儘管那些參謀們不願意離開已經熟悉的陸軍，但還是打起揹包到了臨時設在鐵獅子衚衕的海軍司令部報了道。
依靠這些人，方時俊成立了海軍司令部最早的幾個業務組：資料、艦船、船廠、武器、訓練以及院校組，開始對海軍僅有的一點家底進行調查與規劃。
方時俊認為，蒙山軍毫無海軍基礎，如果不充分利用滿清留下的這點家底是不行的，更是極大的浪費。好在清廷去年秋天滿清西逃保定，有關檔案資料並未銷燬，算是完整地被蒙山軍接收，方時俊可以從中獲得自己想要的資訊。
隨後，方時俊留下資料組埋首於故紙堆中檢索有關資料，帶著艦船、船廠、武器等幾個組的負責人前往天津、上海、福建以及廣東轉了一大圈，實地檢視了海軍艦隊、海軍船廠以及數地船政學堂的情況，在當地駐軍的幫助下會見了包括薩鎮冰、嚴復、劉冠雄等海軍元老。
他甚至沒有時間回已經闊別十餘年的老家看一看，春節前返回北京，給龍謙打一份關於海軍建設的綜合性報告。
方時俊的報告就是要錢、要人、要政策。綜合起來有下面幾條：一、鑑於國內海軍人才極為匱乏，對於滿清政府留下的海軍人才，不管其曾有何種反對我軍之罪惡，一概予以赦免，絕不追究，包括皇室成員。只要其願意為海軍效力。海軍全�