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明清兩代，對兵書最大的一次整理是清乾隆年間修《四庫全書》時對兵書的蒐集、審定、繕寫和編目。公元１７７２年，乾隆下徵書上諭，要求將所有民間藏書，匯送京師，〃以彰千古同文之盛〃。到１７７４年，各省運抵京城的圖書已達萬餘種。
根據清王朝的標準，對這些圖書進行審定，或收入《四庫全書》，或列入存目，或抽毀，或銷燬。根據《四庫全書總目提要》的著錄，當時，被收人《四庫全書》的兵書有二十部，一百五十三卷；列入存目的有四十七部，三百八十八卷（內二部無卷數），合計共六十七部，五百四十一卷。僅佔歷代兵書的極少一部分。乾隆修《四庫》既是對兵書的一次大整理，也是一次大禁燬。
歷代整理兵書的方式，歸納起來大致有如下五種：（１）搜訪遺書。如西漢楊僕〃捃摭遺逸〃，陳農〃求天下遺書〃，就是搜訪遺失在民間的兵書及其他圖籍。（２）審定刪削。如漢初張良、韓信把收集到的一百八十二家兵書，按照漢朝廷的標準，刪去了一百四十七家，只保留下三十五家。清乾隆修《四庫》，經過審定刪削之後的歷代兵書只剩下二十部，一百五十三卷，審查之嚴，刪削之重，為世所罕