在短暫的片頭之後，故事開始了。
涇河兩岸乾旱，百姓祈求上蒼降雨，龍女三娘不忍百姓受苦，帶領一眾雨工布雲施雨，結果惹怒了夫婿涇河龍君，涇河龍君將雨工貶為群羊，又將龍女貶為牧羊女，以作懲罰。
龍女失了法力，受盡磨難，她寫下了血書，想要託魚、雁帶血書去往洞庭湖龍宮，請父母來救她，結果魚、雁都怕得罪涇河龍君，不敢接書。
書生柳毅赴京趕考，路過涇河，看到兩岸土地龜裂，又聽到了龍女的哭訴，他可憐涇河百姓，又敬佩龍女義行，願意帶著血書前往洞庭湖。
一路跋涉，柳毅到達洞庭湖，順利進了龍宮，將龍女的血書呈到了龍王龍後的面前。
龍後心疼女兒，想要派兵救回女兒，可是龍王卻阻止了龍後，因為他怕得罪涇河龍君，涇河龍君得玉帝看中，且在天界有諸多朋友，不可小覷，另外，龍王覺得這只是家庭小事，一旦出兵，就成了大事，還不如大事化小，小事化無。
龍王勸龍後以大局為重，並想去信給女兒，讓女兒忍辱負重。
看到這裡，乾元宮中的眾人都沒有什麼憤怒的情緒，男人們都是理解的嘆息聲，他們能理解龍王的顧慮，女人們也只是可憐龍女的處境，沒想到神仙也要遭受人間女子的苦楚，她們只能感同身受的為她落兩滴淚。
暗暗觀察眾人情緒的向陽，心裡突然有點堵，有點不舒服。
幕布上，書生柳毅卻憤怒了，他沒想到仙宮也講世俗事，堂堂龍王也能夠漠視親生女兒受苦。
柳毅嘲諷的問龍王，是否要寫一封信給龍女，勸她沉默忍耐。
龍王說正是如此，並喚蝦兵呈上紙筆。
柳毅說不必寫了，這一張空白的紙就是現成的書信，是無字家書。
“雙親為你淚淋淋，欲救嬌兒愧無能，上懼玉帝雷霆怒，下怕是非毀名聲，為保龍廷安穩坐，勸你凡事忍忍忍，孽龍肆虐你莫管，黎民死活你休問，皮鞭抽身你承受，荒灘牧羊免悲聲，從此莫再傳書信，須記住，血書千鈞重，骨肉一紙輕。”
書生柳毅的當殿諷罵痛快之極，罵的向陽心情舒暢，罵的女人們落淚連連，更罵的嘉和帝和大臣們神情難堪，又羞又愧，這一番痛罵，罵的何止是洞庭龍君。
洞庭龍君的二弟錢塘龍君脾氣暴烈，領兵殺去涇河，與涇河龍君上天入地大戰廝殺，最終殺死了涇河龍君，救回了侄女。
玉帝在知曉了這一場大戰的前因之後，並沒有怪罪洞庭龍君和錢塘龍君。
洞庭龍君在大喜之下，設宴感謝柳毅，並送上金銀珠寶。
錢塘龍君更是想要做媒人，要將侄女與柳毅撮合一對。
可是柳毅一不要財二不要寶，至於與龍女的婚事，在龍子們的羞辱中，他也拒絕了，最後無掛無礙的回了家鄉。
龍女感激柳毅，又愛慕他的人品，化身為漁家女，成為了柳毅的鄰居。
經過一番波折，柳毅和龍女終成眷屬，故事大圓滿。
電影結束了，燭光亮起，滿堂光明。
女人們還沉浸在有情人終成眷屬的感動和感慨中，男人們，包括嘉和帝與賀琅，他們卻全都沉默不語，面色平靜。
《柳毅傳書》這個故事對於他們來說，並不僅僅是一個有情人終成眷屬的愛情故事，這個故事更重要的是前半段，龍女違抗夫君、龍王顧全大局、柳毅當殿諷罵，這三件事才是重點。
對於看重倫理的人來說，龍女違抗夫君是錯的，雖然涇河龍君不降雨是錯的，但龍女只能苦勸，不能違抗，出嫁從夫，這是女人必須遵守的原則。
龍王顧全大局是對的，畢竟他的身後還有一整座龍宮和無數的水族，他不能為了一個女兒而選擇明顯風險很大的道路，龍王割捨親情的做法，才是符合王者的做法，也是符合大義的做法。
而柳毅當殿諷罵，則是完全過激了，他雖然有他自己的大義，但是不能把他的大義凌駕在龍王的顧慮之上，就算他不認可龍王的行為，也要有理的、圓滑的勸，怎麼能一上來就開嘲諷呢，這樣的性子，他就算是中了狀元，仕途也順暢不了。
但對於看重正義看重人情的人來說，他們又是另一番見解。
龍女違抗夫君布雲施雨，救黎民百姓於大旱之中，這是大義，無錯。
龍王顧慮重重，為了龍廷穩固，對女兒的磨難視若無睹，寧願捨棄親生女兒，連寫一封信，勸一勸女婿，為女兒說一說情都不肯，這也太過絕情了，而在人間，像龍王這樣的人