨浸，農事益不可問。議者又太息經費之無措，舳艫之不備，以致河運無成。臣以為即使道光間歲修之銀與官造之船，至今一一俱存，以行漕於借黃濟運之河，未見其可也。近年江北所僱船隻，不及從前糧艘之半，然必俟黃流汛漲，竭千百勇夫之力以挽之，過數十船而淤復積。今日所淤，必甚於去日，而今朝所費，無益於明朝。即使船大且多，何所施其技乎？近因西北連年亢旱，黃河來源不旺，遂乃狎而玩之。物極必返，設因濟運而奪溜，北趨則畿輔受其害，南趨則淮、徐受其害，如民生何？如國計何？”
八年，伏秋大汛，張家灣運河自蘇莊至姚辛莊衝開新河一段，長七百餘丈，上下口均與舊河接，形勢順直，大溜循之而下。舊河上口至下口，長六千四百餘丈，業已斷流，惟新河身系自行衝開，不能一律深通。明年，直督李鴻章飭制新式鐵口刮泥大板，在兩岸拖拉，使一律通暢。十二年，通州潮白河之平家甿漫口，東趨入箭桿河。未幾，堵復運河故道。十三年六月，復漫刷平家甿新工下之北市莊東小堤，並老堤續塌百數十丈，連成一口，奪溜東趨十之八。尋堵塞之。是年，河決鄭州，山東黃水斷流，漕船不能南下，向之借黃濟運者，至是束手無策。旋將臨口積淤疏挑，空船始得由黃入運。十五年，東撫張曜言：“河運未能久停，請改海運漕米二十萬仍歸河運。”從之。
十六年，用江督曾國荃言，修揚屬南運河堤閘涵洞，及附城附鎮�專工。又用漕督松椿言，濬邳、宿運河。十九年，潮白河漲溢，運堤兩岸決口七十餘，上游務關�決口七。是冬均塞。二十年