一得，惟高明裁察見覆。”霨復造其營，從道辭以病。霨及獻綸遂遣人傳各社番目，至者凡十五社，譯傳大意，皆求保護。因諭令具狀，原遵約束，不敢劫殺。霨等宣示國家德意，加以犒賞。番目等鹹求設官經理，永隸編氓。霨等因從道不出，將還。從道復來謁，堅以生番非中國版圖為詞。及示以臺灣府志所載生番歲輸番餉之數，與各社所具結狀，日將始婉謝。請遣人附我輪船，一至上海，致書柳原前光，一請廈門電報本國，暫止添兵。霨等遂返。
初，日本逐牡丹社番踞其地。旋有輪船二先後至，一逕往後山射藔港，一載兵二百、婦人十餘泊射藔港，攜食物什具農器，及花果草木各種，分植龜潭、後灣，為久居計。窺我兵力不厚，仍肆要求。沈葆楨請派水師提督彭楚漢率師來臺灣。日旋增兵駐風港。沈葆楨急飭營將王開俊由東港進駐枋藔，以戴德一營由鳳山駐東港為後應。日人水野遵入豬朥索、高士佛諸社，又自後灣開道達龜山巔，其風港之營將分駐平埔為援應。因遣其通事彭城中平至琅軿，謁委員周有基，訊中國四處布兵何意。有基以巡察應之。葆楨照會日將，勸令回兵。時李鴻章亦深慮臺地兵單。及沈葆楨請借撥洋槍隊，即奏以提督唐定奎統軍赴臺灣助防。葆楨亦奏稱：“澎湖為臺、廈命脈所關，守備單弱，非大枝勁旅，仍無以壯民氣而戢戎心。請催迅速前來，庶臺、澎氣脈藉以靈通，金、廈諸防亦資鞏固。”奉旨俞允。潘霨又偕前署鎮曾元福等赴鳳山舊城募土勇，並勵鄉團。因親履海口之打鼓山等處，踏勘要隘，建立兵柵，以待淮軍分駐。
是月柳原前光入京先謁李鴻章，鴻章遣道員孫士達往答拜，屬以到京後勿言兵費及請覲兩事。日本又遣大久保利通入京。美領事畢德格復出任調停，說鴻章仍允照柳原原議三條，並加撫卹賠命。
初，日人劉穆齋在花蓮港遭風，破船失銀，稱社番盜劫。沈葆楨命夏獻綸集訊其地居人及船戶，查無劫掠失銀之事。惟日人慾從生番租地，給有洋銀，番目來益不受而止，並繳出日本前給旗物。葆楨因奏言：“日本和約第三條，禁商民不準誘惑土人；第十四條，約沿海未經指定口岸，不準駛入；第二十七條，船隻如到不準通商口岸私作買賣，準地方官查拿。今臺後歧萊地方，中國所轄，並非通商口岸。此次前赴歧萊之成富清風等，攜遊歷執照，勾引土番，均違和約。現已確查歧萊各社並無竊盜銀物。其繳出旗、扇各件，當即發交蘇松太道，轉給駐滬日本領事收回，將遊歷執照追銷。其違約妄為之處，應由彼國自行查辦。並錄民、番供結，諮呈總署，牒其外務省，轉飭日本領事照章辦理，以弭釁端。”從之。命速修安平砲臺，及籌辦鐵甲船。續諭：“日本雖未啟兵端，然日久相持，終非了局。現淮軍續抵鳳山，羅大春業抵蘇澳、滬尾、雞籠等口，調兵扼扎。”葆楨於是設防益嚴，日人乃謀撤兵。而西鄉從道仍遷延不即退，欲牡丹社賠給兵費。
柳原前光既至京，先遞照會有“臺灣生番為無主野蠻，本不必問之中國”之語。先請覲見。總署責以：“臺灣生番系中國地，不應稱為‘無主野蠻’。迭次來京，並未與中國商明，何以捏稱中國允許日本自行辦理？”柳原前光答辯。久之，始議定三條，給撫卹銀十萬，再給修道建房費四十萬兩，定期撤兵付銀，互換條約。於是大久保往琅軿，命領事福島九成謁沈葆楨陳五事：一，請派人受代；一，請撤銷兩國大臣來往公文；一，請被害遺骸於收埋處建碑表墓，並許日人以後登岸掃祭；一，請以後臺灣交涉事件，由中國官交廈門領事。葆楨以撫局已成，允之。惟於登岸掃祭一節，覆以須有領事官鈐印執照，祭畢即歸。遂各遣員交代。事訖，西鄉從道率兵去。
光緒元年八月，日本署公使鄭永寧牒中國，請補正前約。李鴻章令津、滬兩道詳議，復將各條逐加查核，因致總署雲：“通商章程第二十八款，進出口稅未便一例，及日本進口稅則第八十三條（毛曷）布類，又日入至日出不準開封鎖艙，應行更正補載等事，可以照準。但換定之約，不便改寫，祗可由總署另給照覆，附刊章程之後。至鴉片嚴定罰款一條，彼國既有各國貿易通例，或可權宜照辦，無須補列。查曾國籓預籌日本議約奏內亦云，彼國嚴禁傳教與鴉片，中國犯者即由中國駐員懲辦，或解回本省審辦，而鄭署使照會末段，華民歸彼地方官照料，是中國遣理事官一端，實有難再從緩之勢。查橫濱、長崎、神戶三處華民最多，總理事官駐最要之口，各口即選各幫公正司事，俾為副理事官，遇事妥商辦理，實與中外大局有裨，應主持早辦。”總署亦以為然。會日使議改章，欲於鴉片進口照西例加倍嚴罰，李鴻