獲得統治近畿的名份。
對於這樣的要求，矢志恢復幕府權威的足利義輝自然不會同意。無奈之下，此次統領軍勢的山城國擔當巖成友通下令進攻二條御所，以進一步逼迫將軍義輝。義輝下令抵抗，但畢竟寡不敵眾，被三好家軍勢包圍在評定室。
但是，巖成友通並沒有傷害將軍的打算，他只想逼迫將軍義輝同意三好家的要求，如果不同意的話，就把將軍再次趕出京都。
反正將軍義輝從出生到現在，已經被趕出京都好幾次了；等到他流浪在外，想必就能明白自己的地位，從而不得不配合三好家吧！
他沒想到的是，這一次將軍義輝就鐵了心死守在京都了。
從永祿初年到現在，他在京都已經經營了好幾年，積攢了大量的人脈和威望。如果再次逃亡，那麼幕府和將軍本人的威望將大大受損，幾乎再也無法彌補回來。對於他來說，這又是一場博弈，如果他能堅持立場，那麼三好家最後還是必須退讓的，然後他又會像前兩次那樣，在畿內獲得更高的威望和更大的號召力。
義輝這樣想並沒有錯，巖成友通確實不敢冒天下之大不韙殺害將軍。三好家軍勢圍住將軍義輝近兩個時辰，一直沒敢進行攻擊，也沒敢放火燒屋子。而且，他們稍一靠近，就立刻被將軍斬殺，前後死了一百多人，為此將軍甚至砍壞了好幾把名刀。
但是義輝將軍忘記了，這次出兵的是三好三人眾，卻還有個松永久秀隱藏在後面。而且，這次三好家的主將並不是巖成友通，而是年僅十六歲的三好義繼，另外還有松永久秀的兒子松永久通。
目前松永久秀和三好三人眾相處得極為融洽，然而松永久秀卻有他自己的算盤。這次出兵的是三好三人眾，他們自然不敢傷害將軍義輝。但是，如果他暗中作下手腳，謀害了將軍的話，三好三人眾將擔起惡名，聲望必定大損，再也無法留在三好家的中樞。而他就可以像三好長慶過世前那樣，再次獨自操縱三好家。之後他進攻筒井家，搶出並擁立大和國的覺慶，就能取得大義名分以及管領代的位置，從而讓松永家真正取代三好家的地位。
所以，他派出了兒子松永久通參加行動，暗中攛掇年輕氣盛的三好義繼下令攻擊將軍。並且向屋子射出火箭。將軍寡不敵眾，受傷退入內間，留下辭世句後從容切腹。一同殉死的有政所執事攝津晴門、攝津系千代丸父子，御供眾、申次眾大館6奧守晴光和弟弟大舘伊予守晴忠，御供眾、申次眾畠山氏分家家主畠山次郎，御供眾、一色氏分家家主一色晴家等多人。
另外，松永久秀還安排了家臣平田和泉守對付將軍的另一個弟弟、在鹿苑寺擔任住持的周嵩。平田和泉守也忠實的執行了他的命令，讓小姓誘出並殺害了周嵩，然後將小姓殺掉滅口。於是，大和國一乘院的覺慶就成了足利家唯一的最正統繼承人選。
可是，讓他沒有料到的是，雖然他成功的將覺慶幽閉在大和國，但是，還沒等到三好三人眾退出中樞，覺慶就在大覺寺當代門跡、近衛尚通之子、覺慶的舅父義俊的配合下，被將軍家的御供眾一色藤長、細川藤孝、仁木義政、三淵藤英等救出了大和國，然後得到六角義賢的幫助，就近躲藏在近江豪族、甲賀五十三家之一和田家的居城和田城中。
這件事生在七月份。到了這時，松永久秀就免不了跳腳了。然而，正所謂禍不單行，對松永久秀的打擊接踵而來：
八月二日，松永久秀的親弟弟、丹波國守護代內藤宗盛（松永長賴）在黑田城被荻野直正（後來的丹**多野家重臣、“赤鬼”赤井直正）殺死。
十月，三好三人眾中的阿波國擔當三好康長，聯絡已故三好義賢的重臣、三好長治的後見役篠原長房，捧出了被人遺忘已久、蟄居在阿波的足利義親（後來的十四代將軍足利義榮），義親的父親是十二代將軍足利義晴之弟、號稱“堺公方”的足利義維，在義輝和周嵩身死、義昭不知去向的時候，他就成為了三好家的救命稻草。只有依靠他，三好家才能再次獲得統治畿內的名分，甚至洗脫殺害十三代將軍足利義輝的惡名。松永久秀試圖和三好三人眾爭奪義親的控制權，但是沒能成功，反而和三好三人眾走向了決裂。他只好於十一月底進攻筒井家，試圖從筒井家身上找出義昭的下落。
可是，到了十二月份，號稱阿波公方的義親在畿內遍御教書，斥責松永久秀弒殺前代將軍、號召眾人討伐松永久秀。顯然，這是三好三人眾的指使，但是卻給永祿大逆作了最終的結論，並且一下子將松永久秀變成了畿內公敵。於是，幾乎就要取代三好家統治畿內的松永久秀