是覺得日本人以後真是不敢得罪，二是覺得養子光緒帝不把她放在眼裡。光緒先是提出要將她的壽誕用款改作軍用的“不敬”建議，然後又不向她彙報，就給慈禧的寵臣李鴻章拔三眼花翎、褫黃馬褂、革職留任等處分，這分明是在向她示威。於是，慈禧太后決定殺雞儆猴，給光緒帝一點顏色看看。
這時已經長大成人的珍妃，仗著光緒帝的恩寵，非常任性，甚至有點得意忘形。她不但不把慈禧太后的侄女皇后放在眼裡，甚至參與朝政，做了些“非法”的勾當：賣官。由於得寵，珍妃賣官的規模也越來越大，成功率甚至比慈禧太后還高。有一次，她居然將上海道兼管海關的肥缺賣給了從未踏足仕途的富商魯伯陽，令朝臣側目。光緒帝也覺得有點過分，為了在朝臣面前挽回臉面，他決定煞一煞賣官之風，於是堅決反對給木商玉銘四川鹽茶道的官職。然而，這個官職卻恰恰是慈禧許諾的。因為前有魯伯陽之事，這樣的反對，就使得慈禧太后下不了臺。惱羞成怒的她決定利用這次機會，祭出“殺威棒”，滅滅帝黨的威風。她先是用後宮的“家法”，將珍妃當眾杖責，打得死去活來，並將其降為貴人，然後又明旨給皇后，授意她打探光緒帝與嬪妃的一切事宜，並隨時上報。隨後又召見軍機大臣，嚴責光緒帝包庇寵妃，並將光緒帝及珍妃身邊 “涉案”的太監或殺或充軍，死者達60餘人。
坦率地講，把玩政術，慈禧太后無論心機還是手段，都遠比光緒帝強得多。光緒帝空有一腔激情，卻缺乏做皇帝（政治家）的資質，身邊的幕僚也多是些腐儒酸臣。當初，帝黨成員不冷靜地分析現狀，也不懂政治謀略，只會一味刺鐳射緒帝，說出“太后雖穆宗（同治帝）之母，實文宗（咸豐帝）之妾。皇上入繼大統為文宗之後，無以妾為母之禮。本非母子，宜收攬大權”之類的話來。耳目眾多的慈禧太后聽到這番“離間母子”的話後，怒不可遏，立即對帝黨官員進行圍剿：文廷式革職，翁同龢革職，汪鳴鸞革職
皇帝是這樣一個容易衝動的皇帝，帝黨是這樣的一批異想天開的“人才”，也難怪後來的“百日維新”會失敗了。對此，《清史稿》嘆曰：“德宗親政之時，春秋方富，抱大有為之志引新進小臣，銳意更張，為發奮自強之計。然功名之士，險躁自矜，忘投鼠之忌，而弗恤其罔濟，言之可為於邑”正是因為鼠是“碩鼠”，器是“瓷器”，所以不管光緒帝怎麼折騰，牢牢控制著軍權的慈禧太后，輕而易舉就把他“拉下馬”，並將其囚禁於瀛臺。後來，慈禧覺得光緒帝太麻煩，已經控制不住，便有了廢帝的想法。她以光緒帝“病重”為由匆匆選了端郡王載漪15歲的兒子為皇儲，這時慈禧與光緒的關係已經惡化到極點。
光緒帝的維新雖然漏洞百出，但由於制度構想西化而得到了外國公使的歡迎，他們都反對廢帝，甚至派軍艦在中國沿海示威表示支援光緒帝。這就使慈禧感到很頭痛，後來她竟想利用義和團把洋人的勢力滅一滅。然而面對洋槍洋炮，空有匹夫之勇的義和團圍攻各國使館56天，最終毫無戰果，反而惹怒了洋人，八國聯軍打進了北京城。慈禧太后當然不願將光緒帝留給支援他的洋人，所以挾持光緒帝匆匆西逃。那一年是中國的庚子年（1900年），所以史稱“庚子之變”。
光緒的死和她有關嗎
慈禧太后西逃之前，或是為了洩憤，竟遷怒於珍妃，將其溺死在後宮的井中。可憐的珍妃死時年僅24歲。而光緒帝則成了慈禧太后向列強示好的平安符，雖是保住了性命，卻過得生不如死。慈禧太后對他毫無憐惜之情。冬天光緒的寢宮不糊窗紙，平常飯菜還常有餿臭之物。光緒帝就在這樣的煎熬中度過了他餘下的人生。
慈禧太后至死也沒放過光緒。最蹊蹺的是光緒帝的死，剛好比慈禧早一天，難道是巧合麼？據說慈禧太后病時，曾問李蓮英：“我病了，皇上在幹什麼？”李蓮英恭敬地回答：“皇上在看書，面帶喜色。”面帶喜色？那就是盼“老佛爺”早點歸天了？
一生好強的慈禧太后，在最後關頭又豈會如他所願呢？當時光緒雖然體弱多病，但畢竟年輕，在御醫的精心治療下，病情一直很穩定。據當時的起居錄記載，光緒帝去世前兩天，身體良好，還親謁儀鑾殿拜見慈禧太后，給她請安。然而第二天就病情突變，史官鄭重寫道：“上不豫”。第三天，史官直書：“上遘病大漸，酉刻，龍馭上賓！”是什麼原因讓光緒的病急轉直下呢？當時御醫屈桂庭在日記裡記載：“餘診視一月有餘，藥力有效至十月十八日帝忽患肚痛，在床上亂滾帝所居地更為孤寂，無人管事最可異者，則頻呼肚痛：此