現在樞密院經過改革後已經是權力大減，都指揮司和陸海軍指揮司最重要的權力只是在戰時對軍隊的指揮，不過還好，現在大明對外戰事接連不斷，他們也不會覺得空閒。如果換在了和平時期，他們就只擁有對軍隊的練和考核權，還有一項權力則是負責構建全軍輥重後勤補給網路以及這個網路的運作。
隨著大明陸海軍進入到熱兵器時代，後勤補給已經越發地重要，光靠陸海軍部是無法進行支援的。必須有一個強力部門進行支援，劉浩然穿越前就在網上聽一位高人說。普魯士的參謀本部最開始時最主要的職責就是負責後勤，所以他一直對此比較重視。
經過改制，大明陸海軍的大權過半被移交到了內閣下屬的陸海軍部，只剩下參謀指揮和後勤這些非常專業的活依然歸軍人專屬。樞密院幾乎只剩下一個空架子，但是劉浩然依然沒有撤銷這個機構，也就意味著樞密院同知成了一個位高權弱的虛職。
“這次改革的重點是軍隊必須歸於國家，陸海軍部是內閣與軍隊的連線點，也是軍隊止步的界線。軍人不得干政，軍隊與朝政有關的事情全部到陸海軍部為止！”劉浩然厲聲說道。眾人連連點頭，他們已經明白劉浩然此次改革的深意，不過對於他們來說，大明即劉浩然，劉浩然即大明，軍隊歸於大明，與就和歸於皇帝陛下沒有什麼區別。
接著劉浩然講述了他規戈地大明陸海軍新的指揮制度：“陸海軍部兩部根據事態發展需要，提交向某國或某一勢力的宣戰請求，由內閣遞交資政院審議，投票透過後再遞交到聯這裡，聯只認資政院的透過下達宣戰詔書，然後陸海軍部授權都指揮司進行戰事指揮，下達作戰命令，對敵宣戰。《大明陸海軍守制遵行律》必須規定，如無聯的印壘和資政院的透過書，陸海軍和都指揮司不得擅自下達作戰命令。”
這時，劉浩然看到劉存勝站在門其，臉上有一絲慌亂，心頭不由一跳，但是他還是沉住了氣，微微點了點頭，示意劉存勝在門口繼續等。
“陸軍各衛戍區都督府負責常備軍的管理和練，各省都督負責守備軍的管理和練，海軍各大艦隊大都督府、海防內河艦隊都督府照例遵行，平日他們直接向陸海軍部負責，聽從兩部的換防調遣命令，戰時必須聽從都指揮司的作戰命令。這是法律制度，是規則，包括聯，必須都要遵從。你們再細議，穩妥後形成修正案遞交資政院透過。”
各衛戍區、艦隊大都督府、各省、艦隊都督府保持原狀，不過從此前的聽從樞密院的命令改為聽從陸海軍部的命令，而都指揮司也成了名副其實的指揮機構，至於陸海軍指揮司則成了都指揮使的副手和陸海軍部尚書的軍事顧問，沒有什麼實權了。
一豐人退走之後，劉存勝走了進來，遞給劉浩然一份檔案：“陛下，這是情報科剛送來的情報。”
劉浩然匆匆一看，越著臉越黑。看到最後他忍不住狠狠地將檔案拍在了桌子上，怒罵道：“欺人太甚！這些人都是毒蛇！斯文敗類，衣冠禽獸！”
劉存勝也不由嚇了一跳，他在劉浩然身邊幾年了，從來沒有見過皇帝陛下如此失態過，不過他看過這份情報，裡面的內容的確也太氣人了。
坐在椅子上的劉浩然不由彎下腰，雙手捂著自己的臉，還時不時揪了揪自己的頭髮。這是他潛意識的一種習慣，以前讀書時遇到難題總是這個樣子，不過有近二十年沒有這樣做過了。
“陛下，乾脆下詔動手吧。”看到皇帝在那裡為難，劉存勝不由大著膽子建議道。
“不”劉浩然猛地抬起頭。雙目微紅，連聲音都變得有點嘶啞，“我費盡苦心為得是什麼？剿盡那些理學分子，我一紙詔書就能讓數萬人頭落地，但是我不能這麼做！你知道為什麼嗎？”
“回稟陛下，臣不知！”
“今日我可以下詔肆意奪人性命，明日便會有人舉著天命的旗號砍了我的頭，我為大明建立律法規則不是為了去破壞它，我不去遵循律法規則，我手下的大臣貴族也可以不去遵循，再下面大大小小的官吏也可以不去遵循，到後來還是回到原來的老路，德主刑輔！那是一塊吃人不吐骨頭的遮羞布！”
劉浩然看上去情緒非常激動。講出的話也讓劉存勝似懂非懂。不過說完這些話，劉浩然已經慢慢冷靜下來，他坐在那裡，凝神肅色地默然半天，最後有氣無力地對劉存勝說道：“讓情報科傳信，告訴那邊，一切照常進行，不必顧忌。我倒要看看，這些文人還有多少毒計！”
在寂靜的屋裡坐了幾分鐘。劉浩然抓起桌子上的檔案，快步離開了書房，不一會來