設福建水師提督及參將以下各官。二十四年，裁京口右路水師，改左路水師為京口總兵官。二十六年，增設南臺水師營，置參將以下各官。二十九年，更定修造戰船之制，外海戰船哨船，自新造之年為始，三年後，以次小修大修，更閱三年，或大修，或改造。內江戰船哨船，則小修大修後，更閱三年，仍修治用之。三十四年，令督、撫、提、鎮，凡修理戰船銀兩，不得浮冒核減，致船料薄弱。五十二年，令趕繒等船，於船之首尾，刊捕盜各營鎮船名，以次編列。五十三年，增設金州水師營於海島內，選諳習水性者充之。五十六年，設松江水師營。
雍正二年，令沿海各督、撫出洋巡視。其戰船向由地方官修造者，改歸營員修造。是年，設乍浦水師營。三年，以滿洲兵丁未習水戰，增設天津水師營，以滿洲、蒙古兵二千人隸之。四年，以福建水師常駐內地，不耐風浪，浙江水師尤甚，乃更改舊制，於本省洋麵巡哨外，每年選派船弁，在閩、浙外洋更番巡歷會哨，以靖海氛。五年，以杭州駐防旗兵抽練水師。江寧駐防旗兵，即以鎮江原有戰船，隸江寧將軍，督率旗兵習水戰。尋令旗兵四千人悉習水營事務。令江南、江西各水師營，於弓矢、鳥槍外，增練藤牌、大刀、鉤鐮槍、過船槍、鉞、斧、標彈等武器。戰船分大中小三等。增練排槍。湖廣水師，每兵千人，增鳥槍四百杆。六年，令水師船廠附近省城者，凡戰船造成，在城之督、撫、提、鎮會同驗看。是年，因浙江水師技藝生疏，乃於福建水師中，擇精練之兵，赴浙江教練。尋定浙江戰船用木之丈尺，及船身深廣之制。奉天水師亦如之。七年，以旅順水