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在戰火中，皇權在無形中被消弱了，掌權者悲哀的發現，他們只有靠忍者才能在世界上立足，在殘酷的現實面前，他們的權力日益降低。最終，皇帝成了大名，他們受忍者保護，卻沒有足夠的力量，不得不把一部分權力交給忍者村，換取忍者村的幫助。
忍者村內都是修行的忍者，他們無暇管理國家，只知道不停的修煉再修煉。
在這種怪異的氣氛下，國家與忍者村成了相互依存，不可分割的一個整體，火影忍者的世界在不知不覺中，回到了原本的軌跡。
沒了穿越者和輪迴者的世界，忍者成了主角，忍者家族如雨後春筍般冒了出來，他們為了各種理由加入了國家之間的戰爭。其中實力最強的一方勢力是千手柱間和宇智波斑，他們聯手，無任何當。
千手柱間見火之國是戰爭的根源，他帶領眾忍者，以絕對力量佔領了火之國，並使用各系忍術恢復了火之國的地貌和植被。
強橫的實力，獨特的魅力，配合九條尾獸的恐怖戰力，千手柱間在眾多夥伴的協助下，平息了火影忍者世界的戰爭，並把九條尾獸分給了五個大國。
有獸形核彈在手，五個大國之間暫時安靜下來了，為了讓火之國強大到足以威震其他國家，千手柱間收容了不少難民，並藉助漩渦水戶的關係，從渦之國弄來大量的人口。
織田慎吾和沈萬里等人戰死，渦之**力耗盡，渦巢村只剩下一千人族士兵，當權者又無足夠的實力，他們無法阻止千手柱間的暴行。
伍晟培養的幾個心腹去了水之國，詢問了漩渦水靈的意思，數日後，不少人去了火之國，從新組建了一個朝廷。
隱藏許久的ld叔帶領渦巢村的居民乘機融入了新生的火之國，為這個國家帶來了大量可以存在的技術，充實了火之國的國力。
當火之國進入正軌後，對政治不怎麼感興趣的千手柱間和宇智波斑一起組建了木葉村，成了整個火影忍者世界實力最強的忍者村。
有人的地方就有爭鬥，忍者村成立不久後，不少忍者因各種關係，成了叛忍。
叛忍的實力普遍偏高，奈何人數太少，又終日受到忍者村追殺，有不少人躲入五大國之間的小國。
數年後，忍者成了這個世界的主旋律，穿越者和輪迴者已逐步淡出人們的記憶。
渦之國幾乎被千手柱間搬空，國力降調最低點，當一群叛忍進入渦之國肆虐一番後，漩渦水戶向千手柱間提出了辭行，帶著一部分忍者返回了渦之國。
對此，千手柱間無力阻止，只能任其離開。
不久，角都襲擊千手柱間失敗，無臉返回水之國，去了一個小國的忍者村，又受不了和諧的環境，成了一個叛忍，開始為金錢而奮鬥。
沒了輪迴者和穿越者的干擾，火影忍者世界的故事按照原有的劇情進行著，宇智波斑與千手柱間產生了矛盾，兩人在終結谷大戰一場，最終千手柱間贏了，不久死在病榻之上，宇智波斑炸死，消失無蹤。
千手柱間一死，漩渦水戶在一瞬間老了許多，她把九尾傳給了漩渦玖辛奈後就離開了人世。
沒273344165032了千手柱間，各大國蠢蠢欲動，數年後第二次忍者大戰爆發，千手扉間與眾多忍者戰死，讓其他幾個大國驚訝的是，火之國沒了千手柱間，一樣兇猛，它以深厚的底蘊在戰鬥中屹立不倒，最終贏得了來之不易的勝利，但渦之國就沒這麼幸運了，它與窩巢村一起成了歷史。
漩渦玖辛奈到了木葉村，結識了黃頭髮的小帥哥風波水門，兩人演繹了一場可歌可泣的愛情故事。
當風波水門春風得意，事業和愛情雙雙達到巔峰時，第三次忍者大戰在有心的人挑撥下爆發了。
同時，新一代的輪迴者和穿越者悄悄的來到了火影忍者的世界，他們加入了不同的陣營，書寫新的傳說。與他們的前輩相比，如今的穿越者和輪迴者已無法掌控火影忍者的世界了，各種大威力的忍術日益成熟，影級強者不計其數，上忍多如牛毛。查克拉已成為火影忍者世界內的主力量，凡是兌換的力量在查克拉面前會不同程度受到壓制，天賦神通優勢不再像以前那麼明顯，忍者的地位不可動搖。
ld叔沒有閒著，他與漩渦水靈早已經退居幕後，兩個以伍晟留下的底子，建立了邪神教。
這個教派在暗地裡活動，成員大部分都是性格陰暗，對禁術有一定造詣的狂人，如若不然，他們早就老死了。
在發展教員的過程中，ld叔找到了段飛，並把它改造成