上命芝龍書諭成功及鴻逵降，許赦罪授官，成功陽諾，詔金礪等率師還浙江。十年，封芝龍同安侯，而使齎敕封成功海澄公、鴻逵奉化伯，授芝豹左都督。芝龍慮成功不受命，別為書使鴻逵諭意，使至，成功不受命，為書報芝龍。芝豹奉其母詣京師。成功復出掠福建興化諸屬縣。十一年，上再遣使諭成功，授靖海將軍，命率所部分屯漳、潮、惠、泉四府。
成功初無意受撫，乃改中左所為思明州，設六官理事，分所部為七十二鎮；遙奉桂王，承製封拜，月上魯王豚、米，並厚廩瀘、溪、寧、靖諸王，禮待諸遺臣王忠孝、沈佺期、郭貞一、盧若騰、華若薦、徐孚遠等，置儲賢館以養士。名振進率所部攻崇明，謀深入，成功嫉之，以方有和議，召使還。名振俄遇毒死。成功託科餉，四出劫掠，蔓及上游。福建巡撫佟國器疏聞，上密敕為備。李定國攻廣東急，使成功趣會師。成功遣其將林察、周瑞率師赴之，遷延不即進。定國敗走，成功又攻漳州，千總劉國軒以城獻，再進，復陷同安。其將甘輝陷仙遊，穴城入，殺掠殆盡。至是和議絕。
上命鄭親王世子濟度為定遠大將軍，率師討成功。十二年，左都御史龔鼎孳請誅芝龍，國器亦發芝龍與成功私書，乃奪芝龍爵，下獄。成功遣其將洪旭、陳六御攻陷舟山，進取溫、臺，聞濟度師且至，隳安平鎮及漳州、惠安、南安、同安諸城，撤兵聚思明。濟度次泉州，檄招降，不納；易為書，成功依違答之。上又令芝龍自獄中以書招成功，謂不降且族誅，成功終不應。十三年，濟度以水師攻？門，成功遣其將林順、陳澤拒戰，颶起，師引還。
成功以軍儲置海澄，使王秀奇與黃梧、蘇明同守。梧先與明兄茂攻揭陽未克，成功殺茂，並責梧。梧、明並怨成功，俟秀奇出，以海澄降濟度。詔封梧海澄公，駐漳州，盡發鄭氏墓，斬成功所置官。大將軍伊爾德克舟山，擊殺六御。成功攻陷閩安城牛心塔，使陳斌戍焉。十四年，鴻逵卒。師克閩安，斌降而殺之。成功陷台州。
十五年，謀大舉深入，與其將甘輝、餘新等率水師號十萬，陷樂清，遂破溫州，張煌言來會。將入江，次羊山，遇颶，舟敗，退泊舟山。桂王使進封為王，成功辭，仍稱招討大將軍。十六年五月，成功率輝、新等整軍復出，次崇明，煌言來會，取瓜洲，攻鎮江，使煌言前驅，溯江上。提督管效忠師赴援，戰未合，成功將周全斌以所部陷陣，大雨，騎陷淖，成功兵徒跣擊刺，往來剽疾，效忠師敗績。成功入鎮江，將以違令斬全斌，繼而釋之，使守焉；進攻江寧，煌言次蕪湖，廬、鳳、寧、徽、池、太諸府縣多與通款，騰書成功，謂宜收旁郡縣，以陸師急攻南京。成功狃屢勝，方謁明太祖陵，會將吏置酒，輝諫不聽。崇明總兵梁化鳳赴援，江寧總管喀喀木等合滿、漢兵出戰，襲破新軍，諸軍皆奔潰，遂大敗，生得輝猶數萬，棄瓜洲、鎮江，出海，欲取崇明。江蘇巡撫蔣國柱遣兵赴援，化？殺之。成功收餘鳳亦還師御之，成功戰覆敗，引還。煌言自間道走免。
上遣將軍達素、閩浙總督李率泰分兵出漳州、同安，規取？門。成功使陳鵬守高崎，族兄泰出浯嶼，而與周全斌、陳輝、黃庭次海門。師自漳州薄海門戰，成功將周瑞、陳堯策死之，迫取輝舟，輝焚舟。戰方急，風起，成功督鉅艦衝入，泰亦自浯嶼引舟合擊，師大敗，有滿洲兵二百降，夜沈之海。師自同安鄉高崎，鵬約降。其部將陳蟒奮戰，師以鵬已降，不備，亦敗，成功收鵬殺之，引還。十七年，命靖南王耿繼茂移鎮福建，又以羅託為安南將軍，討成功。十八年，用黃梧議，徙濱海居民入內地，增兵守邊。
成功自江南敗還，知進取不易；桂王入緬甸，聲援絕，勢日蹙，乃規取臺灣。臺灣，福建海中島，荷蘭紅毛人居之。芝龍與顏思齊為盜時，嘗屯於此。荷蘭築城二：曰赤嵌、曰王城，其海口曰鹿耳門。荷蘭人恃鹿耳門水淺不可渡，不為備。成功師至，水驟長丈餘，舟大小銜尾徑進，紅毛人棄赤嵌走保王城。成功使謂之曰：“土地我故有，當還我；珍寶恣爾載歸。”圍七閱月，紅毛存者僅百數十，城下，皆遣歸國。成功乃號臺灣為東都，示將迎桂王狩焉。以陳永華為謀主，製法律，定職官，興學校。臺灣周千里，土地饒沃，招漳、泉、惠、潮四府民，闢草萊，興屯聚，令諸將移家實之。水土惡，皆憚行，又以令嚴不敢請，銅山守將郭義、蔡祿入漳州降。是歲，聖祖即位，戮芝龍及諸子世恩、世廕、世默。
成功既得臺灣，其將陳豹駐南澳，而令子錦居守思明。康熙元年，成功聽周全斌讒，遣擊豹，豹舉軍入廣州降。惡錦與乳媼通，生子，遣泰就殺錦