14席，建國黨2席，整個綠營僅獲83席不足37％。
不甘心失敗的綠營繼續對“新臺灣－自由聯合會”的由來進行追查，並透過美國對自稱加勒比的華僑進行調查。
很快，來自中美洲的調查結果顯示，“新臺灣~自由聯合會”領導人確有其人，但已經多年未在當地居住過。經對其鄰居和熟人的調查，其政治主張並非同情民進黨。
獲得此項訊息的綠營立即組織起來，宣稱國民黨就是“新臺灣~自由聯合會”的幕後黑手，表示拒絕承認選舉結果並以“當選無效”為由向臺最高法院提出訴訟，要求判決“選舉無效”並重新選舉，同時以國民黨舞弊為理由發起了“正名”行動。
1月9日，在綠營的唆使下，控制檯北縣政權的民進黨執委蘇貞昌發動了10萬支持者彙集於臺北市凱林格蘭大道舉行示威，要求最高法院判決選舉無效。同日在臺南、高雄、臺中、花蓮、屏東、臺東等地均發生了綠營的大面積遊行。
在綠營的大力鼓動下，傳統綠色支援區內迅速掀起了一股拒絕承認選舉結果的運動，在民進黨的強勢地區甚至發生了焚燒“國旗”、呼籲獨立並攻擊藍營支持者和國民黨黨部的行為。
黑幫分子也順便裹協其中，大肆進行搶劫。“新臺灣~自由聯合會”再次發表宣言，表示將為“臺灣民眾的自決和獨立戰鬥到最後一口氣”，同時對綠營對自己的誤解進行表白說“吾等自民國60年開始就認可自己為臺灣人，現在卻不能獲得主張自決的綠營認同，簡直是親者痛、仇者快”。
選後的混亂局面仍然在繼續，1月15日，在綠營煽動下，島內約100萬人上街示威，要求重新進行選舉。親綠營的藝人紛紛上街鼓動，綠營媒體連篇累牘地對“新臺灣~自由聯合會”的情況進行介紹，引用美國的調查結論暗示原本支援國民黨的苗若虎等人在國民黨支援下搞的“苦肉計”。
外部媒體也紛紛乘機渾水摸魚，日本多