而國防部權力也是大大的縮水，而權力更加集中於政務部手中。國防部是以大明五軍大都督府的基礎上修改而來，而原本屬於五軍都督府的調兵權第一個被解除，而後勤保障更是收歸政務部，國防部只保留訓練、將官考核，以及和平時的對於各種假想敵，以及假想國進行戰略層面上的分析，以及制定各種戰略上的出兵方案。不過，一旦戰時，國防部就會凌駕於各部之上，各種需要都會擁有優先權。
對於京城的政治格局，倒是沒有太大的變化，大明這套制度在目前也是已經足夠使用的了。但是放眼全國，大明制度卻是有些漏洞，因為朱元璋設定十三省後，但是各省內有的府很大，而有的府又很小。李自成進京後，也是在省和府之間新增一個防禦使，把那些小的府聚集在一個防禦使手中。防禦使這個職務是牛金星提出來的，後來這套改革思路被滿清全盤抄了去，換了個名字叫道臺。
不過如今的李自成顯然還沒有看到能夠進京的希望，也就談不上如何設定全國局面。因此，這個加強中央集權的辦法也是毫不猶豫被易飛拿來用了，雖然他根本不想加強控制，也無意沿用傳統的流官制，但是畢竟他接手的不是一個真正的帝國，而是一個完全的封建國家。要是搞出來大躍進，易飛自然知道會死的很難看。防禦使這件事群臣倒沒什麼意見，雖然沒有聽說過，但是經過易飛的解說後，他們也是覺得防禦使的工作是進一步加強省對地方的控制，這對於牢牢控制地方還是有著十分巨大的好處，因此設定這個防禦使也是值得一試。
另外