領，按時出洋會哨。又令山東疆臣，以三汛師船，四縣水勇，合而為一，統以專員，往來策應，並於扼要島嶼，設定大砲。
咸豐元年，以長江轄境綿長，令張亮基等購置船砲，擇要駐守。三年，調廣東外海水師拖罟戰船，及快蟹、大扒等船百艘，統以大員，由海道駛赴江寧，助剿粵寇。是年，江忠源疏請廣制戰船，以靖江面。旋令兩廣督臣，以廣東拖罟船式諮行四川、湖廣各督撫，或在本省，或在湖北宜昌一帶，迅簡工匠，造水師船百餘艘，每船載兵五十人，於三月內竣事。兼飭湖南、湖北二省，購船募兵，與長江下游艇船，協力防江。旋以所購民船不合用，乃收買江船之巨者，仿廣東船式，安置砲位，與廣東所募紅單船，及賃用拖罟船，駛赴江南剿寇。又以廣東內河及濱海各�縣，均有捐造緝捕快蟹船，道光間，江海捕盜，悉藉其力。船頭藏巨砲，旁列子母砲，勇丁鹹技藝精練，洵水戰最長。令各船由海道至長江會師。是年，曾國籓試造師船於湖南，以規模過小，乃就廣東之拖罟船、快蟹船二種，參酌其制，先造十艘，續增二、三十艘，以能載千斤之砲為度。至拖罟船，則由兩湖督撫如式製造。
四年，令廣東賃用之紅單船二十三艘，並修治十九艘，凡四十二艘，統一武員，駛入長江。是年，以粵寇竄擾東南，水師不敷剿堵，下游惟廣東紅單、拖罟等船漸集瓜洲，上游惟曾國籓新造戰船，自湖南順流而下，已達武昌。其九江、安慶等處，尚無戰艦，令張亮基、駱秉章購置江船及釣鉤等船，裕瑞、夏廷樾在四川採購材料，與駱秉章商辦。旋駱秉章以四川造船，江險而途遠，水程不便，仍在湖南購料製造。兩湖紳士丁善慶，遵曾國籓所定之式，已成大板艇五十號，長龍等船亦次第告成。長江剿寇，在江南取勝者，以紅單船、拖罟船二種為最，體勢雄壯，置砲最多，而能順風不能逆風，宜江面寬闊，不宜港汊。在湖南取勝者，以舢板船、長龍船、快蟹船三種為最，往來輕便，搜捕尤宜，而風急水溜，一下難於遽上，勢散而力單。令湖南水師沿江攻剿，與江南水師會合，各用其所長，以期制勝。
六年，以曾國籓在江西所造戰船，最為得力，令福濟選擇將弁，率工匠赴廬州仿造，所需洋砲，在上海撥款辦解。六年，胡林翼以長江水師，自五年春間回駐武、漢以後，戰艦無多，乃與駱秉章協商，督率船砲局各員，盡力籌謀，水師復振。湖南紳局所制船械，交至營中者，大小戰船凡三百餘艘，火藥四十餘萬斤，砲子一百四十萬斤，其餘各械鹹備，請優詔獎之。水師重在砲位，廣東運到洋砲二百尊，續運六百尊，配置各師船，自武、漢至九江，所向克捷。惟長江水戰，上下游形勢不同，武、漢以上，利用輕便戰船，潯、皖以下，江面漸廣，利用鉅艦，秋冬風勁宜鉅艦，春夏宜小艇，船砲之大小，宜因時因地而損益之。請令兩廣督臣，續購大小洋砲，自四百斤至一千五百斤，凡八百尊，盡易舊式砲位，以利東征。八年，以天津原設水師，道光間，先後裁撤，乃籌復設，以重海防。令福建、廣東疆吏，各抽調大號戰艦，備齊砲械，由海道駛赴天津，設水師三千人。十年，令清淮籌防局籌款，為防湖水師常年經費，增設淮揚水師營，以保兩淮鹽場，兼佐陸軍。蕪湖孤懸水中，令曾國籓籌設寧國水師，以攻蕪湖，為克金陵之本。增設太湖水師，為克蘇州之本。
同治二年，諭沿海督臣舉水師將才。又令曾國籓所部內江水師，都興阿所部揚防水師，有勝外海水師之任者，各舉以聞。四年，在山東省仿長江戰船之式，造長龍、舢板船，於黃河水性駕駛合宜。以水師泊黃、運二河，防堵逸寇，必須分段扼守，而地勢綿長，不敷調遣。復由山東增造長龍船，並增舢板船十艘，以武職大員督領巡防。五年，改造江南海口之紅單廣艇三十艘，合原有廣艇凡四十艘，分防海口。六年，整頓福建臺灣海防，增置龍艚等船。
七年，曾國籓議改水師之制，以江南水師，向分外海、內河二支，外海水師六千七百七十六名，武員一百十八人，內河水師八千二十一名，武員一百三十三人。船數則近稽道光二十四年江南舊例，水師船二百七十五艘，朽壞居多，別造舢板船一百三十五艘，大膞船十二艘，約計各船不過載兵二千數百人，而額定之兵數，尚有萬餘人。徒費餉項，有水師之名，無舟楫之實，宜大為變通，講求實際。江蘇水師，其營制餉章，悉仿長江水師之例，外海之紅單廣艇，亦略增其餉，與李鴻章、丁日昌諸臣協力籌辦，期於外防與內盜並謀，舊制與新章兼顧。俟章程既定，沿海福建、廣東各省水師，均可酌改行之。
八年，部臣定議，從曾國籓所陳