十年夏五月，俄人襲取伊犁，復欲乘勝收烏魯木齊。帝命將軍、參贊大臣等止其進兵，不省。既又出兵二千，欲剿瑪納斯賊，以有妨彼國貿易為詞。中國命榮全、奎昌、劉銘傳等督兵圖復烏魯木齊，規收伊犁。俄人既得伊犁，即令圖爾根所駐索倫人移居薩瑪爾屯。又於金頂寺造屋，令漢、回分駐綏定城、清水河等處。復遣人赴喀喇沙爾、晶河，勸土爾扈特降。又說瑪納斯賊投降。事聞，命防阻。十二月，俄人請援各國例通商瓊州，許之。是年，俄人帶兵入科布多境。諭令退兵，久之始去。
十一年四月，伊犁將軍榮全與俄官博呼策勒傅斯奇會於俄國色爾賀鄂普勒，議交還伊犁事。俄官置伊犁不問，僅議新疆各處如何平定，並以助兵為言，要求在科布多、烏里雅蘇臺、烏魯木齊、哈密、阿克蘇、喀什噶爾等處通商、設領事，及賠補塔城商館，及匡蘇勒官龐齡等被害各節，並請讓科布多所屬喀喇額爾濟斯河及額魯特遊牧額爾米斯河歸俄。榮全等拒之。博呼策勒傅斯奇遂置伊犁事不議。已忽如北京總署，請仍與榮全會議。博呼策勒傅斯奇又忽辭歸國。至是接收伊犁又遲延矣。
八月，俄人載貨入烏魯木齊所屬三塘湖，請赴巴里坤、哈密等處貿易。阻之，不聽。既聞回匪有由哈密東山西竄察罕川古之信，乃折回。已復有俄官來文，謂伊犁所屬土爾扈特遊牧西湖、晶河、大沿子居民均歸順俄國，中國軍隊不得往西湖各村。中國以當初分界在伊犁迤西，並無西湖之名，西湖系烏魯木齊所屬軍隊，原由總署與俄使議有大略，何可阻止？拒之。時榮全將帶兵由塔赴伊安設臺站，俄人以越俄國兵所佔地，不許。又阻榮全接濟錫伯銀兩。十月，俄商赴瑪納斯貿易，中途被殺傷五十餘人。十二年夏四月，俄人忽帶兵及哈薩克、漢、回等眾，入晶河土爾扈特遊牧，索哈薩克所失馬，並執貝子及固山達保來綽囉木等，又修治伊犁迤東果子溝大路，更換錫伯各官，圖東犯，又於塔爾巴哈臺所屬察罕鄂博山口駐兵，盤詰往來行旅。十三年八月，俄人自庫倫貿易入烏里雅蘇臺建房，詰以非條約所載，不省。旋命陝甘總督左宗棠督辦新疆軍務。
光緒元年夏五月，俄遊歷官索思諾等來蘭州，言奉國主之命，欲與中國永敦和好，俟中國克復烏魯木齊、瑪納斯，即便交還。左宗棠以聞。既而左宗棠以新疆與俄境毗連，交涉事繁，請旨定奪。帝命左宗棠主辦。
三年，議修陸路通商章程。俄使布策欲於伊犁未交之先，通各路貿易。中國不允，僅允西路通商，而仍以交收伊犁與商辦各事並行為言。俄人又以榮全張示激伊犁人民不遵俄令，烏里雅蘇臺官吏擅責俄人，江海關道扣留俄船，英廉擅殺哈薩克車隆，及徵收俄稅，指為違約，謂非先議各事不可。會新疆南路大捷，各城收復，回匪白彥虎等竄入俄，中國援俄約第八款，請其執送。屢與理論，未決。
四年五月，命吏部左侍郎崇厚使俄，議還伊犁及交白彥虎諸事。十二月抵俄。五年二月，與俄外部尚書格爾斯開議。格爾斯提議三端：一通商，一分界，一償款。而通商、分界又各區分為三。通商之條：一，由嘉峪關達漢口，稱為中國西邊省分，聽其貿易；一，烏魯木齊、塔爾巴哈臺、伊犁、喀什噶爾等處，稱為天山南北各路，妥議貿易章程；一，烏里雅蘇臺、科布多等處，稱為蒙古地方，及上所舉西邊省分，均設立領事。分界之條：展伊犁界，以便控制回部；一，更定塔爾巴哈臺界，以便哈薩克冬夏遊牧；一，新定天山迤南界，以便俄屬浩罕得清界線。崇厚皆允之，惟償款數目未定。崇厚以聞，命塔爾巴哈臺參贊大臣錫綸接收伊犁及分界各事。既議償款盧布五百萬圓，俄亦遣高復滿等為交還伊犁專使。
崇厚將赴黑海畫押回國，而恭親王奕訢等以崇厚所定條款損失甚大，請飭下李鴻章、左宗棠、沈葆楨、金順、錫綸等，將各條分別酌核密陳。於是李鴻章等及一時言事之臣交章彈劾，而洗馬張之洞抗爭尤力。略謂：“新約十八條，其最謬妄者，如陸路通商由嘉峪關、西安、漢中直達漢口，秦隴要害、荊楚上游，盡為所窺。不可許者一。東三省國家根本，伯都訥吉林精華，若許其乘船至此，即與東三省任其遊行無異，是於綏芬河之西無故自蹙地二千里；且內河行舟，乃各國曆年所求而不得者，一許俄人，效尤踵至。不可許者二。朝廷不爭稅課，當恤商民。若準、回兩部，蒙古各盟，一任俄人貿易，概免納稅，華商日困；且張家口等處內地開設行棧，以後逐漸推廣，設啟戎心，萬里之內，首尾銜接。不可許者三。中國屏籓，全在內外蒙古，沙漠萬里，天所以限夷狄。如蒙古全站供其役使，一旦有事，音信易通