第十，疏請內臣出鎮，用其腹爪陳汝明、孟斌、周顯謨等，輦金長安，拜魏忠賢為父，繪冕旒（liú）像於島中。至今陳汝明等一夥，仍盤踞京中。皇上登極之賞，俱留費都門，是何緣故？交結近侍，十當斬！
第十一，奴酋攻破鐵山，殺遼人無算。文龍逃竄皮島，且掩敗為功。十一當斬！
第十二，開鎮八年，不能復遼東寸土，觀望養寇，十二當斬！（《薊遼督師袁崇煥題本》）
督師袁崇煥歷數毛文龍十二大罪狀後，毛文龍神喪氣奪，口不能言，惟叩頭求生。袁督師嚴厲地說：“爾不知國法久了，若不殺爾，東江一塊土，非皇上有也！”然後問東江各官等道：“文龍罪狀明否？”各官唯唯，沒人敢說話。又問眾兵，同樣也唯唯無辭。只有幾個毛文龍門下私人，稱其數年勞苦。袁崇煥厲聲斥責說：“毛文龍，不過就是一個匹夫罷了！因他守衛邊疆，官至都督，滿門封蔭，酬勞足夠了吧？他竟然敢欺騙朝廷，無法無天！我們要五年平奴，就要奉行列祖列宗制定的國法，今日不斬文龍，何以懲後？皇上賜給我尚方寶劍，正是這個原因。”這些人嚇得唯唯諾諾，不敢仰視。
夏允彝《倖存錄》關於袁崇煥斬殺毛文龍的記述
袁督師叩頭請旨道：“臣今誅文龍，以肅軍政。鎮將中再有如文龍者，亦以是法誅之。”又說：“臣五年不能平奴，求皇上亦以誅文龍者誅臣！”袁督師宣諭後，立即取下尚方劍，令水營都司趙不忮、何麟圖監斬，令旗牌官張國柄執尚方劍，斬毛文龍於帳前。這時毛文龍的兵將在帳外洶洶，但袁崇煥軍威嚴肅，且事出意外，這些兵將還不敢挑起正面衝突。
袁崇煥計斬毛文龍後，做了幾項善後工作：
第一，埋葬文龍遺體。命將毛文龍的遺體，裝棺安葬。袁崇煥親自到毛文龍靈柩前拜祭，祭奠其亡靈。祭詞雲：“昨日斬爾，乃朝廷大法；今日祭爾，乃僚友私情。”遂下淚祭拜。
第二，安撫東江各官。只殺毛文龍一人，其餘不問，照舊任職。這樣就穩住了東江的局勢。
第三，整合皮島部伍。皮島的副、參、遊、都、守等官員，不下千員，既多又濫。如旅順參將毛永義所管3600員名，經過袁崇煥親自點核，能為兵者，不過千人。因此，對毛文龍的部眾，進行核查整編。分東江2？8萬官兵為四協：用毛文龍之子承祚管一協，用旗鼓徐敷奏管一協，另二協由東江各官舉遊擊劉興祚、副將陳繼盛二員分管。將毛文龍的印與劍、以及東江的事權，令副將陳繼盛代管。
第四，分賞東江官兵。將帶來餉銀10萬兩，分給各島官兵。
第五，遣散無辜民眾。安撫各島軍民，釋放獄中無辜。
第六，題請裁撤總兵。袁督師核查，毛文龍雖曾經誇口說有眾數十萬，其實官兵不過2萬人，不需設一“贅帥”，因此上疏請求皇上，應停此缺，“省糜費而杜隱憂”。
第七，移諮朝鮮國王。向朝鮮國王李倧，通報此事。
第八，立即奏報皇上。上《薊遼督師袁崇煥題本》（崇禎二年六月二十一日到覆）。
袁督師處理完東江事後，於五月初九日，揚帆回航寧遠。
袁崇煥計殺東江總兵毛文龍一事，在朝廷上激起軒然大波——毛文龍該不該殺？袁崇煥此舉是同室操戈，還是為民除害？眾說紛紜。直到今天，學術界仍然見仁見智，爭議不休。三、評說不一
對於袁崇煥計斬毛文龍之事，朝廷和遼東都在爭論，當時和後世也在爭論，論是論非，難得共識。概括說來，有兩種截然不同的看法：
一種看法是：毛文龍該殺；另一種看法是：毛文龍殺錯了。
認為毛文龍該殺的，還分為三種意見：
第一種意見認為，毛文龍該殺，殺得好。梁啟超《袁督師傳》引述程本直的話：“辱白簡，掛彈章，可數百計也。是左右諸大夫皆曰可殺，國人皆曰可殺也。其不殺也，非不殺也，不能殺也，不敢殺也，是以崇煥一殺之而舉國快然！”他認為：“夫以舉國不能殺、不敢殺之人，而督師毅然去之。”
第二種意見認為，毛文龍可殺，但應先奏後斬，而不應先斬後奏。但先奏後斬在當時是否具有可行性？袁崇煥在《奏報》中說：“臣於是悉其狼子野心終不可制。欲擒之還朝，待皇上處分。然一擒則其下必鬨然，事將不測，惟有迅雷不及掩耳之法，誅之頃刻，則眾無得為。文龍死，諸翼惡者，念便斷矣。”可見，其先斬後奏，也是迫不得已之事。
第三種意見認為，毛文龍有十二條罪