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由於塔爾寺是宗喀巴大師的降生地,成為信徒們嚮往的出名聖地。歷史上,第三、四、五、七、十三、十四世達(*)賴喇嘛和六、九、十世**大師均在這裡駐錫過。同時,它也受到歷代中央王朝的高度重視。根據寺院記載,從清康熙以來,朝廷向塔爾寺多次賜贈,有匾額、法器、佛像、經卷、佛塔等。該寺的阿嘉、賽赤、拉科、色多、香薩、西納、卻西等活佛系統,清時被封為呼圖克圖或諾們汗。其中,阿嘉、賽赤、拉科為駐京呼圖克圖,有的還當過北京雍和宮和山西五臺山的掌印喇嘛。正是因為這些特殊原因,塔爾寺迅速發展,規模越來越大,成為藏傳佛教格魯派蜚聲國內外的六大寺院之一。最盛時有僧侶3600多人,全國解放初期尚有1983人。由於歷史積累,該寺文物極為豐富,富麗堂皇的建築、琳琅滿目的法器、千姿百態的佛像和浩瀚的文獻藏書,使寺院成為一座藝術的寶庫。該寺設有顯宗、密宗、時輪、醫明四大學院和欠巴扎倉,並於清道光七年(1827),建立該寺印經院,所印藏文經典及各種著述,暢銷藏區各地。該寺於每年農曆正月、四月、六月、九月分別舉行4次全寺性的大型法會,稱之為“四大觀經”。屆時,各地群眾雲集,規模盛大。另外,農曆十月下旬有紀念宗喀巴圓寂的“燃燈五供節”和年終的送瘟神活動。
塔爾寺原來有完整的行政、宗教組織系統。其行政組織的最高權力機構是全體僧人經堂會議,由總法臺主持,下設噶爾克會議和大吉哇。噶爾克會議是全體僧人經堂會議的常委會,由法臺、大襄佐、大僧官、大老爺和六族乾巴組成。大吉哇是噶爾克會議和全體僧人經堂會議的執行機關,由3名吉索第巴(總管全寺內務的大老爺、負責對外聯絡的二老爺、負責財務的三老爺)和管理雜務的四老爺及藏漢文秘書各1人組成。大吉哇下設管理全寺糧食的“哲康”、負責印刷經典的“巴日康”,並負責管理駐西寧辦事機構金塔寺。宗教組織的總負責人仍為總法臺,下設總引經師和大僧官各1人,管轄四大學院,各學院設有本院堪布,堪布下設格貴(僧官)和經頭。現由寺管會總理全寺寺務。目前共有寺僧800餘人(其中活佛11人,主要為阿嘉、卻藏、色多、卻西、嘉雅、米納、扎西、本布林、楊家等,完德63人)。
每年的農曆正月、四月、六月、九月分別舉行四次大的法會。法會會既是僧侶的習經的好機會,同時也是大家相聚逸樂的好機會。
根據青海省佛教協會提供的資料,佛教最早傳入青海藏區的歷史可以追溯到公元7世紀中葉。公元641年,唐文成公主入藏聯姻,途經今玉樹藏族自治州玉樹縣巴塘鄉西北約4公里處的貝溝南端,休整一月,公主命隨行工匠在當地丹瑪巖崖上雕刻出大日如來等9尊佛像,並在今巴塘鄉扎隆溝的仁青楞寺附近和巴塘鄉境內的邦同灘分別建佛塔一座。
到元代,忽必烈將西藏13萬戶封賜給八思巴,作為第一次密宗灌頂的供養。在元世祖的支援下,八思巴成為當時西藏地方政教兩方面的總首領。所以由佛教上層人士擔任西藏地方宗教和政治兩方面領袖的政教合一制度,是從八思巴掌握西藏地方政權開始的。這一時期青海黃南地區薩迦派寺院隆務寺,玉樹地區蘇莽噶舉派蘇莽寺、巴絨噶舉派覺讓寺等都是青海著名的政教合一寺院。
明清兩代,藏語系佛教在青海繼續傳播發展,特別是格魯派創立以後,迅速傳播到蒙古族、土族地區,各部落首領和大多數群眾也先後信仰了藏語系佛教。隨著僧人和信眾人數的增加,藏語系佛教的寺院從規模到數量都有了進一步的發展,青海著名的藏語系佛教寺院都是這一時期修建的。除新建寺院外,原有寺院不斷修繕擴建,各寺都有2-4座經學院,不僅成為藏族、蒙古族、土族群眾的宗教活動場所,同時也成為學習、研究和傳播佛教哲學、史學、藏蒙醫學、天文歷算和文化藝術知識的中心。清末,全省藏語系佛教寺院的教派、型別、佈局等基本定型。
民國時期,藏語系佛教在青海的傳播主要向邊遠牧區發展,從而使藏語系佛教傳遍各地,成為全省信眾最多的宗教。新建寺院主要為各大寺院的屬寺,在果洛多為寧瑪派寺院,其他牧區多為格魯派寺院。
建國以後,逐步廢除了寺院的封建特權