、正紅、正藍，並增設鑲黃、鑲白、鑲紅、鑲藍四旗，合稱八旗。
宗室王公皆分隸鑲白、正紅、鑲紅、正藍、鑲藍等五旗，皇子分府全部撥入這五旗。再無入正黃與正白旗的人。如此始有上三旗，下五旗之分。實際上，上三旗與下五旗只是相對於包衣佐領而言的，而與皇族和普通旗人無關。皇室管家內務府三旗的包衣佐領，主要服務於宮廷。下五旗亦設包衣佐領，皆為王府所屬，各隨其王之旗。
八旗的最小單位是牛錄，每300人為一牛錄，設牛錄額真1人；
牛錄既是一種社會組織，也是作戰時的一個單位編成，每牛錄300戶，每戶出一個壯丁，父死子繼，兄亡弟代，在全軍出動時才有每牛錄300人。一般作戰，每牛錄只有幾十人。
5牛錄為1甲喇，設甲喇額真1人；
5甲喇為1固山，設固山額真1人。
八旗的組成是滿洲八旗300牛錄，其中包括約100個已經滿族化的蒙古牛錄，純粹滿洲牛錄僅210個，蒙古八旗129牛錄和漢軍八旗167牛錄。
而所謂的八旗還是乃顏據依“五行相剋”說制訂的。在《八旗通志》中有如下的記載：“兩黃旗位正北，取土勝水。兩白旗位正東。取金勝
清北京八旗分佈木。兩紅旗位正西，取火勝金。兩藍旗位正南。取水勝火，水色本黑，而旗以指麾六師，或夜行黑色難辯，故以藍代之。”
根據陰陽五行學說：東方屬木，顏色為青，木能克土；南方屬火，顏色為赤。火能生土克金；西方屬金，顏色為白，金能生水克木；北方屬水，顏色為黑，水能生木克火；中央屬土，顏色為黃，土能生金克水。
從五行所屬的顏色和五行相剋的角度講。八旗所處的方位恰恰與五行相剋的方位是一致的：兩黃旗屬土，土能克水，所以在北方；兩紅旗屬火，火能克金，所以兩紅旗位於西方；兩白旗屬金，金能克木。所以兩白旗位於東方；兩藍旗屬水，水能克火，所以兩藍旗位於南方。
八旗初建時兵民合一，全民皆兵，
凡滿洲成員皆隸於滿洲八旗之下。旗的組織具有軍事、行政和生產等多方面職能。入關前。八旗兵丁平時從事生產勞動，戰時荷戈從徵。軍械糧草自備。
乃顏再度建立了八旗常備兵制和兵餉制度，八旗兵從而成了職業兵。清定都北京以後，絕大部分八旗兵丁屯駐在北京附近，戍衛京師的八旗則按其方位駐守，稱駐京八旗，俗稱京旗，實即禁軍。另抽出一部分旗兵派駐全國各重要城市和軍事要地，稱駐防八旗。
大清這個原本不應該在這個時代出現的的名詞，這時候的確的出現了，歷史的軌跡似乎在一系列的轉彎之中又回到了原點。
只不過不同的是，如今並不是一十七世紀近古時代，而是十四世紀的中古時代，雙方雖然有著一個清卻沒有一個明，清也非當初的清。
不知道歷史是都已經會像原先的軌跡般運動，清軍入關導致華夏民不聊生，然後就是再度的血腥屠殺，也許會也許不會這又誰知道。
如今知道的是大清正是建立，無論有多少種的原因，多少次巧合，清朝這個原本應該在三百年後出現的王朝的確出現了。
乃顏，哦！不應該說是皇太極，在建立大清的第一時間內，就直接實行了大規模的改革，先是把軍隊完全性的統一，原先的蒙古由於是遊牧民族說之散兵遊勇也不足為奇。
皇太極做的就是把所有蒙古人還有漢人進行整編，形成真正的戰鬥力，而不是與以前一樣只能打突襲之戰，而不是正面之戰的悲劇。
這樣的事情忽必烈曾經的確做過，可是忽必烈由於種種顧忌做的根本就不徹底，而如今乃顏也就是皇太極根本就沒有了任何的顧忌，蒙古的貴族本就大部分歸屬於忽必烈，而在攻陷大都之後就直接把那些人順便幹掉了。
來至於蒙古人的阻力幾乎沒有，剩下來的那就不是什麼問題了，整頓軍伍順利的完成，當然乃顏並不會就這樣停止下來。
接下來的時間就是朝政，皇太極仿造漢國還有華夏的歷朝歷代的行政制度，直接完成了大清的行政體系，當然這玩意基本就是一個華夏的翻盤。
大清繼承了之前蒙元的行省制度，省下設道、府（州）、縣。同時在北方設立五個將軍轄區，管理廣大的東北和西北地區。
另外皇太極從太陰兵符之中瞭解到一個統一的思想統一的民族，還有統一的文化代表著什麼，完全就是壽命，華夏的幾千年依舊存在其原因就在於他們擁有著統一