大司徒事，以冬祭高廟（漢高祖劉邦的宗廟），因河南尹與司隸校尉在廟中爭論失儀，而伏湛沒有上奏此事，免官。漢光武帝對大臣非常嚴厲、苛刻，韓歆為司徒，以直言忤旨，免官遣歸鄉里，與其子皆自殺。之後，歐陽歙、戴涉相繼任大司徒，下場都是論罪下獄、被處死。
太尉
漢光武帝即位，置大司馬，負責全國軍官的考核，每歲末，評定等次，上奏皇帝，作為軍官升遷、降調的依據。建武二十七年（51年）改大司馬為太尉。
按東漢制度，三公掌謀議國之大政。太尉的主要參政途徑就是與司徒、司空共同討論皇帝交議的國政，定議後會銜上奏。東漢一朝，僅見牟融、徐防以太尉錄尚書事，與太傅參決政事。這說明太尉除非被任命為錄尚書事，並沒有決定政務的職權。
按東漢以三公領九卿的制度，太尉領太常、衛尉、光祿勳三卿。太尉府屬吏有：長史一人，秩千石，總管各曹事務。各曹掾、史、屬共二十四人。在諸曹中，西曹負責太尉府官吏的任免；東曹負責二千石的遷調；戶曹負責戶籍、祭祀、農桑；奏曹負責奏議；辭曹負責審理案件，接受上訴；法曹負責驛站事務；尉曹負責士卒和囚犯的徵調、運輸事務；賊曹負責緝拿盜賊；決曹負責裁決刑法；兵曹負責軍事事務；金曹負責貨幣與鹽鐵事務；倉曹負責國家倉庫事務。此外，還有黃閣，主簿，是閣下諸吏的長官。另有令史及御屬二十三人，閣下令史負責太尉的儀仗執事；記室令史負責太尉府的奏章等各種文書的管理；門令史負責太尉府門衛。其他令史分隸諸曹，辦理文書事務。從東漢太尉府諸曹的設定以及職掌來看，太尉的管轄範圍似乎非常廣，但那都是名義上的東西，太尉諸曹所領事務，或受制於尚書檯，或僅僅為文牘往來，本身並沒有可否之權，而且太尉對本府諸曹事務並沒有實際節制的權力。
司徒
負責人民教化，掌禮儀諸事。與太尉、司空共同討論皇帝交議的國政，定議後會銜上奏。參考：《漢官儀》：“王莽時，議以漢無司徒官，故定三公之號曰大司馬、大司徒、大司空。世祖（劉秀廟號）即位，因而不改。”《後漢書·百官一》載：“司徒，公一人。本注曰：掌人民事。凡孝民孝悌、遜順、謙儉、養生送死之事，則議其制，建其度。凡四方民事功課，歲盡則奏其殿最而行賞罰。”
建武二十七年（51年），去“大”，稱司徒。司徒領太僕、鴻臚、廷尉三卿。屬吏有長史一人，秩千石。掾屬三十一人。
司空
負責水利工程、城防建築、宮室營建等事務。與太尉、司徒共同討論皇帝交議的國政，定議後會銜上奏。參考：《後漢書·百官一》雲：“掌水土事。凡營城起邑，浚溝洫、修墳防之事，則議其利，建其功。凡四方水土功課，歲盡則奏其殿最而行賞罰。”
建武二十七年（51年）去“大”，稱“司空”。漢獻帝建安十三年（208年），改司空為御史大夫，職掌不變，不領御史臺，與前代御史大夫僅僅是名稱相同而已。司空領宗正、少府、司農三卿。司空屬吏有長史一人、掾屬二十九人、令史及御屬四十二人。
九卿
東漢沿西漢制度，以太常、光祿勳、衛尉、太僕、大鴻臚、宗正、大司農、少府為九卿。東漢九卿分隸屬三公。太常、光祿勳、衛尉三卿屬太尉；太僕、廷尉、大鴻臚三卿屬司徒；宗正、大司農、少府三卿屬司空。
東漢九卿均於官稱上加“卿”字，如太常卿等，秩中二千石。除此之外，東漢九卿與西漢不同者還有：一、光祿勳除西漢的五官中郎將、左中郎將、右中郎將、虎賁中郎將、羽林中郎將之外，增置東中郎將、北中郎將、西中郎將、南中郎將。二、少府尚書改稱尚書檯，由西漢的常侍曹、二千石曹、民曹、主客曹改為六曹：改常侍曹為吏曹，增三公曹，將主客曹分為南主客曹與北主客曹。尚書檯增設左右丞二人，諸曹侍郎各六人，令史諸曹各三人，事務繁劇的曹增令史各三人。尚書檯組織較西漢尚書要重要、龐大的多。
將軍
東漢的將軍也是中央政府的重要組成部分，有大將軍、驃騎將軍、車騎將軍、衛將軍、前、後、左、右將軍。大將軍位在三公上，驃騎將軍、車騎將軍、衛將軍在三公下。前、後、左、右將軍，位在九卿下，不常置。東漢中期以後，太后臨朝稱制，外戚以大將軍執政，與太傅三公合稱為五府。
以上將軍均開府，府屬有長史、司馬各一人，從事中郎二人，掾屬二十九人，令史御屬三十一人。將軍以本號領軍的，各有部曲、校尉