祠雍正二年諭曰：“周禮有司勳之官，凡有功者，書名太常，祭於大烝。祭法，‘以死勤事則祀之’。於以崇德報功，風厲忠節。自太祖創業後，將帥之臣，守土之官，沒身捍國，良可嘉憫。允宜立祠京邑，世世血食。其偏裨士卒殉難者，亦附祀左右。褒崇表闡，俾遠近觀聽，勃然可生忠義之心，併為立傳垂永久。”於是建祠崇文門內，歲春、秋仲月，諏吉，遣官致祭。王公大臣位正殿，陳案七，羊一、豕一。左三案，共羊豕各一。右如之。每案素帛一、爵三、果盤五。諸臣位兩配樓暨後正室，各設案五，兩廡各設案三，皆羊豕各一，為通數。兵士附祀，案三十有六，案設豕肉一盤、爵三、果品二。太常卿承祭，配樓後室司官分獻。六年，祠成，命曰“昭忠”，頒御書額，曰“表獎忠勳”。
明年，循序定位，前殿正中祀敬謹莊親王尼堪，英誠武勳王揚古利，定南武壯王孔有德，贈忠勇王黃芳度，武襄公巴爾堪，凡五人。東次龕祀安北將軍佟國綱，一等公佟養正、達福、西哈，一等侯馬得功，一等伯巴什太，都統宜理布、巴都裡，議政大臣程尼、穆和琳，大學士張泰，議政大臣羅沙，三等伯王之鼎，總督範承謨，額駙託柏，大學士龍西、色思泰，總督額倫特，尚書查弼納、圖捫，太子太保佟濟，倉場侍郎王秉仁，巡撫傅弘烈，都統博波圖，議政大臣雅賚、道禪、名蓋，參贊內大臣馬爾薩，凡二十八人。西次龕祀續順公沈瑞，輔國公巴賽，大學士莫洛，尚書布顏岱，“十六大臣”綽和諾，巡撫柯永升，都統沙里布，巡撫馬雄鎮，總督甘文焜、佟養甲，侍郎朝哈爾，鹽運使高天爵，參領費揚古，統領圖魯錫、喀爾他拉、喀爾護吉，副都統海蘭、蘇圖，統領胡里布、哈克三，佐領葉喜，侍郎永國，統領阿爾岱，提督孫定遼，凡二十有四人。東又次龕統領劉哈，副都統盧錫、科布蘇、阿喀倪、納爾特、錫密賚、科爾坤、多頗洛、戴豪、渾錦、魏正、羅濟、阿什圖、覺羅阿克善、常祿、阿爾護、吉三、巴雅思虎朗，凡十有八人。西又次龕提督段應舉，副都統穆舒、孟魁、白，原任巡撫賈維鑰，副都統邁圖，參領葛思特，巡撫硃國治、張文衡，侍郎馬如璧，糧道葉映榴，巡道陳啟泰，通政使莫洛渾，一等子穆克覃阿、納達、代音布，巡道陳丹赤，一等子覺羅莫洛渾，數亦如之。東末龕總兵吳萬福、徐勇、費雅達、硃天貴、張存福，都督僉事洪徵，總兵阿爾泰、歐陽凱，兵備道李懋祖，總兵楊佐，統領張廷輔，遊擊楊光祖，統領定壽，總兵王承業，侍衛錫喇巴，布政使遲變龍，凡十有六人。西末龕參領郭色，統領新泰，提督康泰，二等子覺羅顧納岱，總兵司九經，二等子拜蘭，總兵郝效忠、劉良臣，三等子巴郎、都爾莽鼐，副將楊虎，參將趙登舉，守備紀法，參將甘應龍，副將蔡隆，二等子拜三，一等男路什，總兵康海，凡十有七人。後室、配樓、左右次龕、又次龕、兩廡暨各次龕，祀官千五百餘人。東西房附祀兵士萬三百有奇。
八年，定製以滿尚書、都統一人承祭，後室、兩廡，太常官分獻。十一年，令子孫居京秩者隨祭。乾隆十三年，諭祀陣亡總兵任舉、侍衛丹泰，旋令徵金川陣沒將士併入之。十五年，祀都統傅清、左都御史拉布敦。十八年，追封巴爾堪、巴賽併為簡親王。移巴爾堪位揚古利上，巴賽位孔有德上。初，前室左右各三龕，止序爵秩，不繫時代。至是定議，自天命以來，按代序官，同代同官序年月，依賢良祠例，按時班爵為序。其兵士設位，分前、後廡，以橫板隔別之。
中葉以後入祀者，將軍班第、明瑞、溫福，都統滿福、扎拉豐阿，參贊大臣鄂容安，統領觀音保、烏三太、臺斐音阿，提督許世亨，副都統呼爾起阿、第木保、覺羅明善，總兵王玉廷、李全、德福、貴林、張朝龍，而海蘭察以病沒，端濟布以傷，亦併入之。至典史溫模死守通渭，從容就義，特予入祠。且有取義捨生，賞延於世，褒諭流外微官，獲邀血阝廕，茂典也。
嘉慶朝，祀大學士福康安、將軍德楞泰、提督花連布、總兵多爾濟札普、知縣強克捷。先是，康熙間，巡撫曹申吉已入祠，至是以阿附吳三桂按實，奪之。時各省言沒王事者，奏報猥雜，龕位不給，於是詔建各省昭忠祠。其京祠定文三品、武二品以上，及八旗官弁為限，已祀者如故。嗣是卑官預祀，視特旨行。故事，承祭官循例朝服，今改蟒袍補服，示別壇廟也。
道光初元，以國初殉難副將楊祖光等入祀，厥後賡入者，都統巴彥巴圖、烏凌阿、印登額，參贊大臣慶祥，總督裕謙，提督海凌阿、關天培、陳化成，副都統海齡、長喜，總兵萬建功、祥福、葛雲飛、鄭國鴻、王錫朋、謝朝恩、江繼芸