7 個師團增加到11個師團，日軍70萬人，加上偽軍總兵力號稱百萬。他們集重兵於東北各戰略要地，並動用大批精銳部隊採取“蓖梳式”、“踩踏式”戰術，對東北抗日聯軍進行殘酷的“大討伐”。日軍還推行“集家並屯”政策，搞“集團部落”，施行“保甲制”、“連坐法”，嚴密控制人民群眾的一舉一動。製造無人區，隔離人民群眾同抗聯的聯絡，使抗聯隊伍的處境極為艱難。不僅如此，東北地處高寒區，自然條件非常艱苦。在異常艱苦的鬥爭中，抗聯隊伍英勇戰鬥，也付出了巨大犧牲。僅1938年一年中，抗聯官兵就傷亡1600多人。同時，也湧現了許多英勇無畏、可歌可泣的民族英雄。抗聯第一路軍總司令楊靖宇率領部隊長期轉戰於長白山麓、鴨綠江畔，為光復國土，戰鬥到最後一息，被日軍包圍壯烈殉國。抗聯女英雄趙一曼，寧死不屈，赴刑場還昂首高唱“紅旗歌”。趙尚志、苗可秀等抗日英雄，面對日軍的屠殺和誘惑，仍大義凜然，慷慨就義。他們血沃北國、視死如歸的革命英雄主義精神激勵著抗聯指戰員前仆後繼，戰鬥不止。
從1941年開始，東北抗日聯軍除留少數部隊在東北境內堅持遊擊活動外，大部分隊伍轉移到蘇聯境內，成立南北野營進行休整。1942年8 月，南北野營合編成立“東北抗日聯軍教導旅”（又稱蘇聯遠東方面軍第88獨立步兵旅）。旅長周保中、副旅長李兆麟。部隊集中進行軍事、政治訓練。同時，還不斷派出小部隊，返回東北，進行軍事偵察和遊擊活動，做群眾工作。
總之，在14年東北抗戰中。抗聯先後殲滅日本侵略軍達10餘萬人之多，為中國抗戰和世界反法西斯戰爭作出了傑出的貢獻。
為儘早解放東北，驅逐日本關東軍，配合蘇聯紅軍進軍中國東北，還在1945年7 月下旬，抗聯教導旅就組織290 人編成小分隊，乘蘇軍飛機空降到牡丹江。海林、磐石、海拉爾、滿洲里、索倫、赤峰等18個地區，進行戰前偵察，為蘇軍提供軍事情報，付出了很大犧牲，但勝利地完成了任務。
遠東戰役發動前夕，抗聯處於高度的待命狀態。此時，他們收到斯大林的來電。斯大林指出：東北是你們中國人民的東北，蘇聯紅軍的任務是解放東北，建設東北的任務是你們的。待命。
聽到了斯大林的電文後，抗聯官兵受到了極大的鼓舞。
8 月，抗日聯軍經過中蘇邊界營地召開誓師大會，立即隨蘇軍行動，全力配合蘇軍消滅日本關東軍。正在執行艱苦的敵後偵察任務的原抗聯第11軍第1 師師長李景蔭，率領部隊主動出擊，配合蘇軍作戰，抗聯部隊還從教導旅抽調一部分人員為蘇軍擔任嚮導和參謀。
蘇聯紅軍進入東北作戰時，抗日聯軍從蘇聯境內打回祖國東北地區後，在蘇軍統一指揮下，迅速進駐哈爾濱、長春、瀋陽、吉林、佳木斯、牡丹江、齊齊哈爾、延吉、北安、綏化、海倫等57座大小城市。
因此，可以說整個大東北抗聯武裝進去得最早，接管得也最早。
為了避免國民黨政府和美國人的口舌，駐各大小城市的衛戍司令由蘇方擔任，而抗聯的各級指揮人員只任副司令。周保中化名費紹元中校，擔任了長春衛戍副司令，張壽鎮化名李兆麟，擔任哈爾濱衛戍副司令。此外，馮仲雲、王效明、王明貴等領導人也分別擔任了瀋陽、吉林、齊齊哈爾等11個市的衛戍副司令。
自1941年以來，由於東北斗爭環境所需，抗聯餘部進入了中蘇邊境營地，並被編人蘇軍序列。抗聯領導人與蘇軍指揮員建立了良好的關係。蘇軍馬林諾夫斯基元帥與延安中共中央取得聯絡也是經過周保中等的安排才實現的。
抗聯部隊進入東北後，一面協助蘇軍肅清日偽殘餘和反動武裝，一面著手開展建黨、建軍、建政工作。先後成立了松江、黑龍江、佳木斯、牡丹江、吉林、延吉、長春、瀋陽等地地委以及所屬的各市市委和縣委組織，並組建了7 個步兵團，5 個警備軍團，7 個警備大隊，兩個騎兵連。
1945年8 月後的大東北，混亂之極。八路軍、新四軍和中共中央派出的負責幹部尚未達到，蔣介石的正式“接收”班底尚未最後搭起來。
在國民黨特務策劃下，東北形勢十分複雜。原偽滿洲國警警、漢奸活動猖狂，有的公開掛出國民黨黨部的牌子，有的組織“解放同盟”、“敵產清理委員會”等組織，並組建反共武裝，在長春先後成立“中國警備軍”、“公安大隊”等，進行反共反蘇活動。在由先期進入東北的中共抗聯組織和中共在東北的部分人員領