侯世祿部，守大興的麻登雲部，也給他盡數調集回北京，團團拱衛京師。一面卻又急令尚在通州的孫承宗移駐山海關，更切旨說遼東軍馬是朕集天下財力培養訓練而成，又是孫承宗的舊日部曲，要他速速設法將祖大壽追回。
孫承宗儘管對他處置袁崇煥多有怨懟，卻也不能抗拒聖旨，當即動身趕赴山海關，便叫自己當年在遼東的老部下石柱國，飛馬追趕祖大壽。祖大壽令後軍陳火槍弩箭以待，石柱國不敢靠近，只得返京覆命。一來一回，已經又耽擱了一日。
自從袁崇煥下獄以來，崇禎的案頭便堆起了一座奏摺的小山，彈劾首輔錢龍錫、次輔韓爌的有之，替袁崇煥鳴冤叫屈，說情開脫，甚至願以自己官職換他性命的有之，說朝廷之中出現了一個袁黨，應該深挖大辦的也有之。韓爌、錢龍錫又連連上疏自辯，崇禎皇帝給這些奏摺弄得頭昏腦脹，一氣之下真想將這些人盡數削官去職，趕回家去，免得招自己煩心。然而他分明又不能那麼做，韃子大兵打來，將一個袁崇煥抓了起來震動已經夠大的了，再要罷免幾個閣臣，朝廷之中必定一片混亂。可是朝臣紛紛嚷嚷，實在讓崇禎皇帝忍無可忍，所以他索性將那些叫罵互毆的奏摺丟在一旁暫不理會，反正總有秋後算帳的一天。在他看來，就算沒有這幫無能的臣子，自己也能將國家大事處理得井井有條，就算韃子大兵壓境，憑著自己的雄才大略，靠著大明曆代祖宗庇佑，也必定能化險為夷。
看著看著，忽然一本奏摺跳入他的眼簾：那是成基命的上疏，卻不是替自己開脫，而是幫他出主意的。疏中說道，袁崇煥在遼東部曲之中廣有積威，不如叫獄中的袁崇煥給祖大壽修書一封，藉著袁祖之間的私交，來阻止祖大壽謀反。
這真是不可忍受！剛剛將袁崇煥逮入了鎮撫司大牢，現下又要叫他寫信勸說祖大壽，那不是意味著自己這個皇帝，始終都還是要靠著袁崇煥才能做得穩當麼？這麼一來皇帝的威嚴何存，他朱由檢的顏面何存？身為大明天子的他，絕不能容許自己做出這種有辱君威的事情來，甚至於膽敢提出這種建議的成基命，也是其心可誅，罪無可恕！祖大壽剛剛走了兩天，朝廷裡便一片混亂，似乎沒了遼東的那幫武夫，大明朝便要完了一樣。他朱由檢卻偏偏不信這個邪！
崇禎皇帝在心裡這麼一遍一遍地對自己說著，愈說愈是大聲，也愈來愈沒有底氣。他心中分明清楚，現下的大明，倘若沒有了祖大壽這一支精兵，以及遼東即將趕來的七萬援軍，那是決不可能戰勝韃子的。而現在能夠勸得祖大壽回頭的，也只有袁崇煥了。可是要他承認這麼一個事實，無異於叫他向自己的敵人低頭，他的自尊心不容許他那樣做。
再說就算自己肯向袁崇煥低頭，袁崇煥又能樂意給他寫這一封信麼？他可是給自己親上了叛國的罪名的！左思右想之下，崇禎皇帝咬牙決定，下一道口諭，叫袁崇煥戴罪立功，寫信招祖大壽回來駐守北京。
這些羞辱，早晚都要你加倍償還！崇禎的手握著硃筆，略略顫抖地寫下“袁崇煥”三個字。
口諭傳到獄中，袁崇煥果然不奉。前去傳旨的太監回來說道，袁崇煥推說自己既被奪職下獄，就不是甚麼督師，只是一介草民。一介草民的命令，他祖大壽為甚麼非聽從不可？寫了也不會有甚麼用處，所以索性不寫也罷。崇禎心裡明白，這蠻子分明是在同自己賭氣。一個大臣，一個朱姓家奴，竟然敢同他堂堂天子賭氣！
朱由檢心中的怒火再也壓抑不住，霍然站了起來，猛地伸手掀翻了面前的御案，案上奏摺稀里嘩啦掉了滿地。他伸足猛踢，踢得紙片紛飛，如蝴蝶一般飄飄揚揚地落在他的肩頭之上。
發洩過一陣之後，也就慢慢冷靜下來。頭腦一旦清醒，便意識到每耽擱一日，祖大壽便離京城愈遠，自己也就愈是危險。喝令太監扶起御案，崇禎皇帝又擬了一道聖旨，叫內閣全體
大學士與九卿一同去獄中勸說袁崇煥，務要叫他應允寫信。擬完了拿起來讀一遍，想想不妥，又團成一團丟在地下，大聲叫太監傳諸閣臣及九卿覲見。皇帝的聖旨是要存入檔案的，倘若給後世子孫知道他為了區區一個祖大壽，竟然如此低聲下氣地求一個叛國之將，甚至連內閣九卿都給用上了，那時自己的顏面何存？【——注，九卿是六部尚書及通政使司的通政使，都察院左都御使，大理寺卿九人。】
錢龍錫等人奉詔入宮，聽了皇帝說明，都是暗暗嘆息。唯有兵部正堂梁廷棟心下暗自得意，以袁崇煥的倔強性格，懷恨皇帝無故將他下獄，必定不會輕易奉旨寫信。到時候他身上可就又多了一條抗旨不遵的大不敬罪