然不顧這種含蓄的拒絕和冷言冷語，在七月份將他進攻菲律賓群島的“滑膛槍手”藍圖送到了華盛頓。“滑膛槍手”計劃得到了尼米茲的支援，他堅持說，原來的“桔色僕戰計劃”所要使用的基地對於最後的北進是至關重要的。兩位太平洋戰區司令官的意見明顯一致，是說服參謀長聯席會議放棄他們繞過菲律賓群島的計劃的一個有力因素。總統擔心，如果看來他要拋棄菲律賓人的話，那麼在日益臨近的大選中，他可能遭到政治上的損失，麥克阿瑟私下對馬歇爾說，作出那樣的決定將導致他辭職。這決不是一個不著邊際的威脅，因為那年早些時候，一批共和黨議員曾認真考慮過推舉麥克阿瑟為總統候選人。作為一個受到普遍愛戴的英雄，一個新聞界經常注意的人物，加之眾所周知的他反對“新政”學說的態度，這一切使他成為反羅斯福情緒的中心。由於麥克阿瑟在一封信中似乎公開批評了總統因而掀起了一場政治風暴，在這以前，他一直是默不作聲的候選人，而且競選成績相當不錯。這場風暴使他正式宣佈他“不是候選人”，因為那將“有損於戰爭效果”。
羅斯福除掉了一個潛在的政治對手，感到鬆了一口氣，而麥克阿瑟顯示出了他在美國人中得到的公眾支援是多麼大。這位將軍因此把白宮六月召他去珍珠港會晤總統和尼米茲海軍上將一事說成“純粹是政治性的”。他認為那是羅斯福企圖在大選前，讓人們看到他正在發揮現任總司令的作用。未被邀請與會的參謀長聯席會議的成員們擔心，總統會受到壓力，要他親自過問麥克阿瑟同尼米茲之間的爭執。就在羅斯福啟程去夏威夷之前，金海軍上將視察了太平洋基地，他向尼米茲提出了他自己的看法，認為在向日本發動最後進攻時，福摩薩比菲律賓群島更是一個合適的戰略基地。他還表示擔心，英國人越來越想要參加最後的進攻，他希望把皇家海軍遠遠限制在菲律賓群島以東。人們一直在傳說，丘吉爾正設法把蒙巴頓的權力擴張到西南太平洋司令部去，企圖奪回英國在遠東的殖民地。
“巴丹”飛機從布里斯班出發開始長途飛行，麥克阿瑟在飛機上踱步，口中絮絮叨叨地抱怨：“逼著我離開我的指揮崗位飛到檀香山去拍一張政治照片，真丟人！”先前已經請過他幾次，但他一概不予理睬，最後馬歇爾將軍命令他七月二十六日到夏威夷去見總統。他從來沒有離開過他的太平洋司令部，而現在，就在又一個緊要關頭，在新幾內亞戰鬥的最後階段，他卻被叫走了。足智多謀的足立將軍的二萬部隊先前在韋瓦克島吃了蛙跳戰術的苦頭，現在他已率領部隊在海岸叢林中行進了一百英里，準備進攻美國的艾太普基地。美國陸軍第六軍軍長派遣第四十三步兵師阻擊敵軍在德里紐莫爾河的側翼運動，但是，經過了整個新幾內亞戰役中三個星期最激烈的戰鬥之後，才挫敗了日本第十八軍取得突破的企圖。進攻是那麼猛烈，以致一度出現可能會延誤新幾內業戰役的最後行動的危險，這個行動就是“颱風突擊隊”在
馬爾和桑薩波登陸。七月二十日，盟軍士兵安全登上了新幾內亞福格爾科普半島頂端的這兩個地點後，麥克阿瑟的注意力集中在務必於九月十五日前佔領哈爾馬赫拉島，為進攻菲律賓群島南部準備好最後一塊跳板。對於麥克阿瑟來說，艱鉅的新幾內亞戰役現在已經差不多結束了，取得這場戰役的勝利是由於出色地執行了他的戰略。麥克阿瑟斷言，待到解決了足立將軍的部隊的時候，其餘的孤立的敵守軍“對目前和未來的作戰行動就不再構成威脅了”。瓦齊將軍和他率領的澳大利亞幾個師的兵力已經開來接管海岸沿線已為美軍所控制的基地，“肅清殘敵”的任務即將交給他們去完成。許多日本人當然不願扮演麥克阿瑟給他們安排的被動角色，這是不足為怪的。在後來的幾個月中，掃蕩變成了一種勞而無功、說不出有多艱鉅殘酷的叢林戰，澳大利亞最高司令部對此越來越不滿，而撤走了的美國部隊卻在不斷取得太平洋戰爭最後戰役的勝利。
麥克阿瑟將軍對待澳大利亞軍隊——若不是他們，他本來是會輸掉巴布亞戰役的——的傲慢態度，堪與他對總統的輕蔑態度相比。七月二十六日，他乘坐的B—17 飛機比羅斯福一行乘坐的“巴爾的摩號”重型巡洋艦先到檀香山整整一個小時。但他沒有參加尼米茲海軍上將和碼頭上的正式歡迎行列。這位將軍引人注目的長車隊姍姍來遲一事，更突出了他不曾參加歡迎行列；麥克阿瑟身著一件飛行夾克，顯得不拘禮節。
戰略抉擇
然而，總統決意要心乎氣和地、若無其事地對待這件事，雖然他的參謀長李海海軍上將曾擔心這件事會破壞一次已經艱難