他的回信中只提李鶴章而不提李昭慶。但是曾國藩是一定要帶他去剿捻的；因為曾的湘軍暮氣已深；打了十幾年仗；無法再戰；已基本遣散了；而要帶淮軍去剿捻；不帶上個李家將怎麼能行？淮軍畢竟是支地域性極強的、以李鴻章個人為中心的子弟兵；帶上李昭慶；就更便於跟各路淮軍將領聯絡（據馬昌華《淮系人物列傳》）。
李昭慶招募了二千人的馬隊；另有親軍泉字營和忠撲營近千人；原本也想在曾帥的帶領下建功立業的；可是剿捻不同於打太平軍；捻軍的特點是機動性特別強；馬隊強悍；整天狂奔來去轉眼無影無蹤。李昭慶以淮軍統領員外郎的名義；率數千兵馬千里追逐；日久勞而無功；就漸漸自覺無味了。這期間曾國藩還寫信給他；希望他能獨當一面；務必要擇勞苦之事而任之；幫助二哥御此大敵；並且語重心長地說：“吾兩家門第太盛；人忌鬼瞰；處處皆是危機；時時皆伏禍胎。除卻耐勞盡忠四字；別無報國之道；也別無保家之法。”可是李昭慶畢竟年輕；“視事太易”；難耐艱苦；況且脾氣也不是太好；與諸位將領未能協調好。1866年底；連曾國藩都感到剿捻無功；需要“曾瓜李代”了；而李昭慶又何功之有呢？所以才有曾國藩回任兩江總督；任命李鴻章為欽差大臣；專辦剿捻事宜；曾與李掉換個位子；由李鴻章帶隊繼續打！ 李鴻章的淮軍用曾國藩的話來說；就是“總是喜歡在李鴻章腳下盤桓”；大概李比曾更重哥兒們的義氣；更捨得重獎。由李鴻章再次出掌淮軍剿捻；又值淮軍蓬勃向上時期；自是別具一番氣象。
未出一年；就大敗東捻于山東境內；東捻首領賴文光和任柱先後死於刀下。 這期間；李昭慶已有了獨立編制的武毅軍和馬隊共萬把人；整天賓士在湖北、安徽、山東、河南廣大的區域內；與捻軍往返周旋；不得休息。每次鏖戰；李昭慶“匹馬斫陣；所向無前；雖盛暑寒冬；與士卒同勞苦”；也許就在那時已落下了病根。很不巧的是；那捻首賴文光原先已是李昭慶的甕中之鱉；可是在追趕了數百里後；賴文光跑到了揚州；卻被留守揚州的吳毓蘭部活捉了；功勞就是人家的了；到頭來仍是“事不奏功”。年年辛苦不少；戰後論功；只得了一個記名鹽運使；而且並無實授；只是個空銜而已。李昭慶當然悶悶不樂；向二哥堅決要求回家去；弄得二哥毫無辦法。弟弟畢竟年輕；隨他去吧。
時在1868年春節（據《淮系人物列傳》）。 幾年後（1872）；李昭慶到京師辦事（由前署督臣何璟奏明赴部引見；何璟是李鴻章的同年）；順便到天津看看二哥；誰知竟然舊病復發；“咳嗽日夜不絕聲；先痰後血；血盡則痰；濃晦膠粘；醫謂肺腎兩經先絕”，在北京時還大吐血。數日後李鴻章派人接他迴天津府衙調治；竟數月無效；最後因吐痰不出；手足俱動；哽咽氣絕；年方三十九歲。 據說李昭慶臨去世前還在生二哥的氣。李鴻章去看他；他把頭轉到床裡面去；不高興理他。據李經方的內弟劉晦之《李昭慶之死》一文說：“賴文光就擒之日；太常（李昭慶）雖踵至；已徒手無衛矣；僅論前功；以運使候補。是時軍中保案；動輒萬餘人；武職獎札多棄之不取；賤視可知軍務底定；文忠復避嫌；不為推薦。於是入官則無實授之期；改途又乏出身之路；益鬱郁不得志其後至津省兄；鬱郁病際；遂不起。卒前數日；文忠往視；太常移面向內不與語。”（據劉晦之《異辭錄》引） 李昭慶去世後；李鴻章非常難過；曾有長信寫給兄弟；講述治病的過程和安排後事諸事。他頓時覺得非常孤立；親人越來越少了。
李昭慶的後代倒是兵強馬壯；有四個兒子四個女兒（另有一兒早逝）；老大李經方過繼給李鴻章；老五李經翊過繼給李鳳章；老三李經榘住在蕪湖“三大人公館”（李家人稱小花園；現為蕪湖第八中學）；當他的“三大人”；一輩子過著士紳的生活；老四李經敘是“四大人”；在蕪湖的住宅當地老百姓稱之“四大人公館”（李家人稱長春花園；現為蕪湖少體校）。李經敘跟他的大哥一樣；是個外交官；但命苦得很；在李鴻章的幕僚伍廷芳的提攜下；兩次出洋出任秘魯和墨西哥公使代辦；可惜死在任上。 李經榘的老丈人是李鴻章的丁未同年、我國第一任駐英國公使郭嵩燾。李經敘的老丈人是翰林院編修、廣東人許其光。
李昭慶的四個女兒嫁得也很風光；大女兒嫁蘇淮揚道吳學謙；次女嫁合肥著名清流乾將、清廷駐英國留學生總監蒯光典；三女兒嫁給上海道邵有濂的大兒子邵頤；四女兒嫁的是老李的鐵哥們、四川總督劉秉璋的大兒子劉體乾。 李昭慶的後代突出的特點是出了一批外交官———除了李經方和李經