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這是文官改革，與勳貴無關，勳貴們都是武官，但是很快1398年末。新皇帝聽了方孝孺的話把六部尚書從二品提到了一品，又在尚書和侍郎之間加了一個侍中之職。這種制度上的改變把六部尚書提到了與都司同級的地位；自從廢除丞相之後都司比任何文官的品級都高。因此，在他有意識地把zhèng fǔ牢牢控制在文官手中時，六部尚書的地位和權威提高了，但是建文帝沒有其祖父那樣的雄才大略，導致無法對抗文官集團。只是對幾位大儒言聽計從，導致朝堂之上文官獨大，武將地位低下。
武將地位低下，對戰爭傷害有多大，就不用說了。在加上朱允文根本不聽從勳貴門的意見。而且齊黃二人在拒絕了勳貴們的提議，強調必須按朝廷的意見來。忽悠走勳貴們，他們又功手了。
在zhèng fǔ官署的大小和數目方面以及在一整套官員的設定上，也都有了改變。戶部和刑部的所屬司從12個減為4個；都察院中的兩個都御史合併成了一個；同時，國子監和翰林院的各項職責和人員編制大為提高和擴大。這最後兩項改革表明，重點放在儒家教育上和翰林學士在zhèng fǔ中的顧問作用的加強上。在詹事府也設立了某些新職位，使翰林學士在教育和訓練太子及諸年幼王子方面能發揮更大的作用，文官此舉意圖使得以後的帝王更加聽從文官的話。
這一下。可是真的惹惱勳貴們了。
怎麼著？你們影響一代皇帝還不行，這是要打所有大明皇帝的主意了。那麼到時候這天下還是老朱家的天下嗎？
於是乎，燕王說，對建文的顧問們發動的懲罰性戰役是忠於王朝的行動。
而一應勳貴也便開始與藩王們的暗通曲款，即便許仙把他們送上了戰場，看好他們的後勤，不讓朱允文撤換他們，也只是有勝有負。
說他們是圍剿朱棣，不如說他們是在做運輸大隊長。只要有機會，他們便會給打的半殘的燕軍輸血。
打到後來。許仙也看出來了，知道他們實在沒有真心剿殺燕王的心願。但是這能怪他們嗎？
對六部及其下屬司的組織所作的各種改動中，對官員和皇帝侍從的頭銜所作的變動，以及對南京各官署的名稱所作的改革，都是本諸古代的《周禮》行事的。這些變易不單是象徵性地恢復古代的模式。也不像朱棣和他的歷史學家們所說的那樣是任意變更祖制。它們都是有目的的變革，意在搞一套新的建制，使權力歸到皇帝信任的顧問的名下，加強文官之治，以削弱將軍們和皇子們的權勢。為了貫徹他們設計出來的這些政策，黃子澄、齊泰和方孝孺都被擢升，握有空前大權，這就大大地背離了明太祖所定下的制度的模式。他們在國事中起著特殊的作用，簡直就是皇帝的化身。他們即使不對內戰負主要的責任，也要負直接的責任，因為他們對朝廷的控制和他們正在推行的變革，不要說朱棣這樣雄才大略的帝王，就是任何人都不會允許有人翻負自己家天下。
歷史上建文改革失敗了。隨著建文朝廷的消亡，所有這一切政治改變和制度上的革新都付之流水，它們只是作為復古和反動的背離祖制的失敗的嘗試留在人們的記憶中——是書呆子皇帝和他的不通世故而迂疏闊大和抱負不凡的，或心懷野心而又有煽動性的顧問們的一個愚不可及的消遣之作。
可是許仙的存在，命運的安排，朱允文是做了皇帝，可是這華夏又剩下了什麼？
百萬飄帆，十年生死兩茫茫，不思量，自難忘。千里墳場，無處話淒涼。
在叛亂開始的時期，燕王尚不佔兵力上的優勢。他的軍隊只有800人；除了他的封地běi 精之外他也沒有能夠控制任何其他領土。南京的建文朝廷有一支常備軍，擁有豐富的資源，並且已經廢除了幾個封建藩王。
因為—無所有，所以不心疼。因為起家勢力有弱。所以才傷亡巨大。燕王每需要撥出—口氣，都需要殺死更多朝廷的人，更多的有生力量。死亡多少，又有多少人披麻戴孝？
這樣