，並令健銳營翼領一人，正副委署參領十八人，護軍校二十四人，統兵分駐各回城。四十四年，裁闢展辦事大臣，改設領隊大臣。旋設吐魯番屯田都司以下官。
道光八年，以阿克蘇為南路適中之地，增兵一千，移柯爾坪防兵五百歸阿克蘇，裁拜城參將以下弁兵，共新舊防兵二千二百人，守卡借差兵外，得練兵一千三百人，控制各路。九年，於喀什噶爾邊增八卡倫弁兵。尋以八卡倫內喀浪圭、圖舒克塔、烏拍拉特三處通霍罕要路，於明約洛建堡，設都司一人，綠營兵二百人駐守。阿爾瑚馬廠三處建堡，置兵二百或六十人。葉爾羌屬卡倫七，以亮葛爾、庫庫雅爾為通夷要隘，英吉沙爾屬卡倫五，惟烏魯克為要路，皆建土堡兵房，設千總官，其次設把總、外委，駐守兵多者六十人，少者十五或十人。
咸豐三年，以新疆南北兩路駐兵四萬餘人，歲餉一百四十五萬，軍興後饋飠軍艱難，諭陝、甘赴口外駐防官自是年始，即行停止。其喀什噶爾、英吉沙爾、葉爾羌、和闐八城防兵，由烏魯木齊駐防滿洲兵、綠旗兵酌撥。四年，改定新疆南路換防兵制。增伊犁滿洲兵二百人，烏魯木齊綠營兵千二百人，滿洲兵三百人。裁葉爾羌、喀什噶爾、烏什、阿克蘇四城防兵一千人。七年，以喀城肅清，撤回土爾扈特蒙兵，留伊犁官兵防守。八年，令南路換防官兵自是年始，分六年抽換，以節繁費。天山以南，為回部所居，自設臺站、卡倫，無俟重兵防守。烏什、葉爾羌、喀什噶爾、英阿薩爾鹹以滿、漢兵協力守邊。他如和闐、阿克蘇、庫車、哈喇沙爾、闢展則守以綠旗兵。凡滿洲營駐防兵，以三年更換，綠旗營駐防兵，以五年更換。此南路之制也。
同治以來，回疆不靖，欽差大臣左宗棠次第殄平之，新疆漸歸版籍。光緒初年，改省議起。左宗棠擬令將軍率旗營駐伊犁，塔爾巴哈臺改設都統，並統綠、旗各營。迨八年收復伊犁，從譚鍾麟、劉錦棠言，於南北兩路增設額兵，其舊有參贊、辦事、領隊各大臣悉予裁汰。即自哈密至伊犁都統暨諸大臣名額亦酌撤之。巴里坤、古城、烏魯木齊、庫爾喀拉烏蘇等處所餘旗丁，歸併伊犁滿營，均改從各省駐防將軍營制。十一年，行省製成。伊犁旗營實存勇七千，留其精壯，改馬隊九旗，步隊十三旗，以提督、總兵分領之。伊犁開屯由此始，而旗屯居其一焉。蓋新疆自籓部迄於設行省，綜其駐防旗兵制度，約略如此。
其籓部兵制，曰內外蒙古，曰青海，曰西藏。內外蒙古之兵，設旗編次，略同內八旗。每旗設札薩克一人，汗、王、貝勒、貝子、公、臺吉為之。協理旗務二或四人，亦臺吉以上充任。按丁數編為佐領。設佐領一，驍騎校六。每六佐領設參領一人。佐領較多者，設章京、副章京。各率所屬以聽於札薩克。內札薩克蒙古凡二十四部、四十九旗。科爾沁六旗，分左右二翼，二翼又各分前後旗。崇德元年，設左翼旗、左翼前旗、右翼旗、右翼前後旗。順治六年，設左翼後旗。郭爾羅斯前後二旗，杜爾伯特一旗，扎賚特一旗，皆順治五年設。扎魯特二旗，左翼崇德元年設，右翼順治五年設。喀爾喀左翼一旗，康熙三年設。奈曼一旗，敖漢一旗，皆崇德元年設。土默特二旗，左翼崇德元年設，右翼順治二年設。喀喇沁三旗，右翼崇德元年設，左翼順治五年設，康熙中增設一旗。翁牛特左右二旗，阿魯科爾沁一旗，皆崇德元年設。巴林左右二旗，順治五年設。克什克騰一旗，順治三年設。烏珠穆沁二旗，右翼崇德六年設，左翼順治三年設。浩齊特二旗，順治三年設左翼，十年設右翼。阿巴哈納爾二旗，康熙四年設左翼，六年設右翼。阿巴噶二旗，崇德六年設右翼，順治八年設左翼。蘇尼特二旗，崇德六年設左翼，七年設右翼。四子部落一旗，順治八年設。烏喇特右翼一旗，順治十年設。茂明安一旗，順治元年設。烏喇特前中後三旗，順治五年設。鄂爾多斯七旗，兩翼、中旗、前旗、後旗皆順治六年設，雍正九年，增設一旗。歸化城土默特左右二旗，崇德元年設，後置副都統，隸綏遠城將軍轄之。是為內蒙古兵制。
外札薩克蒙古，喀爾喀四部，凡八十六旗。喀爾喀土謝圖汗部二十旗為中路。康熙三十年，設十七旗。逮雍正間，遞增至三十八旗。尋分二十旗屬三音諾顏部，存十八旗。乾隆初，復增二旗，於本旗外分十九札薩克掌之，仍統於土謝圖汗部。車臣汗部二十三旗為東路。康熙三十年，設十二旗。其後增至二十一旗。乾隆間，遞增二旗，於本旗外分二十二札薩克掌之，仍統於車臣汗。札薩克圖汗部十七旗為西路。康熙三十年，設八旗。逮雍正間，遞增至十五旗。乾隆時，遞增二旗，於本旗外分十六札薩克掌之，