這究竟是為什麼呢？理由很簡單，有如下幾點：
首先是因為李秀成太有名望了。洪秀全死後，李秀成實際上已經代替了洪秀全的地位，如果不把他給殺了，脫逃掉的他依然會領導幾十萬仍在各地戰鬥的太平軍，這對朝廷是不利的。而且，對於這位太平天國的重要領袖，曾國藩也不可能掌握對他生殺予奪的大權，而只有朝廷才有做出決定的權力。
其次是由於太平軍將士對李秀成的擁戴。《太平天國戰紀》中曾經有這樣的記載：“松王陳得風已降國荃，見秀成在虜，向之拜。國荃叱之，得風曰：‘吾為母而降，事洩當死，蒙王不殺，今無以為報，故拜耳。’秀成被殺，年四十。”李秀成雖然已經落入了敵人手中，其手下將士仍然非常敬重他，由此我們可以看出李秀成對將士的影響力。
第三個原因也非常重要，就是李秀成對南京之戰的一切都瞭解得很詳細，而曾國藩的奏摺大都偏離事實，在諸如南京城守兵、財富、湘軍的燒殺擄掠等問題上，李秀成都瞭解得非常清楚，一旦他將這些事實洩露給朝廷，曾國藩將不可避免地面臨災難。這是曾國藩殺李秀成最重要的原因。因為李秀成寫了十天的供詞，每天寫七千多字，然而才有兩萬多字儲存了下來，主要是因為曾國藩的刪節和修改。
清軍在抓到了李秀成後，曾國藩在《奏報攻克金陵盡殲全股悍賊並生俘逆酋李秀成洪仁達折》中這樣寫道：“至偽忠王李秀成一犯，城破受傷，匿於山內民房。十五夜，提折蕭孚泗親自搜出，並搜擒王次兄洪仁達。二十日，曾國荃親訊，供認不諱。應否檻送京師，抑或即在金陵正法，諮請定奪。”六月二十九日，朝廷在給曾國藩的上諭中說：“其逆首李秀成、洪仁達等，均系內地亂民，不必獻俘；第該逆等罪惡貫盈，自應檻送京師，審明後盡法懲治，以洩神人之憤。著曾國藩遴派妥員，將李秀成、洪仁達押解來京，並諮明沿途督撫，飭地方文武多派兵役小心護送，毋稍大意。”
朝廷的命令應該是一點也不含糊的。然而，曾國藩卻玩了一個小小的把戲，即在朝廷的諭旨下達前就處死了李秀成，根本沒有等朝廷的命令。
曾國藩竟敢不遵從朝廷的旨意，其中必定是有原因的。
第四部分：天國瓦解瞞天過海
當然，曾國藩知道這樣做冒了很大的風險，於是，又於七月二十日補了一份《復奏李秀成等囚未能檻送京師已先就地處決情由及洪逆三印已早解送軍機處片》，在這篇奏摺中解釋了自己的所作所為。
但是，曾國藩遞給朝廷的李秀成的供詞中，刪改了其中很大的一部分，朝廷覺察到了這一點，於是，又於七月二十三日令曾國藩補上他所刪掉的部分。
這個命令讓曾國藩感到極為難堪，正是因為供詞中有些部分不便給別人看他才把它刪除的，他豈能保留？於是，沒有辦法的他也就只好裝聾作啞，在奏摺中不提任何有關於這方面的事情，好在朝廷也沒有對此做更進一步的調查，他終於逃過了此劫。
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