日天壇中之祈年殿，本是永樂十八年用來舉行天地合祀場所，原先為方形。現所見圓形構制，是經歷嘉靖十七年明堂（用來祭祀皇帝的生父或祖先）配享爭議後，在嘉靖二十四年（1545年）確定為明堂配享場所後改建而成的。
由明嘉靖皇帝在嘉靖朝（1522…1566）主導的天地分祀和明堂配享爭議，二者緊密聯絡，是作為旁支入繼的明嘉靖皇帝，出於追尊生父朱佑杬（1476…1519，憲宗朱見深〔1465…1488在位〕第三子）心思，為從未君臨天下的生父建立起一個虛構的睿宗帝系而積極加以推動的結果。
作為繼統於武宗正德皇帝朱厚照（1505…1521在位）的嘉靖皇帝，是按照洪武祖制“兄終弟及”的原則繼位。但嘉靖皇帝實為武宗堂兄弟，武宗的父親孝宗弘治皇帝朱佑樘（1488…1506在位）僅是嘉靖皇帝的伯父。嘉靖皇帝在即位之初，朝廷大臣按照繼統兼繼嗣的原則，給他擬定尊孝宗為皇考的方案，但嘉靖皇帝執意要尊自己的父親（憲宗第三子朱佑杬）為皇考，而稱孝宗為伯考。直到嘉靖二十四年（1545年），嘉靖皇帝才完成為自己親生父親稱宗祔廟的心願。他自即位起就在為從未擁有過皇帝名份的生父建構“憲宗睿宗（嘉靖皇帝的生父）嘉靖皇帝本人”這樣一個實際並不存在的帝系，花了較長的時期。嘉靖皇帝的舉動遭到了朝廷大多數官員的反對，因為他們並不願意見到“憲宗孝宗武宗＋嘉靖皇帝”這樣一個符合正統觀念的帝系的中斷。群臣和嘉靖皇帝的抗爭引發了震動整個朝野的“大禮議”事件。在嘉靖三年七月的左順門哭諫事件後，明嘉靖皇帝透過錦衣衛對眾多朝臣的廷杖逮繫，以武力贏得了議禮的階段性勝利，終於如願地稱自己的生父為皇考，而改稱孝宗為皇伯考。然而，這離嘉靖皇帝希望把自己生父靈位名正言順地置於太廟，還有相當的距離。這以後，嘉靖皇帝繼續以堅持不懈的努力和超出常規的熱情，著手一系列的禮制改革，伺機逐步清除為完成生父稱宗立廟的心願所面對的障礙。在嘉靖九年修建和改建起的天壇、地壇、日壇、月壇就是在嘉靖皇帝的主導下，為自己推尊生父所進行的一個步驟。
從嘉靖六年（1527年）起，嘉靖皇帝就一直在關注明堂禮制、廟制，以及作為大祀的郊祀禮儀，希望能夠從中找出某種聯絡，以便為他尊稱生父尋求到禮制上的突破機會。嘉靖六年五月，他與當時首輔大學士楊一清進行了討論，首次提出原來的天地壇中的大祀殿即是明堂的想法。嘉靖八年（1529年）二月，嘉靖皇帝對各種祭儀發生了強烈興趣，開始與大學士張璁探討祭祀儀式。在嘉靖九年（1530年）的討論中，他認為，由明太祖制定並已延續了一百多年的合祭天地的禮儀把明堂祭祀和郊祀混淆在一起，而且特意指出，在南郊大祀殿舉行的祭祀皇室祖先的儀式，類似於周代的明堂。並提議天壇與地壇應在南郊和北郊分開修建。官員夏言事先結交宮中道士，探知嘉靖皇帝心意，於是上疏建議天子應親耕南郊，皇后親耕北郊為古禮，這道奏疏正好於嘉靖皇帝提倡南北郊分祀的意圖暗合。在皇帝授意下，廷臣進行了討論。並最終將天地壇分開，在北郊建起了地壇，又在東西郊分別建起了日壇和月壇。
其實嘉靖皇帝分建起天壇、地壇，撤去大祀殿中太祖、太宗（永樂皇帝）的配位，本意是想將從未當過皇帝的生父的牌位配享明堂。但廷臣雖然按照他的建議同意修建起天壇和地壇，但卻不肯附和他的心意。世宗只得暫時擱置以生父牌位配享明堂的心思。心意未得滿足的嘉靖皇帝，隨後就對郊祀表現冷淡，在嘉靖十一年（1532年）春舉行的圜丘祈榖禮及五月間舉行的祭祀皇地祇的儀式，嘉靖皇帝都託病遣武定侯郭勳代祭。
嘉靖皇帝的真實心意，可謂昭然若揭，在地方政府任職或致仕的官員中，也有希圖進幸之徒屢屢有為嘉靖皇帝生父稱宗代言的奏疏。如嘉靖十一年（1532年）廣平府教授張時亨上疏請更定廟號稱宗，並建議自嘉靖皇帝誕生之年，追改鍾祥年號，不用正德紀年，建議嘉靖皇帝的母親改穿皇帝的服裝，正位內廷，而皇上應執太子禮，關決政事。嘉靖十二年，山西蒲州諸生秦鐘上疏稱孝宗之統在正德時已終結，應將嘉靖皇帝生父牌位放入太廟。他們的建言十分荒謬和可笑，頗似對嘉靖皇帝的譏嘲。故嘉靖皇帝頗為惱怒，對他們施以懲處。
嘉靖十七年（1538年），致仕官員豐坊（1492…1563）以《孝經》中“孝莫大於嚴父，嚴父莫大於配天”的話，為嘉靖皇帝生父稱宗的心意提出理論依據。嘉靖皇帝在得到豐坊上疏後，即