得不接受這種現實，他戰敗了，並且山城已經被攻下，此刻他連降條件要求獲得優待的資格都沒有了。
第五卷 驚濤駭浪 第十七章 雙寶
17世紀初，曾經有一個叫馬可斯的神甫被幕府驅逐出境時留下預言：將來必定會出現一位具有神聖稟賦、通曉教義的16歲的童男，在流雲飛逝、山野轟鳴、旌旗漫卷和動盪中，代表上帝來拯救萬民。這一預言在天主教信徒中留下了深刻印象，併產生了心理共鳴。
益田時貞的父親益田好次是小西行長的家臣。後來益田時貞被過繼給天草甚兵衛，改名為天草時貞。天草時貞自小聰穎過人，有神童之稱，且外表俊秀曾有一位相士曾對天草說：“閣下面相尊貴，本應掌握天下，只可惜生在德川時代，難成大事。”
對此天草時貞的養父天草甚兵衛大是惶恐，給了那相士很多銀子求他三緘其口，千萬不要說出去，但是哪裡有不透風的牆，這已經在天草被很多人私下裡傳揚了。剛剛十歲的天草時貞就顯露出跟同齡的孩子有很多不同了，當其他孩子還是在外面拿著竹刀玩打仗的遊戲時他已經對天主教產生了濃厚的興趣，並且秘密的加入了教會組織。
豐臣秀吉禁教以後，貿易活動其實並未停止，所以，銳意向日本傳播信仰的天主教勢力仍繼續向日本西南地區滲透。這也是天草時貞能夠加入教會的原因，天草平原有很多人秘密的參加了教會。在德川家康重新統一天下後，由於深諳傳教與貿易關係，德川幕府最初對西方宗教採取了較為寬容的態度，以便維護與葡萄牙、西班牙的經濟貿易關係。於是，傳教士在西南部再度活躍起來，幾年間就將天主教信徒發展至近萬人，並按照教會組織形成聯絡體系，反體制色彩逐漸增強。
德川家康意識到天主教關於上帝是惟一絕對神的排他性質，以及上帝面前人人平等的思想勢必衝擊東方封建專制統治的正統意識形態，如若聽其矛盾進一步激化，發生直接衝突僅僅是時間問題而已，於是，轉而實行取締西方宗教的政策。在政權內部德川幕府開始清除天主教勢力，明令天領（幕府在各地的領地）內實行禁教，凡旗本、家臣及居住江戶的大名妻室當中有天主教嫌疑者，一律強迫改變信仰。拒不放棄洋教者，削去官位，逐出城外。命令一頒發在各地引起了很大的反響，江戶、京都、大阪、長崎都發生了衝擊教堂的事件。
慶長十八年（1621），家康的親信本多正純與力岡大八為收復失去的領地，加入了天主教，與天主教大名有馬晴信勾結，並收取賄賂，事情敗露後，並牽連到許多秘密教徒。這一事件給德川家康以極大刺激，痛感天主教勢力已然滲透到幕府政權核心，遂於同年12月23日，德川幕府向全國發布了第一道禁教令，痛陳天主教對神國日本的危害，明確了以嚴酷刑法鎮壓天主教的決心：
爰切支丹黨徒，適來於日本，非啻渡商船而通資財。叨欲邪法，惑正宗，以改域中之政。叛天連黨徒，皆反杵政令，嫌疑神道，誹謗正法，殘義損善，見有刑人，載欣載奔，自拜自禮，以是位宗之本懷，非邪法何哉？實神敵佛敵也，急不禁，後世必有國家之患。日本者神國、佛國，尊神敬佛，專仁義之道，匡善惡之法。有過犯之輩，隨其輕重，行墨、劓、非、宮、大辟之五刑。
慶長十九年（1622）10月，幕府在京都將53名教徒處以火刑；翌年9月，又在長崎將555名教徒分別以火刑和磔刑處死。寬永元年（1624）以後，德川幕府屢次向長崎地方官下達《長崎奉行之奉書》，即後來史家稱之為“鎖國令”的文書。在禁教過程裡，幕府陸續關閉了沿海口岸，僅僅在長崎一地的“唐人屋”與孤懸海上的出島的“荷蘭商館”（有幕府武士把守的一條棧橋同長崎口岸連線），保留了對中國和荷蘭的限量貿易，以解決國內對生絲、香料等貴重物品的急需。
說起荷蘭這個國家確實讓人不敢恭維，在西方與日本的早期接觸中，荷蘭是一個較為特殊的國家。早在日本實行鎖國之前，這個新教國家就極力挑撥和離間幕府同葡萄牙、西班牙等天主教國家的關係。1610年10月，荷蘭國王致信德川家康，指責“天主教之教士，假宗教神聖名義，旨在變更將軍之偉大王國，他們建立宗派，將立即導致分裂內亂。”挑唆幕府驅逐自己的貿易競爭對手。鎖國以後，荷蘭人再三表明只從事貿易活動，決不傳教，為此還“避免在公開場合祈禱和唱讚美詩，並卸除了基督教的一切外部標記”。
此時九州島上的島原藩由松倉重政任藩主，松倉重政對於天主教徒實行了殘酷而血腥的鎮壓，儘管這樣天