熳炒蟪晌�恢��蛉說畝遊欏�
桓玄急忙任命桓謙為征討都督，令遊擊將軍何澹之率兩萬人守東陵，又命卞範之率一萬兵防守覆舟山，作為東陵後援。劉裕進兵至東陵，很快擊潰桓謙的軍隊，接著又攻下覆舟山。桓謙、何澹之、卞範之逃回京城，對桓玄道：“劉裕的兵力很強，漫山遍野，不知有多少。你快逃吧！”桓玄也被嚇壞了，帶著三個人和數千親信及士兵挾持著晉安帝和司馬德文倉皇逃出京城。前相國參軍胡籓拉住桓玄的馬籠頭道：“現在你還有八百羽林軍射手，身邊也有數千人，為什麼不去和劉裕決一死戰呢？今天你離開京城，就再沒有回到京城的那一天了。”
桓玄無以作答，只以鞭指了指天，表示這是天意，便率眾人逃到石頭城，又從石頭城乘船西逃。一路上桓玄心情難受，剛當上皇帝沒幾天就被人家趕下臺，這皇帝做的還不如安帝那個白痴。他難受得連一口飯都咽不下去，還是他的兒子桓昇替他撫胸才得以嚥下。等到了潯陽，江州刺史郭昶之迎接桓玄，桓玄遂命何澹之和郭昶之守在湓口，自己與桓謙、卞範之等人，脅持晉安帝和司馬德文退回江陵。
劉裕的軍隊到了建康，王謐率京中百官出城來迎。劉裕入城後派劉毅率何無忌、劉道規等率一萬水軍繼續追剿桓玄，又把城中沒來得逃走的桓氏宗族餘黨全部殺死。有人向劉裕告發說：“王謐幫助桓玄篡位。當年桓玄篡晉時，王謐還親手解下晉帝的璽綬。”
王謐當年從刁逵手中救下劉裕，後來不但一直資助劉裕，還激勵他事業上進，劉裕一直記在心裡，把王謐當做恩人，所以對這件事睜一眼閉一眼，並沒有去加罪王謐。劉裕執掌朝綱後，到處尋求人才，先後重用劉穆之、胡籓、臧熹等人，又整理綱紀，打擊豪強，嚴肅法律，穩定了社會。
不久諸葛長民也回來了。原來，諸葛長民被押到當利口的時候，傳來訊息，桓玄敗出京城。押送諸葛長民計程車兵也起義反對桓玄，開啟囚車放出諸葛長民等人，諸葛長民又潛回到歷陽，發動兵變。刁逵在兵變中失敗，棄城而走，後來被其部下擒回，反被諸葛長民用檻車押送到京城。劉裕以前被刁逵欺負過，所以連審都沒審，就讓人把刁逵殺了。
擊敗桓玄入京後，按道理應當封賞功臣。但皇帝不在了，封官的事就只好互相推選吧。王謐和大家推舉劉裕為揚州刺史。劉裕一再拒絕，最後以王謐為侍中，領司徒，揚州刺史，錄尚書事。大家又推舉劉裕為使持節，都督揚、徐、兗、豫、青、冀、幽、並八州諸軍事，徐州刺史，推選劉毅為青州刺史，何無忌為琅琊內史，孟昶為丹陽尹，劉道規為義昌太守，諸葛長民為宣城內史。劉敬宣和司馬休之聽說劉裕打了勝仗，起義成功，也從南燕回國。畢竟劉裕當年是跟著劉牢之混起來的，看在劉牢之的面子上，劉裕讓大家推選劉牢之的兒子劉敬宣為晉陵太守，又任命司馬休之為會稽內史。
劉毅、何無忌、劉道規的晉軍在桑落洲與桓玄的戰將何澹之激戰，這時桓玄的軍隊還很多，雙方打了很多天不分勝負。何澹之想了個自以為是的計策，他悄悄地移到郭昶之艦中，讓自己的旗艦衝向敵陣，以誘晉艦來圍攻，這樣其他楚艦則可以仗著艦多兵多對晉艦進行反包圍。但他擔心洩密，並沒有把這個事通知到每條船上，而是憋在自己肚子裡不說。這就為後來的敗仗埋下了伏筆。
晉軍很快把這隻旗艦攻下。何無忌一馬當先，攻入旗艦中，卻不見主帥何澹之。何無忌方知上當，這時候楚艦已經從四面八方將晉艦包圍，何無忌急中生智，出來喊道：“何澹之已被我生擒了，你們還不投降？”
楚軍見旗艦被攻下，所以都相信何無忌擒住了他們的主帥，皆無鬥志，紛紛撤退。晉軍乘勢追擊，楚軍大敗。何澹之從郭昶之的艦中急得跳出來大喊：“我在這裡！”竟然無人注意，楚軍大敗。何澹之和郭昶之只好棄艦而逃。晉軍遂攻克湓口，進據潯陽，又從潯陽繼續進兵。
桓玄又派苻宏為前鋒，率荊州水軍二萬阻擋劉毅。劉毅的軍隊只有一萬，聽說桓玄船高兵多，便打算回潯陽堅守。劉道規道：“敵眾我寡，即使退到潯陽，也難堅守。不如乘勝進攻，一鼓作氣，與之死戰。兩軍決戰，雄者克！不在兵多！”何無忌也不同意退兵。
劉毅於是繼續進軍，在崢嶸洲與桓玄的水軍遭遇後，兩軍混戰。由於晉軍兵少，又處於下游，開戰後處於不利的局面，開始後撤。但這個時候忽然颳起了東風，而且這場風颳得特別猛烈。水軍交戰，風向特別重要。楚軍雖然處於上流但遇到強烈的逆風，船隻都被吹得後退。晉軍趁勢掩殺，並同時