爾漢等入關於和平起義工作的一些計劃都直接向鄧力群彙報，並透過他同中共中央聯絡，得到黨中央的指示。從此，中共中央一方面進一步做暫住北平的張治中的工作，並透過他做好國民黨新疆軍政首腦的工作，另一方面透過鄧力群直接領導新疆的和平解放工作。
與此同時，西北人民解放軍在對西北國民黨軍進行軍事打擊的同時，也加強了和平解放新疆的準備工作。
8 月29日，也就是蘭州解放的第三天，戎馬半生的彭德懷，專門拜訪、邀請在蘭州的新疆各族各界人士，如蒙古王的兒子侯瑞昌、兒媳師瑞蘭，大商人艾買提。瓦吉地，蘭州維吾爾族宗教領袖烏斯瑪依，以及一些在蘭州休假的陶峙嶽部校以上軍官等，請他們介紹新疆情況，幫助他們瞭解共產黨的政策，向他們講明新疆只能走和平解放的道路。這些人隨即組織成立了新疆問題研究會，在彭德懷的支援下，為新疆和平解放做了不少工作。
9 月19日，也就是在鄧力群到達迪化的第四天，包爾漢透過鄧力群給毛澤東發報，表示了自己堅決執行中共中央和平解放新疆的正確決策。電文稱：“此間對新民主主義及尊重少數民族利益之號召，早具堅強之信心及擁護之赤誠，併為之克服困難。已經決意與國民黨反動政府脫離關係。”同時表示，他“已準備一切力量消滅反動勢力，接受領導。俾每一角落共慶新生，以完成貴黨所領導的整個中國之解放”。
四天之後，毛澤東即給包爾漢回電子以嘉勉。電文中稱：“新疆局面的轉變及各族人民的團結，有賴於貴主席鼎力促成。尚望聯絡各方愛國民主分子，配合人民解放軍人新疆之行動，為解放全新疆而奮鬥！”
毛澤東的回電，給包爾漢以更大的鼓舞。接電後，包即按毛澤東電報上的指示精神，更加努力地開展和平解放新疆的工作，為挫敗葉、羅、馬的暴亂陰謀，贏得新疆的最終和平解放做出了積極的貢獻。
鄧力群人疆後，既全面瞭解和掌握了新疆軍政各界的情況以及起義的準備工作情況，也密切了同新疆軍政方面主和派的關係，為中共中央及時作出關於解決新疆問題的正確決策，促進新疆和平解放的早日實現起了很大的作用。
經過長時間的醞釀活動，主和派在和主戰派的鬥爭中逐漸取得主動權，佔據優勢，軍政等多方面主和勢力從暗中各自分散進行到逐漸明確表態，從默契到日益密切配合，和平起義眾流齊匯，統一到中共中央和毛澤東的和平解放新疆的領導和部署上來。
陶峙嶽由於處境艱險，是主戰派矛頭指向的焦點。他雖名為統率全疆軍隊的警備總司令，但實際只能掌握副總司令兼南疆警備司令趙錫光的一個師及警衛團等，大約只佔四分之一的部隊。因此他在開始進行和平起義的工作時是十分慎重，藏而不露的，甚至對他最親信的兄弟——力主和平的警備司令部參謀長陶晉初也不明確表態。對主戰派則一直是從整個新疆和新疆各族人民的發展以及新疆10萬駐軍的前途和出路的大局著眼，針對形勢的發展及其演變，反覆陳明利害關係，進行勸導說服。
在內、外因素的共同作用下，主戰派核心人物羅、馬、葉終於答應交出部隊。9 月24、25日，三個“光桿司令”先後離開新疆。
1949年9 月24日，隨著葉、馬、羅的“和平撤退”，新疆和平解放的最後一塊障礙被清除，陶峙嶽、包爾漢便及時發出了起義通電。9 月25日，國民黨駐新疆部隊由陶峙嶽領銜宣佈起義，同時致電中共中央、毛主席，宣佈脫離國民黨政府的統治，“竭誠接受毛主席之八項和平宣告與國內和平協定”，在共產黨毛主席的領導下，歸人人民的行列。
起義的訊息一傳開，迪化全城頓時鼎沸起來。全市各界用各種民族文字書寫的標語貼滿全市，慶祝隊伍也自動組織起來。第二天，省政府召集慶祝和平解放大會，並向全疆各地發了通電。大會開得熱烈歡快，充滿了翻身解放的喜悅！
為了防止起義後發生不必要的變故，9 月27日，陶峙嶽。包爾漢又聯合署名，向全疆釋出了（新疆省警備總司令部、新疆省臨時人民政府佈告），要求全省軍民在這一偉大變革時期同心協力，努力做到：不侵害他人的生命財產；不擾亂地方秩序；不破壞民族團結；不對他人報復過去的嫌怨；不抬高物價；不挑撥軍民感情；不侵害外國僑民；不侵損公家財物。
9 月28日，毛澤東和朱德給陶峙嶽和包爾漢，以及新疆軍政起義人員發來電報，對他們的和平起義表示嘉勉：“你們在9 月25日及26日的通電收到了，我們