前鋒營、神機營、巧器營這三個用於戰爭的細分兵種，前兩者為戰，後者則是根據沙場上的反映情況，只參與制造改進兵刃器物，後勤支援而不參與面對面的廝殺。
除此之外，還有暴力執法隊與敢死隊，這兩個分別用於鎮壓內部與外部威懾，血腥殘忍的暴力執法隊保證了大本營一切政令的暢通無阻，執行中打了折扣，觸犯了規矩的人，無不遭到這個部分的殘酷鎮壓，反對的聲音往往在發出的同時，便決定了發言者悽慘的命運。
敢死隊則是絕不輕出的終極力量，一旦要敢死隊出手的時候，往往就是一錘定音的最後關頭，不死不休。
最後就是黑巢軍事力量的主體，卜要臉統領的暴熊軍與赫日的血狼軍，加上前面四個處三個營兩個大隊，一共十一個大部門，每個部門分一正兩副三個大流氓頭，分別下轄小組小隊若干。
黑巢經過自身的不斷修補與完善，逐漸形成了三巨頭掌控的局面，分別是督明，卜要臉，赫日三人，被黑巢之人戲稱為一個腦袋兩個拳，大方向戰略的制定全部出自這三人之手，別的部門只是協同與執行，執法隊起監督懲罰的作用。
因為至今都尚未有任何勢力有資格讓敢死隊出手，所以這個最好戰的大隊，也是唯一一個從未出動過的部門，這個連黑巢內部都公認的惡魔大隊，隊員個個兇殘無比，嗜血好殺，冷血，變態，自殘，自殺，可以說被扔到這個大隊的人，沒有一個是正常人。
敢死隊雖然屢次被執法隊鎮壓，卻一次又一次舔好傷疤，便立即再次瘋狂的殺人作案，屢經鎮壓卻依舊殺人為樂，甚至幾次策劃血洗暴力執法隊，雖然次次受限於這幫人的頭腦問題而慘敗，卻屢敗屢戰，是個屢教不改的典型問題部門。
督明加入黑巢後，陷於局勢的嚴峻，內部的兇殘，開始銳意改革，透過幾次對外戰爭，歷經幾年時間，慢慢細分部門職責與許可權，將分別隸屬於政、經、軍三方面的十一個部門合而為一，去除冗繁，加強集權。
五年前，基於對鍾道臨的尊重，督明並沒有裁撤原有的十一個部門，即使敢死隊這個讓他想起來就頭疼的部門都未動，而是設立黑巢大本營，統攬軍政，原有的十一個部門，加上後來加設的三個部門，收歸大本營垂直管理，開始連續釋出了一系列的命令。
所有的這些命令，骨子裡其實只有三條法規一箇中心點，那就是利益捆綁制，選拔罷免規則，相互監督法，唯一的中心點便是一致對外，避免黑巢內部持續不斷的殘酷內耗。
新設立的三個部門，分別是翼人大隊，船舶督造營與黑巢衛隊。
翼人大隊的成立，起源於五年前，成軍於黑巢與獅人族聯軍，對鱗蛇族的四年戰爭期間，面對瘴氣雨林內盤踞不出的鱗蛇族，大本營制定了殘酷的毀滅計劃，一個令黑巢惡名遠播的計劃。
戰後，看到這種作戰手段所帶來的強烈震撼力後，督明等人決定立即將戰爭期間，從外族借來的翼人強制收編，連嚇帶騙的成立了黑巢所屬的第一個空中大隊。
大隊成員全部由參與了這場戰爭的三大翼族人構成，共一千二百六十二人，大隊長是從神機營抽調而出的鬼羽，五人組成一個空中編隊，三編隊為一縱隊，八縱為一聯隊，十個聯隊構成一個大隊，這便是黑巢日後仗以跨地域遠端戰略奔襲，被各族驚恐的視之為“黑雲風暴”的空軍前身。
黑巢衛隊的建立，則是督明防範於未然的產物，能夠進入黑巢大本營直屬衛隊的人，可謂百裡挑一，沒有一個不是各族內的精銳，全部是經歷過戰爭，殺過人的老兵組成，人數很少，發展到如今仍舊不足三百人。
因為黑巢衛隊是作為保衛大本營的最後屏障而存在，所以赫日卜要臉與督明三人在挑選衛隊成員的時候，格外嚴格，非骨勇者不用，未經殺陣者不用，身無傷痕者不用，未受黑巢大恩者不用，雙親健在者不用，示之殺而存仁者不用
經過層層嚴格的篩選，無情的淘汰後，首批選拔而出的七十六人，立即便銷燬了一切能證明其身份的物件，當日便在赫日的親自指導下，帶隊前往某地，開始了殘酷的反刺殺訓練，與之相對的，衛隊成員也同時獲得了黑巢內最好的待遇，最精良的兵刃鎧甲，最高的榮譽
三巨頭都有親衛貼身保護，嚴格選拔人員組建黑巢衛隊，不單是為了應付突發情況，更有一層深意，那便是給一去不回，生死不知的那個黑巢締造者，有朝一日能夠重新回到黑巢而準備的
第九章 窩囊艦長
船舶督造營，是從巧器營分離而出，成立不足兩年