。朝廷的如此改革，原出好意。這樣，禁止了官吏像以前那樣進入農村，召集開會，把官款分配給農民，也禁止小吏按家去催逼捐獻。在蘇東坡看來，此種不徹底的措施，還難令人滿意，其流弊也不減於過去。在八月初四，他又給皇帝上表，第一請求將青苗法完全廢止，第二請求將赤貧百姓之欠債，包括本金利息在內，一律寬免。他又將四月份之改革措施比如偷雞賊，此賊自稱將改過向善，以後每月只限於偷雞一隻，這是引用《孟子》上的典故。他的表文裡說：“臣伏見熙寧以來，行青苗免役二法，至今二十餘年。法日益弊，民日益貧，刑日益煩，盜日益熾又官吏無狀，於給散之際，必令酒務設鼓樂娼優，或關於賣酒牌子。農民至有徒手而歸者。但每散青苗，即酒課暴增，此臣所親見而為流涕者也。二十年間，因欠青苗，至賣田宅，售妻女、投水自縊者不可勝數。”蘇東坡問，為什麼皇帝竟會降尊纖貴借錢與百姓而求利息呢？他建議朝廷下令所有欠官債者分十期歸還，以半年為一期，甚至盼望皇帝念及債務人已付過不少利息，慈悲為懷，凡四等以下貧民的債務，全予豁免。
下個月，青苗貸款法才全予廢除，但赤貧者之債務寬免之議，直到六年後，經蘇東坡力請，朝廷方予接受。
蘇東坡又單槍匹馬，隻身獨自向朝廷之腐敗無能進軍。他想從根本上改革國家的吏治。朝廷官吏皆來自科舉，但是科舉制度業已廢弛。他有四五次身為主考官，都特別留心為國家選拔真才，有時把別的考官所棄而不取的考卷又找回重閱錄齲有一次，考生在御林軍例行監視之下進行考試，御林軍的傲慢粗野，真使他吃驚。
軍士對考生呼喊，如對一群新兵。有幾個考生被發現挾帶作弊而驅出大殿，警衛軍士大聲喊叫，聲勢逼人。當時混亂不堪，軍士之恢復秩序，猶如平定暴亂。軍士的蠻橫無禮，是對士子斯文的侮辱。蘇東坡立刻連上二表，將兩個軍士斥退。
當時最使朝廷感到困擾的，其實在中國歷史上歷代皆然，就是冗吏充斥。讀書人太多，而朝廷可給的官位太少。這是中國多年的積弊，人竟認為一個優秀的讀書人必然要“學而優則仕”。這個想法如果現在還不改，全國教育普及則國家將亡。
我們有多少官位供給四萬萬五千萬人呢？倘若考試製度認真執行，而選人唯才，則合格的考生必然為數有限，而選取的人才的素質也會提高。但是在蘇東坡時代，引用親族之風已經盛行。有好多外省來京的考生，由朋友親戚的推薦，不用在京參加考試，便可以獲得官職。每次考試若選三四百人，總有八九百人不經過考試的。禮部就可以推薦免試生二三百人，其他還有由兵部和皇家關係推薦的。在春季祭天大典之時，很多讀書人由皇上特恩免考，蘇東坡說：“一官之閾，率四五人守之。爭奪紛壇，廉恥喪荊中才小官，閾遠食貧，到官之後，求取魚利！靡所不為，而民病矣。”他又說：“臣等夥見恩榜得官之人，布在州縣，例皆垂老，別無進望，惟務黯貨以為歸計。貪冒不職，十人而九。朝廷所放恩榜，幾千人矣，何曾見一人能自奮勵，有聞於時。而殘民敗官者，不可勝數。所至州縣，舉罹其害。乃即位之初，有此過舉，謂之恩澤，非臣所識也。”蘇東坡提議廢除此等免試辦法，嚴格限制高官巨卿之子女親戚，以及皇家所推薦之人。蘇東坡認為自己有責任把官吏之怠惰低能矇混朝廷的情形，奏知太后。為這種情形，他向太后密奏多次。在幾件大事的表章後，他又附有再啟，請太后閱後自己儲存，勿轉交與中書剩比如說，西北番族人寇，幾乎有中國農民一萬人慘遭屠殺，當地駐軍官長企圖隱瞞朝廷。甚至訊息傳至京師之時，朝廷派一專使前往當地調查。此一專使，本著中國由來已久的“官官相護”的積習，向朝廷報告只有十個農民被殺。而特使更把災情大事化小，先為當地駐軍首長請求赦罪，然後再緩緩進行調查。兩年之後，竟而毫無動靜。被殺的村民，朝廷應予撫卹，結果也一無所得。在蘇東坡上皇太后表中，他指出如此忽視民情，勢難收攬民心。
“官官相護”之惡習必終致“官民對立”。另外，還有廣東守將童政的案件。
童政剿平盜匪無功，竟爾在收復的城市裡屠殺數千百姓。但是別的同僚對朝廷的報告中竟說他保衛城池有功，把他說成平賊的英雄。還有溫果殺害百姓十九人，僅僅記一小過，便算了事。另外有一個小軍官，打算報稱殺賊立功，竟闖入民家，在青天白日之下殺害婦女五六人，帶著砍下的人頭回去，說是斬殺賊匪的人頭。這件事實在慘無人道，遮掩不了，在朝廷派人調查時，那個軍官辯稱，在交戰之時，他不能看清是